Trữ lượng hải sản thuộc vùng biển Khánh Hòa ước khoảng 150 nghìn tấn, trong đó chủ yếu là cá nổi (70%). Khả năng cho phép hàng năm khai thác khoảng 70.000 tấn. Ngoài các hải sản như cá, mực và các loại ốc, biển Khánh Hòa còn là nơi trú ngụ của chim yến, hàng năm cho phép khai thác khoảng 2.000 kg yến sào. Đây là một đặc sản quý mà không phải tỉnh nào trong cả nước cũng có thể có được, là nguồn nguyên liệu quý cho công nghiệp chế biến dược liệu bổ dưỡng cao cấp.
Biển Khánh Hịa cịn có ý nghĩa với việc sản xuất muối do nước biển có nồng độ muối tương đối cao, thuận lợi cho việc sản xuất muối tập trung và các sản phẩm sau muối, nhất là muối công nghiệp.
- Sinh vật nổi gồm:
Theo thống kê có khoảng 150 lồi trong đó chủ yếu là lớp chân phụ mái chèo Coppepoda ( 86 loài ~ 57%). Đặc biệt là loài sứa thuỷ mẫu với đường kính lên tới 20 – 30 cm cung cấp cho xuất khẩu sứa muối phèn và loài ruốc Accter cho sản xuất mắm ruốc đặc sản. Trên dưới 30 loài cá ( nhiều nhất là loài cá bống trắng 12%, sau đó là cá cơm, cá trích, thu ngừ, chuồn, măng…)
- Sinh vật đáy: Có trên 2.000 lồi động vật đáy cỡ lớn ở vùng biển Khánh Hoà chủ yếu là thân mềm, giáp xác.
+ Thân mềm chủ yếu là các lồi Sị Lơng lớn, Vẹm Xanh, Ngao Giá,
Sút, Sò Huyết, Sị Lơng nhỏ, Phi, Ốc Nhảy, Móng tay, Mực Ống, Mực Lá, Mực Vây, Bào Ngư, Bàn Mài, ốc Đụn, ốc Xà Cừ, ốc Kim Khôi…
+ Giáp sát chủ yếu gồm các lồi: Tơm Bạc, Tôm Sú, Tôm Gân, Tôm Đất, Tôm Hùm, Tôm Rằn, Tôm Rảo, Ghẹ Xanh, Ghẹ 3 Chấm, Cua Xanh…
+ Da gai: Hải Sâm Cát, Hải Sâm Đen, Hải Sâm Mít, Hải Sâm Lựu…
- Cá biển: Khu vực biển Khánh Hồ có 600 lồi cá trong đó có khoảng 50
lồi có giá trị kinh tế.
+ Cá nổi: Chiếm tỷ lệ trọng lượng cao gồm các loài cá lớn như Nhám,
Thu, Ngừ, Bạc Má… cá nhỏ như cá Cơm, Trích, Nục, Chuồn, Chỉ Vàng…
+ Cá đáy: chiếm tỷ trọng không lớn nhưng có giá trị kinh tế cao như
cá Mú, Đổng, Mối, Đỏ Da…