* Kiến nghị về công tác phối, kết hợp:
Cùng với sự phát triển nhanh chóng của hoạt động ngoại thương, xu thế hội nhập kinh tế quốc tế và khu vực ngày càng phát triển và mở rộng. Bên cạnh đó, tình trạng buôn lậu, gian lận thương mại diễn ra với hình thức ngày càng tinh vi hơn và có chiều hướng gia tăng. Để khắc phục được tình trạng này thì sự nỗ lực của riêng ngành hải quan là chưa đủ, mà cần phải phát huy vai trò, thẩm quyền của Bộ Tài chính và sự tham gia của tất cả các cơ quan ban ngành khác có liên quan như Tổng cục thuế, hệ thống ngân hàng các cấp, bộ công an…Do đó, kiến nghị Bộ Tài chính sẽ phải là đơn vị chủ trì trong việc:
+ Ban hành các văn bản pháp luật về việc phối kết hợp giữa Bộ tài chính, cơ quan hải quan cũng như các cơ quan ban ngành khác có liên quan, ban hành văn bản phối hợp giữa cơ quan hải quan và hệ thống ngân hàng các cấp, giữa cơ quan hải quan và kho bạc nhà nước trong việc kiểm tra, kiểm soát tiền nộp thuế, tiền nộp
phạt... của doanh nghiệp nhằm bổ trợ cho hoạt động nghiệp vụ Hải quan được tiến hành đúng tiến độ, đúng thời gian pháp luật quy định.
+ Ban hành văn bản phối kết hợp giữa cơ quan hải quan và cơ quan thuế trong việc kiểm tra tính chính xác của các nội dung trên tờ khai hải quan với các sổ sách, chứng từ kế toán của doanh nghiệp mà cơ quan thuế thu thập được. Tích cực đẩy mạnh công tác trao đổi thông tin với cơ quan thuế để kiểm tra việc bán hàng sau thông quan của doanh nghiệp.
+ Ban hành văn bản phối hợp giữa cơ quan hải quan với Bộ Công an trong việc đôn đốc, thu hồi nợ đọng thuế cũng như việc quản lý các doanh nghiệp kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu trên địa bàn.
* Kiến nghị việc sửa đổi mức xử phạt, chế tài xử phạt:
Hiện nay, cùng với sự phát triển của hoạt động XNK, hành vi gian lận thương mại cũng tăng lên. Qua công tác nghiệp vụ hải quan cho thấy, một bộ phận doanh nghiệp đã thực hiện hành vi vi phạm phức tạp, tinh vi hơn; một số doanh nghiệp còn cố tình trống tránh, cố tình không thực hiện yêu cầu của cơ quan hải quan… gây chậm trễ, khó khăn trong xử lý hồ sơ và mất thời gian chờ đợi. Trong khi đó, chưa có biện pháp chế tài các trường hợp này, làm kéo dài thời gian kiểm tra, có những vụ đến khi kiểm tra được kết quả thì việc khắc phục hậu quả gặp nhiều vướng mắc.