Sự hiện diện của huyết khối trong hệ thống TM cửa và TM MTTT có thể gây ra TMCB ruột, đe dọa khả năng sống của ruột bị ảnh hưởng. Bệnh được phân loại theo thời gian có triệu chứng, gọi là huyết khối TM mạc treo cấp tính khi BN có triệu chứng dưới 4 tuần, các BN có triệu chứng kéo dài hơn hoặc những BN không có triệu chứng được cho là huyết khối TM mạc treo mạn tính [107]. Ngoài ra, có thể phân loại huyết khối TM mạc treo theo nguyên nhân của nó. Huyết khối TM mạc treo nguyên phát được chẩn đoán khi không thể xác định được yếu tố thúc đẩy nào. Huyết khối TM mạc treo thứ phát thường liên quan đến các tình trạng tăng đông bẩm sinh hay mắc phải, tăng áp lực TM cửa, mất nước hoặc viêm mạc treo, chấn thương mạc treo, và nhiễm khuẩn trong ổ bụng.
Vì tuần hoàn bàng hệ TM mạc treo rất phong phú, đặc biệt là các cung TM (venous arcades) và các mạch thẳng (vasa recta), nên phần lớn các TH có huyết khối TM mạc treo không dẫn đến TMCB mạc treo nặng. Tuy nhiên, nhồi máu ruột
do huyết khối TM mạc treo chiếm 5% đến 10% TMCB mạc treo cấp tính. Nhồi máu ruột xảy ra khi tuần hoàn bàng hệ không đủ và hồi lưu TM từ đoạn ruột liên quan bị tổn thương, làm tăng dần sự ứ huyết trong thành ruột. Thành ruột dày do phù nề kèm với xuất huyết trong thành ruột, các thay đổi tương tự cũng xảy ra ở phần mạc treo liên quan. Co thắt ĐM mạc treo xảy ra, nhưng mạch vẫn còn đập. Ở giai đoạn trễ, xảy ra nhồi máu xuyên thành ruột, lúc này khó phân biệt giữa nhồi máu ruột do tắc ĐM hay tắc TM [56].