Chương trình phát triển KTCK là một trong 29 đề án, kế hoạch, nghị quyết thuộc 7 chương trình công tác trọng tâm của Ban Chấp hành Đảng bộ tỉnh Lào Cai khóa VII. Thực hiện kế hoạch 03/KH-TU ngày 30-05-2001 của Tỉnh ủy Lào Cai, UBND tỉnh đã ban hành Quyết định số 50/QĐ-UB ngày 18-02-2002 về việc phê duyệt chương trình phát triển khu KTCK Lào Cai giai đoạn 2001 - 2005, 2005 - 2010. Mục tiêu của chương trình là nhằm khai thác có hiệu quả những lợi thế của khu vực KTCK, đưa KTCK thực sự là mũi nhọn, là động lực để phát triển kinh tế địa phương. Xây dựng cơ sở vật chất khu KTCK đảm bảo sức hấp dẫn các nhà đầu tư, kinh doanh trong và ngoài nước, đảm bảo ổn định an ninh, trật tự biên giới. Phấn đấu mỗi năm số thu từ khu vực KTCK tăng 15 - 20%, năm 2005 đạt số thu từ KTCK 230 - 250 tỷ đồng.
Mặc dù những năm qua có nhiều yếu tố tác động không thuận lợi cho việc thực hiện chương trình như: thiên tai, dịch bệnh; kết cấu hạ tầng đang đầu tư chưa hoàn thiện; Chính phủ thay đổi một số chính sách xuất - nhập khẩu; đến hết năm 2003 không còn cơ chế để lại nguồn thu từ khu KTCK cho đầu tư phát triển... Song, được sự chỉ đạo sát sao
của Tỉnh ủy, sự điều hành năng động của UBND tỉnh, hoạt động hiệu quả của Ban chỉ đạo cùng với sự nỗ lực của các cấp, các ngành, khu KTCK Lào Cai đã có bước tăng trưởng mạnh mẽ và đạt được nhiều kết quả quan trọng, từng bước khẳng định vị trí, vai trò của khu KTCK trong phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh.