Trước đây, chùa Cần Linh là một trong 10 chùa được nhân dân xây dựng trên địa bàn thành phố Vinh. Trải qua bao thời gian, nhất là do chiến tranh tàn phá, năm 1980, thành phố có chủ trương tổ chức rước các vị tượng và đồ tế khí của các chùa: chùa Lễ, chùa Đá, chùa Tập Phúc, chùa Mới, chùa An Lạc, chùa Giáp, chùa Thuỷ… về chùa Cần Linh.
Nhân vật gắn liền với lịch sử ngôi chùa là những con người mà cuộc đời của họ lấy đường tu làm mục đích. Sự tồn tại của chùa và ngày nay được trùng tu, tôn tạo với dáng vẻ thanh cao, u tịch và hấp dẫn, đó là kết quả của một quá trình vận động quyên góp vật tư, tiền của của những người phát tâm công đức, trong đó, lớn nhất là vai trò trụ trì hàng mấy chục năm của hai nhà sư Thích Diệu Viên và Thích Diệu Niệm.
Cụ Thích Diệu Viên, sau khi đi du ngoạn khắp nơi trong Nam ngoài Bắc, qua nhiều chốn “Non bồng nước nhược”, cụ đã dừng chân ở chùa Cần Linh để tiếp tục đường tu. Thấy chùa hỏng nặng, với đường đạo là cao cả, cụ đã tự nguyện công đức tiền của và vận động các tín hữu phát tâm đóng góp công sức tu sửa lại chùa. Từ đây, chùa trở nên đẹp hơn, rộng hơn, các phật tử về chùa tụng niệm đông hơn. Các nhà Tả vu, Hữu vu và nhà thờ Phật tổ được xây thêm với diện tích gấp 3 lần chùa cũ. Nhà sư Thích Diệu Viên đã đi trọn đường tu nơi cửa Phật và được an táng trong khu vực chùa.
Nhà sư Thích Diệu Niệm đến tu hành ở chùa từ năm 1941 và kế tục nhà sư Thích Diệu Viên trụ trì chùa. Là người sớm có ý thức vì dân vì nước trong bổn đạo, ngay từ ngày đầu toàn quốc kháng chiến (1946), nhà sư đã tích cực
tham gia vào các tổ chức cứu quốc: Phụ nữ cứu quốc, Mặt trận Việt Minh, mua công trái cứu quốc.
Trong hai cuộc kháng chiến chống Pháp và chống Mỹ cũng như trong thời bình, nhà sư Thích Diệu Viên liên tục tham gia công tác đoàn thể như mặt trận, phụ nữ từ tỉnh đến phường. Đặc biệt là các phong trào ủng hộ nuôi quân trên đất liền cũng như ngoài hải đảo, nơi biên giới (thời kỳ chống Mỹ). Không dừng lại ở đó, nhà sư còn tổ chức nuôi các cháu mồ côi ăn ở, học tập và các cụ già không nơi nương tựa. Hoạt động này được duy trì hàng năm, là một việc làm nhân hậu cho thế gian. Nhà sư còn làm chủ tịch Hội từ thiện do Mặt trận Tổ quốc thành phố tổ chức.
Trong thời kỳ chiến tranh phá hoại (1964 - 1972), cũng như các địa danh khác trên thành phố Vinh - một trọng điểm ném bom của đế quốc Mỹ, chùa Cần Linh cũng phải hứng chịu những làn bom đạn của kẻ thù. Nằm ở ngoại ô thành phố nên chùa Cần Linh là địa điểm thuận lợi để xây dựng các trận địa pháo. Tại đây đã diễn ra trận địa pháo 57 ly của đại đội 9, trung đoàn 280, đơn vị anh hùng luôn luôn bám trụ. Đơn vị đã bắn rơi tại chỗ chiếc máy bay thứ 300 trên miền Bắc, đồng thời cũng là trận địa pháo góp phần cùng quân và dân thành phố bắn rơi 100 máy bay Mỹ. Ngày 19/6/1966, Bác Hồ đã gửi thư khen quân và dân thành phố Vinh.
Tuy bị địch bắn phá dữ dội nhưng bên trong các ngôi chùa, các lớp học của trường phổ thông khu phố 2 (phường Cửa Nam) đã sơ tán về đây vẫn duy trì việc học tập cho các em, chùa cũng kịp thời được tu sửa trong thời gian chiến tranh.
Chiến tranh tuy có tàn phá nhưng không làm mất đi giá trị kiến trúc cổ. Vẫn là hình ảnh mái chùa uốn cong với những mảng phù điêu rồng chầu hổ phục và sưu tập tượng pháp gần trăm pho với cách thể hiện tinh vi, điêu luyện. Khi chiến tranh kết thúc, thành phố Vinh được xây dựng lại khang trang hơn với những dãy nhà, dãy phố mang kiến trúc hiện đại thì nét đẹp cổ kính của ngôi chùa càng tăng thêm vẻ hấp dẫn, hài hoà cho không gian thành phố.
Qua sưu tập hiện vật tượng pháp, hoành phi, câu đối, chuông mõ, đồ thờ tự và các mảng chạm khắc kiến trúc, chúng ta sẽ hiểu được lịch sử của ngôi chùa, giá trị điêu khắc, đồng thời hiểu được tình hình phát triển tôn giáo Việt Nam vào cuối thời Lê, đầu thời Nguyễn. Các hiện vật trong chùa như tượng pháp, chuông đồng, hoành phi, cửa vọng, câu đối, bài vị, đồ thờ tự bằng đá và các mảng kiến trúc nghệ thuật là những tài sản vô giá của chùa Cần Linh. Có thể nói, chùa Cần Linh là một thắng cảnh hấp dẫn của thành phố Vinh, là di sản văn hoá của Nghệ An và của cả nước.
Năm 1981, Giáo hội Phật giáo Việt Nam được thành lập trên cơ sở hợp nhất của 9 hệ phái Phật giáo trong cả nước. Ni trưởng trụ trì chùa là Thích Diệu Niệm được cử tham gia Uỷ viên Hội đồng trị sự khoá I. Trong quá trình phát triển Phật giáo Đàng Trong (từ Quảng Bình ra Thanh Hoá), chùa Cần Linh là điểm dừng chân của chư tôn đức Trung ương Giáo hội trong mỗi chuyến hành hương Phật sự và là cầu nối đạo pháp với Phật giáo các tỉnh Thanh Hoá, Hà Tĩnh, Quảng Bình. Hiện nay, chùa Cần Linh là trụ sở của Giáo hội Phật giáo Việt Nam tại Nghệ An.
Trải qua hơn 200 năm đầy biến động của lịch sử dân tộc và sự khắc nghiệt của thiên nhiên, chùa đã được tu sửa nhiều lần, đó là vào các năm: 1942, 1955, 1973. Mỗi lần sửa chữa, trùng tu, tôn tạo, chùa lại được mở rộng thêm cảnh quan, bổ sung một số công trình, làm cho kiến trúc tổng thể của chùa được khép kín và hợp lý hơn. Hiện nay, chùa vẫn được thường xuyên tu sửa, bảo đảm tính bền vững cho di tích.
Để bảo vệ và phát huy giá trị của chùa Cần Linh, UBND tỉnh Nghệ An và UBND thành phố Vinh đã đề ra phương án bảo vệ và sử dụng di tích. Với những giá trị to lớn về lịch sử và văn hoá, UBND Tỉnh đã làm tờ trình Bộ văn hoá Thông tin và Thể thao xét duyệt công nhận: Di tích lịch sử văn hoá. Đây là cơ sở pháp lý quan trọng nhất để bảo vệ và phát huy giá trị của di tích.
Năm 1976, Bảo tàng Nghệ Tĩnh đã lập hồ sơ phổ thông di tích chùa Cần Linh, có thành lập tổ bảo vệ gồm 3 người. Đây là một việc làm hết sức
cần thiết nhằm tăng cường mọi hiệu quả hiện có ở chùa và phát huy hơn nữa các giá trị văn hoá của di tích.
Hàng năm, chùa Cần Linh tổ chức các ngày lễ sau đây: 1/1 AL: ngày vía Đức Phật Di Lặc
8/1 AL: lễ cầu an đầu năm
15/1 AL: ngày lễ thượng nguyên, cầu quốc thái dân an 8/2 AL: ngày vía Đức Phật Thích Ca xuất giá
15/2 AL: ngày vía Đức Phật Thích Ca nhập Niết bàn 19/2 AL: ngày vía Đức Quan thế âm Bồ tát giáng sinh
15/4 AL: ngày vía Đức Phật Thích Ca giáng sinh (ngày Phật Đản) 19/6 AL: ngày vía Đức Quan thế âm bồ tát xuất giá
15/7 AL: lễ Vu Lan Bồn (Đại lễ cầu siêu, báo hiếu, trọng ân) 17/9 AL: giỗ sư bà Thích Diệu Niệm
3/11 AL: giỗ sư cụ Thích Diệu Viên 17/11 AL: ngày vía Đức Phật A Di Đà
8/12 AL: ngày vía Đức Phật Thích Ca thành đạo.
Trong số các ngày lễ trên, ngày 15/4 AL (ngày Phật Đản) được coi là đại lễ, đại hội của chùa. Vào các ngày rằm và ngày mồng 1 hàng tháng, nhân dân thường đến chùa thắp hương, cầu khẩn, tạo nên một nếp sống văn hoá lành mạnh trong đời sống nhân dân thành phố Vinh. Đặc biệt, trong các ngày lễ quan trọng của chùa, không chỉ có nhân dân Nghệ An mà còn có tăng ni, phật tử và khách thập phưong về dự lễ rất đông. Chùa Cần Linh ngày nay đã trở thành điểm sinh hoạt văn hoá tâm linh của nhân dân trong và ngoài tỉnh và cũng là một thắng cảnh tiêu biểu của thành phố Vinh.
Chùa Cần Linh đã được Bộ Văn hoá Thông tin ra quyết định số 97 QĐ/BT ngày 21/1/1992 xếp hạng là Di tích lịch sử văn hoá cấp quốc gia.