Để cụ thể hóa, thực thi những quan điểm, chính sách của Đảng, Nhà nước, đồng thời thực hiện những mục tiêu phát triển kinh tế - xã hội trong từng giai đoạn cụ thể của tỉnh Thừa Thiên Huế, Sở Y tế đã đưa ra định hướng và mục tiêu chung như sau:
Góp phần thực hiện mục tiêu xây dựng, phát triển tỉnh Thừa Thiên Huế trở thành trung tâm y tế chuyên sâu của khu vực miền Trung - Tây Nguyên, có cơ sở vật chất và trang thiết bị hiện đại, tiên tiến; là trung tâm khoa học, công nghệ cao về y học, ngang tầm các trung tâm y tế lớn của cả nước và khu vực.
Xây dựng, phát triển ngành y tế trở thành ngành dịch vụ chất lượng cao, đóng góp lớn vào quá trình phát triển toàn diện con nguời, nâng cao mức sống, đẩy nhanh tăng trưởng kinh tế và phát triển xã hội bền vững.
Xây dựng, phát triển hệ thống tổ chức y tế trên địa bàn theo hướng Thừa Thiên Huế là một trong 3 Trung tâm dịch vụ y tế chất lượng cao của cả nước.
Chúng ta không thể xây dựng, phát triển ngành y tế trở thành ngành dịch vụ chất lượng cao nếu không có sự nhiệt tình, hăng hái, tinh thần trách nhiệm cao với công việc của độ ngũ cán bộ y tế. Để hoàn thành nhiệm vụ chính trị được giao, hướng đến thực hiện thắng lợi mục tiêu phát triển chung của ngành, Sở Y tế phấn đấu xây dựng đội ngũ cán bộ y tế có trình độ, kỹ năng, chuyên nghiệp và đạo đức nghề nghiệp đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ trong giai đoạn hiện nay. Do đó, thực hiện tốt công tác tạo động lực làm việc cho đội ngũ cán bộ y tế nói chung và đội ngũ bác sĩ tuyến huyện nói riêng,là một phần quan trọng trong thực hiện các mục tiêu chung của Ngành Y tế.