Ngày 03 tháng 7 năm 2012, Bộ trưởng Bộ Tài chính Vương Đình Huệ đã ký Quyết định số 1669/QĐ-BTC về việc thành lập Cục Hải quan tỉnh Bắc Ninh trực thuộc Tổng cục Hải quan. Cục Hải quan tỉnh Bắc Ninh được thành lập, trên cơ sở sáp nhập các đơn vị: Chi cục Hải quan Bắc Ninh, Chi cục Hải quan cảng nội địa Tiên Sơn (thuộc Cục Hải quan Hà Nội), Chi cục Hải quan Thái Nguyên (Cục Hải quan tỉnh Cao Bằng), Chi cục Hải quan quản lý các khu công nghiệp tỉnh Bắc Giang (Cục Hải quan tỉnh Lạng Sơn).
Cục Hải quan tỉnh Bắc Ninh đi vào hoạt động kể từ ngày 11 tháng 8 năm 2012. Việc thành lập Cục Hải quan tỉnh Bắc Ninh nhằm đáp ứng yêu cầu quản lý Nhà nước về Hải quan, tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động đầu tư, XNK tại Bắc Ninh và các tỉnh lân cận, góp phần vào sự phát triển của khu vực vùng kinh tế trọng điểm phía Bắc. Sự ra đời của Cục Hải quan Bắc Ninh cũng góp phần quan trọng vào việc cải cách thủ tục hành chính về hải quan trên địa bàn, đồng thời thúc đẩy công tác quản lý Nhà nước về hải quan theo phương thức tập trung, hiện đại và phù hợp với thông lệ quốc tế theo mục tiêu phát triển của Hải quan Việt Nam.
Hiện, toàn tỉnh có hơn 60 làng nghề truyền thống. Đây là yếu tố thuận lợi, là tiềm năng lớn để phát triển KT-XH, đồng thời cũng đặt ra yêu cầu bức thiết trong việc tạo điều kiện thuận lợi hơn nữa về thủ tục XNK để đưa các sản phẩm truyền thống của địa phương ra thị trường quốc tế. Ngoài ra, Bắc Ninh cũng đã có 15 KCN tập trung được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, trong đó 10 KCN đã đi vào hoạt động.
Cục Hải quan tỉnh Bắc Ninh là đơn vị mới được thành lập, sau 7 năm hoạt động được sự quan tâm, chỉ đạo sát sao của Tổng cục Hải quan, UBND các tỉnh Bắc Ninh, Bắc Giang, Thái Nguyên, các Sở, ban ngành và sự quan tâm của cộng
đồng doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân trong và ngoài các tỉnh nêu trên, Cục Hải quan tỉnh Bắc Ninh luôn nỗ lực, phấn đấu hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao, triển khai thực hiện toàn diện và hiệu quả kế hoạch cải cách phát triển, hiện đại hóa hải quan và các nhiệm vụ trọng tâm khác, góp phần thực hiện phương châm hoạt động của Hải quan Việt Nam “Chuyên nghiệp – Minh bạch – Hiệu quả”.