Tài nguyên du lịch chưa được đầu tư khai thác hợp lý, đặc biệt là các tài nguyên du lịch thiên nhiên (du lịch biển, du lịch đầm phá, du lịch nghỉ dưỡng) và một số tài nguyên lịch sử-văn hố (du lịch tìm hiểu văn hố dân tộc ít người, tham quan các di tích Cách mạng, phố cổ, lễ hội cung đình, lễ hội dân gian...).
Sản phẩm du lịch chưa đa dạng, chủ yếu là các sản phẩm gắn liền với di sản văn hố thế giới cố đơ Huế. Các sản phẩm du lịch gắn với các tiềm năng phát triển các loại hình du lịch khác như các bãi biển, hệ thống đầm phá, hệ thống di tích lịch sử cách mạng… chưa được quan tâm phát triển. Các dịch vụ vui chơi giải trí cao cấp, các dịch vụ bổ trợ, hàng hoá lưu niệm chưa phong phú, chất lượng chưa tương xứng với giá cả… do đó mức chi tiêu của khách du lịch đặc biệt là khách quốc tế còn thấp so với tiềm năng.
Hệ thống cơ sở lưu trú - dịch vụ quan trọng của một điểm đến phát triển nhiều về số lượng nhưng kém về chất lượng.
Sự phối hợp giữa các ngành hữu quan trong việc phát hiện, kiểm tra, xử lý các tệ nạn xã hội chưa được duy trì thường xun. Cịn tình trạng tự phát, “mạnh ai nấy làm” dẫn đến thiếu hiệu quả trong quản lý.
Mơi trường đầu tư khuyến khích phát triển du lịch tuy đã có những biến đổi theo hướng thơng thống, hấp dẫn nhưng chưa có các giải pháp đồng bộ nên chưa thúc đẩy mạnh đầu tư phát triển du lịch .
Các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực du lịch quy mô nhỏ, phân tán, hoạt động kém hiệu quả.
Việc đầu tư hệ thống hạ tầng, cơ sở vật chất kỹ thuật chủ yếu tập trung ở khu vực thành phố Huế và phụ cận, các khu vực khác đặc biệt khu vực A Lưới hầu như chưa được quan tâm đầu tư.
Hoạt động xúc tiến, tìm kiếm khai thác thị trường mới chưa được thực hiện chủ động do đó chưa phát triển được các thị trường mới.
Một số dự án phát triển du lịch mặc dù bị dư luận và các nhà khoa học phản đối, có nhiều ý kiến chưa thống nhất nhưng vẫn được chính quyền phê duyệt, triển khai.