Một số nước lạc hậu trong ASEAN lo ngại rằng tham gia khu mậu dịch tự do không những không nâng cao sức cạnh tranh của mình mà ngược lại còn bị lạc hậu hơn về kinh tế, sự phân hóa giữa hai cực càng nghiêm trọng, bởi lẽ:
Thứ nhất, những nước này cho rằng sức sản xuất trong nước không cao, một khi mở cửa thị trường có thể sẽ bị tràn ngập bởi khối lượng lớn hàng xuất khẩu của các nước có trình độ phát triển cao hơn, dẫn đến việc trở thành "thuộc
nước ASEAN sẽ gặp phải trở lực khá lớn trong việc giảm mức thuế và tiến trình thúc đẩy nhất thể hóa kinh tế khu vực.
Thứ hai, cùng với việc ký kết một FTA với Trung Quốc, các nước ASEAN cũng không ngừng tìm kiếm các FTA song phương khác như FTA ASEAN – Nhật Bản, FTA ASEAN – ấn Độ, FTA Mỹ – Singapore, FTA Singpore – New Zealand, FTA Thái Lan – ấn Độ, FTA Thái Lan – UAE, … và nếu các nước trong khối vẫn tiếp tục chạy đua ở cuộc chơi FTA như vậy thì tiến trình thực hiện AFTA có thể bị đe doạ. Vì khi đạt được FTA, các nước sẽ lo tới quyền lợi của mình với các nước ngoài khối, còn việc thực hiện lộ trình giảm thuế chung trong ASEAN sẽ bị xếp xuống hàng thứ yếu, làm cho hố sâu về hoà nhập tự do thương mại giữa các nước ASEAN ngày càng lớn dần. Nếu ASEAN có khoảng 5 FTA như vậy thì sẽ dẫn tới sự ra đời các “tiểu vùng kinh tế” trong khu vực và tình trạng cạnh tranh cục bộ là chắc chắn. Khi đó, AFTA sẽ chỉ là cái “vỏ bọc” của những FTA riêng biệt.