Khi một vi sinh vật xâm nhập được vào tới mô và thoát khỏi các cơ chế miễn dịch tự nhiên, nó thường sử dụng một loạt các chiến thuật lẩn tránh để bảo vệ nó khỏi các phản ứng miễn dịch của cơ thể chủ. Vi khuẩn gây bệnh thường tổng hợp một nhóm các sản phẩm gây ức chế đề kháng được gọi là aggressin và
impedin.
Vi khuẩn có thể tồn tại và nhân lên bên trong các tế bào thực bào có lợi thế lớn vì chúng được bảo vệ khỏi sự tấn công của các cơ chế bảo vệ ở cơ thể chủ. Một số vi sinh vật chỉ cư trú nội bào trong một thời gian ngắn, tuy nhiên một số khác lại tồn tại lâu dài, thậm chí là suốt toàn bộ đời sống của chúng. Để có thể thích nghi với lối sống ký sinh nội bào, vi sinh vật phải có các cơ chế lẩn tránh đặc biệt. Một số vi khuẩn như Mycobacterium leprae gây bệnh phong đã thích nghi với lối sống ký sinh nội bào đến mức chúng không thể tồn tại ở môi trường ngoại bào.
Listeria monocytogenes là tác nhân gây bệnh nhiễm khuẩn Listeria, có thể tồn tại và nhân lên trong các tế bào đại thực bào thông thường, nhưng lại bị tiêu diệt trong các đại thực bào đã được hoạt hóa bởi lymphokine do bạch cầu lympho T tiết ra. Bệnh do Listeria gây ra thường gặp ở các bệnh nhân bị suy giảm miễn dịch, phụ nữ có thai và trẻ sơ sinh vì những người này tổng hợp không đủ lượng các nhân tố hoạt hóa đại thực bào. Mycobacteria có một lớp thành tế bào dạng sáp rất kỵ nước vì vậy ngăn cản sự xâm nhập của các enzyme lysozyme nên có thể tồn tại rất lâu, ngay cả khi vi khuẩn đã bị tiêu diệt. Bên cạnh đó, những vi sinh vật này cũng có các cơ chế lẩn tránh khác. M. tuberculosis gây bệnh lao tiết ra các phân tử kìm hãm sự kết hợp lysosome/phagosome, và M. leprae có thể thoát khỏi bóng phagosome để sinh trưởng trong tế bào chất. Thành tế bào của hai loại vi khuẩn này có chứa thành phần lipoarabinomannan có tác dụng ngăn cản sự tác động của γ-interferon lên các đại thực bào.
96
Các tế bào lympho T đóng vai trò chính trong việc chống lại các vi sinh vật ký sinh nội bào. Trong rất nhiều trường hợp, bản thân vi sinh vật không gây hại trực tiếp tới tế bào chủ mà tính chất bệnh lại do đáp ứng miễn dịch gây ra. Sau khi xâm nhập được vào cơ thể chủ, các vi khuẩn ký sinh nội bào bị các đại thực bào nuốt vào trong, tuy nhiên chúng thoát khỏi cơ chế tiêu diệt nội bào nên tiếp tục nhân lên. Trong quá trình sinh sản nội bào, một số phân tử của vi khuẩn được chế biến và trình diện lên bề mặt tế bào bị nhiễm khuẩn thông qua việc gắn lên các phức hệ trình diện kháng nguyên MHC lớp II. Phức hợp này được nhận biết bởi các tế bào lympho T CD4+ đặc hiệu, sau đó chúng được kích thích để sản sinh ra các lymphokine. Những phân tử lymphokine này đến lượt mình lại hoạt hóa các đại thực bào đến tiêu diệt các vi khuẩn ký sinh nội bào.
Một giả thuyết cũng được đặt ra là các peptide có nguồn gốc vi khuẩn được gắn với các phân tử phức hệ MHC lớp I. Sự hình thành phức hợp này dẫn tới việc tiêu hủy các tế bào nhiễm khuẩn bằng các tế bào lympho T CD8+. Những tế bào này cũng tổng hợp ra các lymphokine để loại bỏ vi khuẩn thông qua việc thu hút các đại thực bào tới vị trí xâm nhiễm. Việc tích tụ các đại thực bào cũng dẫn tới việc hình thành một u hạt có tác dụng ngăn cản sự phát tán của vi khuẩn sang các vị trí khác. Do các điều kiện cho sự tồn tại của mầm bệnh không còn thích hợp, chúng ngừng phân chia và chết.