Vấn đề quản lý có nhiều bất cập, sự phân chia quản lý cũng như giao quyền, ủy quyền chưa phù hợp. Rất nhiều bộ phận chịu sự quản lý vượt cấp trong khi cán bộ quản lý cấp trung lại không được giao quyền hạn; nhưng vấn đề đặt ra là lãnh đạo cấp cao không thể quản lý trực tiếp tất cả mọi người lao động, mọi việc và họ cũng không sâu sát về người lao động bằng quản lý trực tiếp trong bộ phận nhỏ mặc dù họ có thể giỏi hơn. Điều này cũng tạo ra sự bất cập trong quản lý công việc của các phòng ban và gây khó xử cho người lao động.
Cụ thể sự phân chia nhân sự về các bộ phận chưa hợp lý: chủ yếu tập trung ở các đơn vị trung tâm và đồng bằng. Các đơn vị ở vùng núi như Sơn La, Lai châu, Hà giang thì lực lượng CBCNV vừa yếu, vừa thiếu. Hầu hết con cha cháu ông được bổ trí ở các thành phố lớn và nắm giữ các vị trí như Kế toán, Kế hoạch, nhân viên kinh tế...Những công việc nặng nhọc, vùng sâu vùng xa dành cho những người không có quan hệ. Do công tác tuyển dụng, phân chia công việc chưa hợp lý nên gây nên nhiều bức xúc, tỵ nạnh lẫn nhau giữa các bộ phận lại có chiều hướng giảm đi làm giảm năng suất lao động cũng như hiệu quả sử dụng lao động. Tuy nhiên do số lượng người lao động nhiều nên vẫn chưa xuất hiện tình trạng công việc bị ứ đọng, nó chỉ làm phát sinh sự so sánh giữa các người lao động với nhau. Trường hợp một người lao động sau được điều chuyển sang một vị trí công việc mới, sự thay đổi trong công việc phụ thuộc vào quyết định của ban giám đốc chứ không do cán bộ cấp phòng quản lý trực tiếp do đó sẽ khó có sự điều chuyển mang lại hiệu quả cao vì ban giám đốc không thể đi sâu sát vào người lao động như các cán bộ quản lý cấp phòng ban.
Việc thực hiện công việc cũng gặp nhiều khó khăn nhất là trong việc thống nhất ý kiến và những quyền hạn, nguồn lực được giao để thực hiện công việc: Một nội dung công việc nhưng có khi có nhiều công văn chỉ đạo gây chồng chéo và khó khăn cho đơn vị thực thi nhiệm vụ.