Mặc dù cơ chế một cửa, một cửa liên thông tại UBND cấp huyện tỉnh Cao Bằng đã đạt được nhiều kết quả đáng ghi nhận. Tuy nhiên, vẫn còn tồn tại những hạn chế, vướng mắc cần giải quyết, khắc phục, cụ thể là:
- Hệ thống văn bản vẫn còn nhiều, còn tình trạng thiếu đồng bộ và chồng chéo, trùng lắp... Vì vậy khó khăn cho công tác triển khai áp dụng và công khai, hướng dẫn người dân tại bộ phận một cửa, một cửa liên thông.
- Các quy định về trách nhiệm thực thi công vụ của từng cơ quan hành chính, chức trách của từng vị trí cán bộ, công chức chưa thật rõ ràng và cụ thể, chưa thực sự minh bạch. Do vậy, việc áp dụng vào hoạt động đánh giá, phân loại chất lượng cán bộ, công chức hàng năm vẫn còn thực hiện theo hướng “cào bằng”, chưa có sự phân biệt rõ giữa công chức làm việc tại bộ phận một cửa, một cửa liên thông với công chức tại các phòng ban chuyên môn. Điều này ảnh hướng ít nhiều đến tâm tư, tình cảm của công chức làm việc tại đây do tính chất công việc có nhiều áp lực hơn. Điều này đã có những ảnh hưởng không tốt đến chất lượng hoạt động của bộ phận này.
- Một số huyện còn tồn tại xu hướng cơ quan hành chính huyện giành thuận
việc của người dân, tổ chức. Nhiều nơi, nhiều chỗ vẫn còn tình trạng hồ sơ giải quyết chưa đúng hẹn, nhất là trên các lĩnh vực nhạy cảm như: tài nguyên – môi trường, xây dựng...
- Thủ tục giải quyết một số loại hồ sơ hành chính còn bị cắt khúc theo cấp hành chính, chưa tạo thành quy trình giải quyết thống nhất từ Trung ương đến địa phương nên vẫn còn gây phiền hà cho cá nhân, tổ chức khi thực hiện các giao dịch hành chính. Quan hệ phối hợp trong giải quyết hồ sơ giữa bộ phận một cửa, một cửa liên thông với các phòng, ban chuyên môn, với các cơ quan liên thông đã có thay đổi, tiến bộ. Tuy nhiên, vẫn còn tồn tại nhiều thiếu sót, ý thức cộng đồng trách nhiệm giữa các cơ quan phối hợp giải quyết chưa cao, còn tình trạng đùn đẩy trách nhiệm.
- Ý thức trách nhiệm và thái độ phục vụ nhân dân của đa số cán bộ, công chức đã thay đổi, chuyển biến căn bản. Tuy nhiên, vẫn còn một bộ phận cán bộ, công chức trách nhiệm còn yếu, chưa thạo việc, hạn chế về năng lực. Do vậy, vẫn còn tồn tại tình trạng giải thích, tiếp nhận hồ sơ của người dân không được thoả đáng, đầy đủ dẫn đến người dân phải đi lại nhiều lần.
- Việc thực hiện công khai thủ tục hành chính tại bộ phận một cửa tuy đã được thực hiện nghiêm túc nhưng một số địa phương vẫn chưa được tốt, như: không đầy đủ, thiếu thông tin, không cập nhật kịp thời các quy định mới. Thậm chí có nơi công khai quy trình, thủ tục nhưng lại thiếu mẫu đơn, mẫu tờ khai.
- Thực hiện cung cấp dịch vụ công trực tuyến còn hạn chế một phần do năng lực của chính quyền, một phần do trình độ của người dân chưa đáp ứng được trong tiếp cận với công nghệ thông tin. Chi phí cho dịch vụ tiếp nhận và trả hồ sơ qua bưu chính còn cao, nguyên nhân một phần do điều kiện địa lý và giao thông còn khó khăn với đặc thù của một tỉnh miền núi.