Việt Nam đang gặp phải vấn đề khi phải nhập khẩu nguồn nguyên liệu từ nước ngoài, nếu không thể đáp ứng được yêu cầu về giới hạn tỷ lệ % tối đa được phép của nguyên liệu nhập khẩu thì không được áp dụng ưu đãi về thuế quan, từ đó giảm tính cạnh tranh của sản phẩm xuất khẩu trên thị trường quốc tế.
Hiện nay, các sản phẩm của Việt Nam đang bị EU yêu cầu áp dụng quy tắc xuất xứ thuần túy bao gồm: Mật ong, thịt và phụ phẩm dạng thịt ăn được,trứng chim và trứng gia cầm, rau củ quả nguyên liệu, Cà chua, nấm và nấm cục đã chế biến hoặc bảo quản bằng cách khác trừ loại bảo quản bằng giấm, gạo, chế phẩm từ ngũ cốc, tinh bột, lá thuốc là chưa chế biến…. Quy tắc xuất xứ thuần túy được quy định trong EVFTA khi áp dụng vào Nông nghiệp có thể được hiểu như sau: Các sản phẩm được xem là có xuất xứ thuần túy tại Việt Nam nếu như: sản phẩm thực vật và rau được trồng và thu hoạch hay tập trung ở Việt Nam; động vật sống được sinh ra và nuôi ở Việt Nam; sản phẩm từ động vật sống được nuôi ở Việt Nam; sản phẩm từ động vật được sinh ra, nuôi, và giết mổ ở Việt Nam; Các sản phẩm thu được từ săn bắn hoặc đánh bắt ở Việt Nam và tất cả các sản phẩm chế biến từ nguồn nguyên liệu được nêu ở trên.
Như vậy đối với Việt Nam, các sản phẩm trên chỉ cần có 1% nguồn nguyên liệu được nhập khẩu từ nước khác, ngay tập tức không được áp dụng các ưu đãi thuế quan, đó là một rào cản khiến nhiều doanh nghiệp Việt Nam bất lợi khi xuất khẩu nông sản.
Ngoài quy định về sản phẩm có xuất xứ thuần túy, EVFTA có những quy định bớt nghiêm ngặt hơn nhưng còn phức tạp đối với một số sản phẩm: Sản phẩm bơ sữa, sản phẩm ăn được gốc động vật có khối lượng đường sử dụng không quá 20% khối lượng sản phẩm cuối cùng, sản phẩm chế biến từ rau củ có hàm lượng đường không xuất xứ không được quá 20%; đối với rượu và đồ uống có cồn, nho nguyên liệu yêu cầu xuất xứ thuần túy và lượng đường không xuất xứ tối đa là 20%; lá thuốc lá đã chế biến chỉ được sử dụng tối đa 30% nguyên liệu không xuất xứ trong các nguyên liệu liên quan so với tổng nguyên liệu được sử dụng và sản phẩm thuốc lá điếu phải làm từ lá thuốc lá đã chế biến có xuất xứ hoặc giới hạn tỷ lệ nguyên liệu không xuất xứ… vẫn sẽ được công nhận là có xuất xứ và được hưởng các ưu đãi về thuế quan. Ngoài ra đối với chi tiết từng mặt hàng nhỏ lẻ khác như các loại kẹo từ đường, ca cao và các chế phẩm từ ca cao, chế phẩm từ ngũ cốc tinh bột… EVFTA đều quy định rất cụ thể và chi tiết khiến cho việc đáp ứng quy tắc cần được thực hiện với tính chính xác cao.
Hiện nay, công nghiệp hỗ trợ của Việt Nam chưa phát triển nên phần lớn nguồn nguyên, phụ liệu để sản xuất hàng xuất khẩu đều phải nhập khẩu. Từ những yêu cầu chặt chẽ về quy tắc xuất xứ như trên, đối với Việt Nam với hơn 70% nguồn nguyên liệu nhập khẩu thì đâu là giải pháp cho vấn đề đáp ứng quy tắc xuất xứ để được hưởng ưu đãi về thuế quan theo Hiệp định EVFTA chính là một thách thức đối với ngành Nông nghiệp.
2.3.1.2. Đối mặt với các biện pháp phòng vệ thương mại, biện pháp đối kháng và biện pháp tự vệ
Việt Nam hiện đang gặp phải nhiều trở ngại khi tham gia thương mại quốc tế bởi thường phải đối mặt với các vụ tranh chấp thương mại quốc tế (vụ kiện chống bán phá giá) cũng như đối mặt với thuế đối kháng (thuế chống trợ cấp).
EVFTA quy đinh chi tiết về các biện pháp này trong chương 3 về các trường hợp được và không được áp dụng, cũng như việc áp dụng sẽ được thực hiện như thế nào. Hiệp định dẫn chiếu trực tiếp đến quy định của WTO trong Hiệp định của WTO về trợ cấp và các biện pháp đối kháng cũng như các quy định khác của WTO về tự vệ song phương.
Việc ký kết EVFTA sẽ không có tác động lớn tới việc sử dụng hành động chống bán phá giá và đối kháng của EU đối với hàng nhập khẩu từ Việt Nam, ngược lại, khối này có thể áp dụng những quy định nghiêm ngặt hơn đối với Việt Nam trong lĩnh vực bán phá giá, trợ cấp và sử dụng các công cụ phòng vệ thương mại.
Thực tế cho thấy, nông sản là mặt hàng được bảo hộ cao tại nhiều quốc gia, việc Việt Nam xuất khẩu với mức giá cạnh tranh cao ở thị trường nước ngoài, hay xuất khẩu ồ ạt vào thị trường thì việc tăng số lượng hàng hóa có xuất xứ Việt Nam tại lãnh thổ của EU trong điều kiện tuyệt đối hoặc tương đối so với sản xuất trong nước, gây ra hoặc có nguy cơ gây ra thiệt hại nghiêm trọng cho ngành sản xuất trong nước sản xuất ra hàng hoá tương tự hoặc hàng hóa cạnh tranh trực tiếp thường phải đối mặt với hành động tự vệ của nước nhập khẩu. Điều này dẫn đến các hành động vô hiệu hóa ưu đãi về thuế quan, được thực hiện một cách hợp pháp như: tạm ngưng giảm thêm thuế quan đối với mặt hàng liên quan; hoặc tăng thuế quan đối với mặt hàng đó nhưng không được vượt quá mức nào trong các mức sau: thuế suất tối huệ quốc áp dụng đối với mặt hàng có hiệu lực tại thời điểm mà biện pháp được áp dụng; hoặc thuế suất cơ bản quy định tại các Biểu cam kết của Hiệp định.
Hạn chế của Việt Nam là việc hiểu và thực thi luật, các doanh nghiệp Việt Nam thông thường thiếu sự hiểu biết sâu sắc về các biện pháp phòng vệ thương mại, các biện pháp đối kháng và hành động tự vệ cũng như thiếu kinh nghiệm đối phó trong các trường hợp này. Bên cạnh đó, việc theo đuổi một vụ kiện như vậy cũng đòi hỏi khả năng tài chính lớn mà các doanh nghiệp Việt Nam khó lòng đáp ứng được. Ngoài ra, vai trò của các Hiệp hội ngành hàng cũng như các Bộ ngành, Chính phủ trong việc hỗ trợ các doanh nghiệp Việt Nam đối mặt với vấn đề này trong thương mại quốc tế vẫn còn những hạn chế.
Vì vậy, việc ký kết EVFTA bên cạnh việc tạo ra điều kiện thuận lợi cho xuất khẩu nông sản cũng tạo ra những thử thách đối mặt với các hành động bảo hộ của quốc gia nhập khẩu cho ngành Nông nghiệp Việt Nam.