EVFTA được ký kết và có hiệu lực chính là một bước tiến mạnh mẽ trong mối quan hệ thương mại giữa Việt Nam và Liên minh Châu Âu, thể hiện các bên đều đã sẵn sàng mở cửa cho quá trình hội nhập sâu rộng giữa các nền kinh tế. Tuy nhiên, có những lĩnh vực của nền kinh tế mà các bên vẫn còn e ngại và được coi là nhạy cảm, vẫn cần được bảo hộ, Nông nghiệp là một trong số các ngành đó.
Đối mặt với việc EVFTA có hiệu lực và đi vào thực thi, xuất khẩu nông sản của Việt Nam cũng gặp một số những vấn đề nhất định. Mặc dù hàng rào thuế quan đã được cắt giảm đáng kể, nông sản Việt Nam vẫn phải đối đầu với một số các rào cản phi thuế quan từ lâu luôn là một rào cản lớn và ảnh hưởng tiêu cực đến xuất khẩu nông sản.
Nhắc đến EU, chính là đề cập đến một trong những thị trường khó tính, yêu cầu cao về chất lượng, các quy định đối với sản phẩm nhập khẩu của các nước thuộc khối EU liên tục thay đổi khiến sản phẩm của Việt Nam không đáp ứng kịp thời, ảnh hưởng không nhỏ đến khối lượng và kim ngạch xuất khẩu.
Hàng hóa của Việt Nam khi nhập khẩu vào EU hiện tại đang gặp nhiều khó khăn do những rào cản phi thuế quan như chất lượng, an toàn thực phẩm, nguồn gốc
thức kiểm tra giá trị gia tăng, cơ chế này xuất phát từ việc phát hiện nhiều lô hàng không phù hợp với quy định của EU (như nhiễm vi khuẩn, có dư lượng thuốc bảo vệ thực vật). Đây là cơ chế EU áp dụng chung cho tất cả các đối tác thương mại. EU đã phối hợp tiến hành kiểm tra và kết quả cho thấy hệ thống kiểm soát an toàn thực phẩm của Việt Nam đối với các sản phẩm rau gia vị xuất khẩu sang EU còn hạn chế.
EVFTA quy định về các rào cản phi thuế trực tiếp ảnh hưởng đến hoạt động xuất khẩu nông sản của Việt Nam, bao gồm: quy tắc xuất xứ, các biện pháp phòng vệ thương mại (thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp, các biện pháp tự vệ), quy định về môi trường, rào cản kỹ thuật TBT, các biện pháp vệ sinh dịch tễ SPS, quy định về các quy trình công nghệ..
Vậy vấn đề đặt ra là làm thế nào Việt Nam có thể đẩy mạnh xuất khẩu bằng việc đáp ứng toàn bộ các quy định trên của EU trong hiệp định EVFTA.