Đặc điểm trung tâm trong sinh lý học vi khuẩn là khả năng duy trì sự sống của một vi khuẩn nhất định. Tuy nhiên, có một vấn đề còn tồn tại là làm thế nào chúng ta có thể xác định được khả năng sống của sinh vật đó. Theo cách truyền thống, người ta xác định khả năng sống thông qua khả năng của một tế bào tạo thành khuẩn lạc trên một môi trường thạch phù hợp. Khả năng sống cũng được biểu diễn bằng số lượng tế bào có trong một quần thể có khả năng hình thành khuẩn lạc.
Theo cách tính trên thì nếu một tế bào vi khuẩn có thể tạo thành một khuẩn lạc thì nó phải còn sống, vậy nếu một tế bào không tạo thành được khuẩn lạc thì nó đã chết hay chưa? Một số vi khuẩn gây bệnh như Mycobacterium leprae
(gây bệnh phong) hay Treponema pallidum (gây bệnh giang mai) không thể tạo thành khuẩn lạc khi nuôi cấy trên môi trường thạch hiện có nhưng rõ ràng chúng vẫn sống. Tương tự, tất cả những sinh vật hiện chưa có cách nuôi cấy (theo ước
64
tính chiếm tới 99% số loài vi khuẩn hiện đang tồn tại trên trái đất) chắc chắn vẫn có khả năng tự nhân lên. Đơn giản là chúng ta chưa tìm được môi trường thích hợp để nuôi cấy chúng.
Một điều có thể xảy ra là một số sinh vật tuy có thể nuôi cấy được nhưng lại chuyển trạng thái sinh lý sang dạng không thể cảm ứng để hình thành khuẩn lạc được. Thuật ngữ thông dụng được dùng cho trạng thái sinh lý như vậy là sống nhưng không thể nuôi cấy (viable but non-culturable, VBNC). Các bằng chứng thực nghiệm và dịch tễ học đã ủng hộ cho sự tồn tại của trạng thái VBNC. Ví dụ, sự xuất hiện của một số loại bệnh truyền nhiễm khi cơ thể tiếp xúc với các nguồn từ môi trường, đặc biệt là bệnh dịch tả, tuy nhiên chúng ta lại không thể phân lập được mầm bệnh từ nguồn môi trường.
Việc xác định được khả năng sống có giá trị thực tế lớn trong lĩnh vực vi sinh vật y học. Phương pháp đếm số lượng khuẩn lạc tạo thành được thực hiện để xác định hoạt lực của chất kháng sinh và các nhân tố như nhiệt độ hay các yếu tố được thử nghiệm trên động vật mô hình khi nghiên cứu bệnh truyền nhiễm ở người đã cung cấp những thông tin rất có giá trị.
Hiện nay chúng ta đang bước vào kỷ nguyên nơi rất nhiều kỹ thuật nghiên cứu và chẩn đoán có thể được thay thế bằng các phương pháp phân tử. Các tín hiệu dựa trên những kỹ thuật như vậy có thể thu được từ các tế bào sống, các tế bào chết hoặc các tế bào ở trạng thái VBNC.