Ngành Hải quan có vai trò lớn trong công cuộc đẩy mạnh sự nghiệp công nghiệp hoá, hiện đại hoá đất nước. Hoạt động hải quan phải đáp ứng được yêu cầu của nền kinh tế mở cửa hội nhập Quốc tế. Ngành Hải quan đã có định hướng, chiến lược phát triển đến năm 2025:
Về thể chế: Hoàn thiện hệ thống pháp luật về hải quan đầy đủ, thống nhất, đồng bộ điều chỉnh về chính sách và thủ tục hành chính trong lĩnh vực quản lý Nhà nước về hải quan, đáp ứng các yêu cầu trong quá trình hội nhập kinh tế quốc tế và phù hợp với thực tiễn kinh tế - xã hội của Việt Nam. Áp dụng phương pháp quản lý hải quan hiện đại. Quy định đầy đủ các chế độ quản lý và thủ tục hải quan theo hướng đơn giản hoá và hài hoà hoá.
Về thủ tục và chế độ quản lý hải quan: Đến năm 2020, về cơ bản các thủ tục và chế độ quản lý về hải quan được đơn giản hoá, hài hoà hoá, tuân thủ các chuẩn mực và thông lệ quốc tế. Thực hiện đầy đủ cơ chế một cửa quốc gia và tham gia cơ chế một cửa ASEAN; thời gian thông quan hàng hoá đạt mức các nước tiên tiến trong khu vực. Thủ tục hải quan chủ yếu được thực hiện bằng phương thức điện tử.
Về quản lý thuế: Nâng cao trình độ, năng lực quản lý thuế của Hải quan Việt Nam ngang tầm với các nước trong khu vực; đảm bảo quản lý thuế công bằng, minh bạch, khả thi, hiệu quả, phù hợp với chuẩn mực và thông lệ quốc tế; nâng cao ý thức tự giác tuân thủ pháp luật của người nộp thuế; đảm bảo quyền lợi, tận dụng tối đa lợi thế, hạn chế bất lợi trong hội nhập; tăng cường thanh tra, giám sát của cơ quan Hải quan; đảm bảo nguồn thu cho NSNN nhằm phục vụ sự nghiệp công nghiệp hoá, hiện đại hoá đất nước.
Về kiểm soát hải quan: Áp dụng sâu rộng quản lý rủi ro đối với các hoạt động nghiệp vụ hải quan; hình thành hệ thống thông tin nghiệp vụ hải quan tập trung, hiện đại, chất lượng cao. Tổ chức thực hiện có chiều sâu công tác nghiệp vụ cơ bản và đấu tranh có trọng điểm đối tượng buôn lậu, vận chuyển trái phép qua biên giới. Triển khai có hiệu quả các biện pháp cần thiết, thực hiện các cam kết quốc tế trong công tác phòng, chống khủng bố, rửa tiền, thực thi bảo vệ quyền sở hữu trí tuệ…. Thực hiện các biện pháp hàng rào kỹ thuật bảo vệ sản xuất và thị trường trong nước phát triển bền vững.
Về KTSTQ: Đến năm 2020, hoạt động KTSTQ đạt trình độ chuyên nghiệp, chuyên sâu, hiệu quả đảm bảo nguyên tắc kiểm tra hải quan từ tiền kiểm chuyển sang hậu kiểm; quy trình KTSTQ được chuẩn hoá trên cơ sở ứng dụng CNTT; phân loại được các DN XNK; kiểm soát được các DN, loại hình, mặt hàng XNK có độ rủi ro cao.
Về xây dựng lực lượng: Xây dựng lực lượng hải quan Việt Nam trở thành lực lượng chính quy, chuyên nghiệp, chuyên sâu, làm chủ các trang thiết bị, kỹ thuật hiện đại, có khả năng ngoại ngữ, tin học, hoạt động minh bạch, liêm chính, có hiệu lực và hiệu quả, đáp ứng các yêu cầu của hội nhập quốc tế.
Về tổ chức bộ máy: Xây dựng tổ chức bộ máy hải quan Việt Nam hiện đại, phù hợp với yêu cầu thực thi nhiệm vụ của hải quan và định hướng phát triển kinh tế- xã hội của đất nước, đáp ứng yêu cầu quản lý hải quan hiện đại theo nguyên tắc tập trung thống nhất.
Về hạ tầng truyền thông và ứng dụng CNTT: Duy trì và từng bước phát triển, nâng cấp hạ tầng truyền thông cùng với các giải pháp đảm bảo an ninh, an toàn cho cơ sở dữ liệu và hệ thống thông tin. Sẵn sàng thích hợp cơ chế một cửa quốc gia