Hệ thống pháp lý của nước còn nhiều vướng mắc, chưa bàn hành nhiều quy bản quy định về hoạt động thanh toán quốc tế, và hoạt động ngoại thương, các văn bản luật chưa đầy đủ, còn chồng chéo ít nhiều đã gây ra những khó khăn cho hoạt động của các Ngân hàng thương mại. Hoạt động cho vay tài trợ xuất nhập khẩu phải chịu sự điều chỉnh của nhiều văn bản luật mà các văn hành luật chưa thật sự rõ ràng, và đan chéo gây nên nhiều bất lợi cho doanh nghiệp và ngân hàng trong nước khi có trang chấp, khiếu kiện xảy ra. Mặc dù sau khi gia nhập WTO, hàng rào thuế quan của nước ta đã giảm bớt, nhưng vẫn đang trong lộ trình, các doanh nghiệp vẫn còn gặp nhiều khó khăn trong quá trình xuất nhập khẩu hàng hóa, quá trình kiểm định chất lượng hàng hóa mất nhiều thời gian, điều này ảnh hưởng xấu tới hoạt động sản xuất kinh doanh của các doanh nghiệp xuất nhập khẩu, từ đó gây lên những khó khăn cho ngân hàng.
Hệ thống thông tin của nước ta còn kém phát triển, các NHTM chưa có một nguồn cung cấp thông tin từ nhà nước hiệu quả, chưa có một kênh thông tin nào chuyên biệt cho hoạt động ngoại thương, vì thế các ngân hàng thường phải chủ động tìm nguồn thông tin để hỗ trợ cho hoạt động kinh doanh của ngân hàng.
Thời điểm 2011, 2012, việc điều hành chính sách lãi suất và tỷ giá gây ảnh hưởng lớn tới cho vay tài trợ xuất nhập khẩu, tình hình này có cải thiện vào đầu năm 2012, khi mà các chính sách của Ngân hàng Nhà nước đã có những tác động tích cực trong việc điều hành chính sách lãi suất và tỷ giá, Tuy nhiên, sự thay đổi trong tỷ giá sẽ dẫn đến những thay đổi trong lãi suất cho vay của các NHTM, và khi các doanh nghiệp chưa thích ứng ngay với sự thay đổi đó, có thể gây lên những bất lợi cho những nhà xuất nhập khẩu, ảnh hưởng đến khả năng thu hồi nợ của ngân hàng.
Nhà nước cũng chưa có những cơ quan chuyên môn để hỗ trợ hoạt động ngoại thương, một hoạt động mới, đòi hỏi phải có sự hiểu biết sâu và rộng tới các tập quán thương mại quốc tế, do đó hoạt động của các chủ thể liên quan đến hoạt động tài trợ thương mại đều phải theo sự điều chỉnh của các tập quán thanh toán quốc tế, do đó
khi có rủi ro xảy ra thì việc tranh tụng, giải quyết rất phức tạp.
Nguyên nhân cuối cùng xuất phát từ phía người đi vay. Nhiều khi phương án sản xuất kinh doanh của họ rất khả thi, nhưng do năng lực kém, nên họ không thể kiểm soát được khi rủi ro xảy ra, nên họ bị mất vốn, thua lỗ, thậm chí phá sản. Ngoài ra, do đạo đức của người vay, muốn chiếm đoạt tiền vay của ngân hàng, nên họ có thể tìm cách để không hoàn trả khoản vay đó. Những điều trên nếu xảy ra sẽ ảnh hưởng lớn đến chất lượng cho vay tài trợ xuất nhập khẩu của ngân hàng. Chính vì thế khâu thẩm định luôn được xem là rất quan trọng trong cho vay tài trợ xuất nhập khẩu nói riêng và tín dụng nói chung.
Ngoài ra còn rất nhiều nguyên nhân dẫn đến những hạn chế của cho vay tài trợ xuất nhập khẩu, như những biến động của thị trường quốc tế, thiên tai, lũ lụt…Đây là những tiền đề quan trọng để đưa ra những giải pháp cụ thể hữu hiệu nâng cao chất lượng cho vay tài trợ xuất khẩu của ngân hàng.