Biển Đông (phía Trung Quốc gọi là Nam Hải, người phương Tây gọi là biển Nam Trung Hoa) là vấn đề còn tồn tại và gây căng thẳng giữa một số nước Đông Nam á với Trung Quốc. Trong vấn đề biển Đông, Trường Sa là điểm tranh chấp gay gắt nhất trong việc công nhận phạm vi chủ quyền và lợi ích biển của các nước có liên quan. Biển Đông chiếm 25% vận tải biển của thế giới, trữ lượng dầu mỏ ước tính khoảng 23.5 tỷ tấn và lượng khí đốt thiên nhiên khoảng 8269 tỷ m3 [35]. Cho nên có thể nói, sự phức tạp của vấn đề Biển Đông mang tính tổng hợp, nó không chỉ bao gồm yếu tố lịch sử, lợi ích chiến lược, chạy đua khai thác các nguồn tài nguyên thềm lục địa như dầu lửa, khí tự nhiên mà còn gọi là “tâm địa chấn” của mọi hoạt động trên biển giữa các nước trong khu vực Châu á - Thái Bình Dương.
Trong những năm gần đây, quan hệ láng giềng giữa Trung Quốc với các nước ASEAN đã có bước cải thiện và phát triển đáng kể làm cho tình hình ở Biển Đông gió im sóng lặng, nhưng thực chất các nước vẫn không hề nới lỏng sự khống chế quân sự của mình. Trung Quốc tăng cường cơ sở hạ tầng trên biển như cảng, sân bay, đèn biển, doanh trại và tăng cường kiểm soát hành chính, còn các nước ASEAN tăng chi phí quốc phòng và tích cực tiến hành các cuộc diễn tập trên Biển Đông. Sau 4 năm vắng bóng tại vùng biển gần quần đảo Trường Sa, ngày 21/ 2/ 2000, Mỹ cùng Philippine diễn tập quân sự mang tên “Tinh thần đồng đội Mỹ – Philippine” với quy mô lớn. Tiếp đến, vào tháng 5/ 2000, lần đầu tiên Singapore cùng Thái Lan và Mỹ diễn tập chung “Hổ mang 2000” trong vòng 14 ngày. Ngày
hành cuộc diễn tập “Cá bay 2000” với 5000 lính, 34 tàu chiến và 98 máy bay chiến đấu. Đáp lại những cuộc diễn tập của các nước Đông Nam á, trung tuần tháng 4/ 2000, đội tàu của hải quân Trung Quốc diễn tập với nội dung 35 hạng mục, huấn luyện và kiểm tra phương hướng chiến đấu trong môi trường chiến đấu biển. Với những cuộc tập trận này, Biển Đông trở nên không yên ả. Nhiều nhà quan sát lo ngại rằng nó có thể trở thành thùng thuốc súng của Châu á và có thể gây ra bão táp và trở thành “Trung Đông thứ hai”. Mặc dù Trung Quốc và các nước ASEAN có liên quan đã đề cập đến vấn đề này trong các cuộc hội nghị riêng về Biển Đông hoặc trong các diễn đàn chung giữa hai bên nhưng vẫn chưa đạt được kết quả đáng kể.
Như vậy, rõ ràng là tình hình biển Đông luôn là vấn đề nhạy cảm trong quan hệ giữa Trung Quốc và ASEAN. Đây cũng có thể là trở ngại lớn nhất trong việc phát triển quan hệ Trung Quốc – ASEAN trong thế kỷ mới. Chính vì vậy, làm thế nào để duy trì hòa bình, ổn định và phi hạt nhân hóa tại Biển Đông đã trở thành vấn đề mà Trung Quốc và ASEAN cần phải đối mặt trước tiên một khi Khu vực mậu dịch tự do ASEAN - Trung Quốc được thành lập. Sớm ký kết bộ quy tắc ứng xử Biển Đông (COC) có thể sẽ là sự bảo đảm quan trọng cho việc duy trì ổn định trong khu vực, tạo điều kiện thuận lợi cho sự hợp tác chặt chẽ và toàn diện hơn giữa ASEAN và Trung Quốc trong ACFTA.