Các loại vi khuẩn gây bệnh có thể được chia thành hai nhóm lớn là nhóm gây bệnh cơ hội (opportunists pathogens) và nhóm gây bệnh chính (primary pathogens). Cả hai nhóm đều có một phổ độc lực rộng và vì vậy chúng có thể chồng lấn lên nhau. Ngoài ra, một số vi khuẩn gây bệnh có khả năng lây nhiễm trên rất nhiều loài vật chủ khác nhau; những mầm bệnh như vậy được gọi là
zoonoses (những mầm bệnh có thể lây truyền từ động vật sang người và ngược
lại), trái lại những mầm bệnh không thuộc loại trên đã có sự thích nghi mạnh với một loài nào đó hoặc một nhóm loài có quan hệ họ hàng gần. Cả hai dạng mầm bệnh này có thể thuộc nhóm gây bệnh cơ hội hoặc nhóm gây bệnh chính và những sinh vật là vô hại đối với loài này lại có thể gây bệnh trên loài khác.
1.1. Những vi khuẩn gây bệnh cơ hội
Những loài vi khuẩn này hiếm khi gây bệnh trên những cá thể có hệ miễn dịch khỏe mạnh cũng như có các cơ quan giải phẫu nguyên vẹn. Chỉ khi những hàng rào bảo vệ trên của cơ thể bị hư hại hoặc suy giảm chức năng do có những bệnh bẩm sinh hoặc bệnh gặp phải, do điều trị thuốc ức chế miễn dịch hoặc thực hiện phẫu thuật thì những loại vi khuẩn đó mới có thể gây bệnh. Rất nhiều mầm bệnh cơ hội là một phần thuộc hệ vi sinh vật thông thường ở người, ký sinh trên bề mặt da và niêm mạc nơi chúng thường vô hại và thật ra còn có lợi vì chúng ngăn cản sự xâm nhiễm của các mầm bệnh tiềm năng. Tuy nhiên, nếu các vi sinh vật này nhiễm vào các vị trí mà thông thường chúng không có ở đó hoặc do việc loại bỏ các vi khuẩn cạnh tranh với chúng do sử dụng các loại thuốc kháng sinh phổ rộng, thì sẽ tạo điều kiện cho chúng nhân lên và sau đó phát triển thành nhóm gây bệnh.
1.2. Những vi khuẩn gây bệnh chính
Những vi khuẩn này có khả năng lây nhiễm và gây bệnh trên các cơ thể đang khỏe mạnh với hệ miễn dịch đang hoạt động tốt. Tuy nhiên chúng có thể gây bệnh trầm trọng hơn trên các cơ thể có hệ thống bảo vệ suy yếu.
100
Cách phân loại trên được áp dụng đối với đại đa số các vi sinh vật gây bệnh. Tuy nhiên cũng có những ngoại lệ và những khác biệt trong cả hai nhóm phân loại trên. Các chủng khác nhau của bất kỳ một loài vi khuẩn nào có thể khác nhau về thành phần vật chất di truyền cũng như các yếu tố độc lực. Ví dụ, đa số các chủng
Neisseria meningitidis là vô hại và được coi là các chủng vi khuẩn gây bệnh cơ hội; tuy nhiên, một số dòng siêu độc có khả năng gây bệnh trên người khỏe mạnh. Ngược lại, mỗi người cũng có thành phần vật chất di truyền khác nhau và có mức độ nhạy cảm khác nhau đối với các vi khuẩn xâm nhiễm.
1.3. Các vi khuẩn thuộc loại zoonose và không phải zoonose
Một số mầm bệnh được tìm thấy trên rất nhiều loài động vật và có thể lây nhiễm sang người khi tiếp xúc trực tiếp hoặc gián tiếp với động vật. Ví dụ điển hình là E. coli O157 thường được tìm thấy trên gia súc và một số loài động vật khác mà không gây bệnh trên những đối tượng này, nhưng lại gây các bệnh về đường tiêu hóa cũng như các biến chứng nguy hiểm khác như hội chứng tan huyết ure huyết (HUS) nếu lây nhiễm sang người. Ngược lại, một số mầm bệnh lại có sự thích nghi cao với một loài vật chủ nào đó. Ví dụ, các loài Neisseria gây bệnh như N. meningitidis và N. gonorrhea chỉ được tìm thấy trên người mà không có khả năng lây nhiễm hoặc hình thành gây bệnh ở các loài động vật khác trong các điều kiện thông thường.