Mặc dù đã đạt được nhiều thành tựu trong suốt quá trình đổi mới kinh tế cho đến nay, Nông nghiệp Việt Nam hiện vẫn còn phải đối mặt với nhiều điểm hạn chế, ảnh hưởng tiêu cực đến sự phát triển của ngành.
Thứ nhất, hoạt động sản xuất nông sản, hàng hóa còn mang tính tự phát và
phong trào, không có chiến lược, quy hoạch rõ ràng. Đây chính là việc nông dân và doanh nghiệp sản xuất và chế biến nông sản còn yếu kém trong khả năng tổ chức hoạt động sản xuất do trình độ và năng lực chưa cao. Từ đó dẫn đến hàng loạt các hệ quả như: sản xuất mang tính thủ công tạo ra giá trị thấp, giá thành sản xuất lại chưa cạnh tranh, năng suất lao động thấp, hình thức và mẫu mã của sản phẩm chưa đẹp không thể cạnh tranh với nông sản nước ngoài, chất lượng sản phẩm chưa cao. Từ đó dẫn đến hoạt động kinh doanh không mang lại hiệu quả.
Thứ hai, các nguồn lực đầu vào của ngành Nông nghiệp Việt Nam như đất
đai, vốn, công nghệ, cơ sở hạ tầng, lao động, quy trình kĩ thuật... còn mang tính nhỏ lẻ nếu không muốn nói là thiếu thốn, ngoài ra vẫn chưa đảm bảo tính đồng bộ, mang tính chất tự phát cao. Hiện tại nông dân và doanh nghiệp nông sản còn đang bị phụ thuộc vào các yếu tố tự nhiên, dẫn đến các tác động từ điều kiện thiên nhiên như thời tiết hạn hán, nắng nóng, lũ lụt... sẽ ảnh hưởng trầm trọng đến hoạt động sản xuất nông sản.
Thứ ba, cơ cấu sản xuất nông sản còn chưa hợp lý, thiếu cân đối. Từ xưa đến
chính, thu hút mức độ đầu tư và chú trọng rất cao về mọi nguồn lực như lao động và tài chính, nghiên cứu, đất đai, tổ chức, nhân sự... Nhưng chính vì chú trọng quá nhiều vào lúa gạo đã khiến nông nghiệp Việt Nam không thể thu được nguồn lợi từ thị trường quốc tế đối với một số nông sản khác, đặc biệt là rau củ quả. Thực tế trên thị trường quốc tế hiện nay, rau và hoa quả có giá trị lớn gấp 7 lần so với thị trường gạo.
Tình trạng thiếu cân đối cơ cấu cây trồng này sở dĩ do Việt Nam chưa có những nghiên cứu và định hướng phát triển phù hợp với nhu cầu thực tế của thị trường thế giới, ngoài ra, người nông dân và các doanh nghiệp nhận thấy được còn nhiều rủi ro nên không tự tin để đầu tư vào những ngành đòi hỏi đầu tư các quy trình kỹ thuật, công nghệ cao và có tổ chức hệ thống, có chiến lược như rau, hoa quả. Vì vậy, doanh nghiệp và nông dân chủ yếu tập trung sản xuất các mặt hàng nông sản thô, ít chế biến như lúa gạo, cà phê hay chè. Ngoài ra, hiện nay, với chính sách của nhà nước về việc sử dụng đất nông nghiệp được quy định có thời hạn cũng làm tăng rủi ro cho người sử dụng đất, đây cũng là lý do khiến các doanh nghiệp trong và ngoài nước e ngại với việc đầu tư có chiều sâu cho công nghệ cao trong nông nghiệp. Trong 10 năm vừa qua, hầu hết các nông sản có tốc độ tăng trưởng xuất khẩu cao của Việt Nam lại có xu hướng giảm tốc độ tăng trưởng xuất khẩu trên thị trường thế giới, điều này chứng tỏ Nông nghiệp Việt Nam còn hạn chế ở khả năng phản ứng và thích nghi với thị trường, còn tiếp nhận thông tin từ thị trường một cách thụ động, không có dự báo đón đầu không ở cả sản xuất, chế biến và xúc tiến thương mại;
Thứ tư, một điểm yếu, hạn chế nữa của ngành Nông nghiệp Việt Nam, cũng
là điểm yếu chung của các quốc gia đang phát triển, đó chính là cơ sở hạ tầng còn yếu kém, máy móc thiết bị thô sơ, công nghệ sản xuất và thu hoạch còn lạc hậu. Để có thể tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động kinh doanh được diễn ra một cách hiệu quả, tất cả các hệ thống trên cần phải được tổ chức hoạt động theo 1 quy trình xuyên suốt, nhuần nhuyễn và đồng bộ. Tuy nhiên, thực tế là doanh nghiệp nông sản Việt chưa xây dựng được cho mình chuỗi ngành hàng xuyên suốt và đồng bộ, ví dụ khi sản lượng lúa gạo đạt đỉnh thì sẽ gặp những khó khăn như: thiếu kho để tạm trữ lúa
hệ thống vận tại không đủ khả năng đảm bảo vận chuyển đã cản trở việc vận chuyển các nguyên liệu cũng như thành phẩm, bao bì sản phẩm chưa tốt, mẫu mã không đẹp, gây tổn thất trong quá trình thu hoạch cũng như bảo quản, làm giảm chất lượng của sản phẩm, quan trọng nhất là việc hoạt động chế biến còn nhiều hạn chế khiến cho doanh nghiệp không đáp ứng được nhu cầu của thị trường về mặt hàng có giá trị cao, thay vì vậy chỉ cung cấp được mặt hàng thô sơ có giá trị thấp hơn. Cũng chính vì nguyên nhân này, dẫn đến tình trạng được mùa nhưng người dân phải bán lỗ, bán tháo để lấy vốn quay vòng hoạt động sản xuất. Về cơ bản các Hiệp hội ngành hàng cũng như các cơ quan ban ngành nông nghiệp Việt Nam chưa giúp nông dân giải quyết những vấn đề này một cách hiệu quả.
Thứ năm, một điểm yếu của ngành Nông nghiệp hiện nay, ảnh hưởng không
hề nhỏ đến không chỉ hoạt động tiêu thụ trong nước mà còn cả hoạt động xuất khẩu và hội nhập kinh tế quốc tế, đó chính là sản xuất nông sản chưa quan tâm đến vấn đề vệ sinh an toàn thực phẩm, tầm quan trọng của bảo vệ môi trường sinh thái và phát triển bền vững. Thực tế nông dân và doanh nghiệp Việt Nam chỉ vì lợi ích thiển cận đã sử dụng phân bón hóa học độc hại, thuốc trừ sâu, thuốc diệt cỏ, thuốc bảo quản một cách tùy tiện, vượt quá giới hạn cho phép, không chỉ dẫn đến thoái hóa, đất, ô nhiễm nguồn nước mà nghiêm trọng hơn là gây hại sức khỏe cho công đồng, làm mất niềm tin của người tiêu dùng, dẫn đến nhiều hàng hóa nông sản bị tẩy chay trong nước và không xuất khẩu ra nước ngoài được.
Thứ sáu, các sản phẩm nông sản ở Việt Nam phần lớn chưa được xây dựng
thương hiệu. Như đã nêu ở các phần trên, Việt Nam có xấp xỉ tới 1000 sản phẩm nông nghiệp, dịch vụ đặc thù gắn liền với 721 địa danh trên cả nước, trong đó có 800 sản phẩm nổi tiếng. Tuy nhiên, số lượng sản phẩm có chỉ dẫn địa lý được đăng ký bảo hộ chỉ là 30 chỉ dẫn địa lý, chiếm một tỷ lệ rất nhỏ, ngoài ra chỉ có 136 thương hiệu có đăng ký bảo hộ. Việt Nam luôn nằm trong số các quốc gia dẫn đầu về xuất khẩu cà phê, hồ tiêu, hạt điều và hiện có rất nhiều loại trái cây của Việt Nam như vải, nhãn, bưởi, thanh long… được ưa chuộng trên thế giới nhưng người tiêu dùng vẫn chưa biết nhiều đến các thương hiệu đó của nông sản Việt Nam, nguyên nhân là do các doanh nghiệp chưa thực sự quan tâm đến vấn đề thương hiệu, chưa
có ý thức tận dụng hết tiềm năng của mặt hàng nông sản. Chính vì vậy, dẫn đến thực tế đáng buồn là 90% nông sản xuất khẩu trong thời gian qua chỉ có con đường xuất khẩu dưới dạng nguyên liệu thô với lợi ích kinh tế rất thấp. Trong khi đó, các nước nhập khẩu nguồn nguyên liệu này, sau khi chế biến và mang thương hiệu của chính họ, lại có thể được bán với giá rất cao.
Thứ bảy, Việt Nam còn bị hạn chế trong khả năng tìm kiếm và tiếp cận thông
tin, cũng như dự báo về biến động thị trường và xu hướng tiêu dùng tại thị trường tiềm năng và thị trường mới. Từ đó khiến cho nền Nông nghiệp hiện tại còn đang bị động trong quá trình hội nhập kinh tế quốc tế.