Mục tiêu quản lí hoạt động GDĐĐ cho HS là nhằm đáp ứng các yêu cầu chuẩn mực của xã hội đặt ra cho HS THPT trong giai đoạn hiện nay.
Về nhận thức: Hiệu trưởng phải tuyên truyền, tác động để mọi người, mọi tổ chức xã hội có nhận thức đúng về vai trò và tầm quan trọng của đạo đức và GDĐĐ cho HS (Bộ Giáo dục và đào tạo, 2006).
Về thái độ: Giúp cho mọi người hiểu biết và ủng hộ những việc làm đúng, đấu tranh với những việc làm sai trái. Phê phán, điều chỉnh những hành vi sai trái, không phù hợp với chuẩn mực đạo đức, những hành vi dẫn đến vi phạm pháp luật của HS (Bộ Giáo dục và Đào tạo, 2006).
Về hành vi: Từ nhận thức và thái độ đúng đắn, thu hút mọi lực lượng cùng tham gia hoạt động GDĐĐ cho HS. Tích cực tham gia quản lí và tổ chức việc rèn luyện, tu dưỡng đạo đức cho HS theo các chuẩn mực của xã hội (Bộ Giáo dục và Đào tạo, 2006).
Vì vậy, để nâng cao chất lượng hoạt động GDĐĐ cho HS thì tất cả các thành viên tham gia trong quá trình GDĐĐ cho HS (cả chủ thể và đối tượng) phải nắm rõ mục tiêu GDĐĐ của nhà trường. Các mục tiêu cơ bản nhà trường cần đạt được trong
việc GDĐĐ cho HS bao gồm: giáo dục về đạo đức lối sống, giáo dục thể chất, giáo dục thẩm mĩ, giáo dục lao động và hướng nghiệp, giáo dục ý thức pháp luật. Do đó, Hiệu trưởng phải quán triệt đầy đủ, chính xác những mục tiêu mà nhà trường cần đạt trong hoạt động GDĐĐ cho HS. Vì vậy, Hiệu trưởng khi xây dựng kế hoạch GDĐĐ cho HS phải xác định mục tiêu phù hợp với các quan điểm của Đảng, các quy định của ngành, yêu cầu thực tế của nhà trường trong điều kiện đổi mới giáo dục hiện nay. Để đạt được mục tiêu GDĐĐ cho HS đã đề ra cần có sự đồng thuận trong đội ngũ GV và các lực lượng giáo dục ngoài nhà trường để họ ủng hộ và quyết tâm thực hiện. Mục tiêu GDĐĐ cho HS cần phổ biến sâu rộng đến tất cả các lực lượng tham gia quá trình giáo dục khi triển khai thực hiện. Ngoài ra, cần phải thực hiện tốt các chức năng xây dựng kế hoạch, chỉ đạo, tổ chức thực hiện và kiểm tra đánh giá việc thực hiện các hoạt động GDĐĐ cho HS.
Mục tiêu quản lí hoạt động GDĐĐ cho HS là quá trình tác động đến HS được đúng hướng, phù hợp với các chuẩn mực đạo đức của xã hội, thu hút được các lực lượng giáo dục trong và ngoài nhà trường cùng tham gia hoạt động GDĐĐ cho HS. Trên cơ sở đó trang bị cho HS những tri thức về đạo đức, xây dựng cho HS niềm tin đạo đức, tình cảm đạo đức để có được hành vi đạo đức đúng đắn.