Công tác tổ chức, cán bộ phải được chú trọng và quan tâm thường xuyên, và coi đây là điều kiện quyết định thắng lợi mọi nhiệm vụ đề ra. Buông lơi công tác này không những tổn thất về phong trào nói chung, công tác chống buôn lậu nói riêng, mà còn ảnh hưởng đến uy tín của đơn vị trên địa bàn. Nhận xét về công tác này, trong thời gian qua Tổng cục trưởng TCHQ Trương Chí Trung chỉ rõ:
Công tác quản lý cán bộ còn nhiều bất cập, việc phân cấp quản lý cán bộ chưa gắn chặt quyền hạn với trách nhiệm dẫn đến đùn đẩy trách nhiệm trong quản lý cán bộ; cán bộ quản lý chưa kiểm soát và nắm chắc công chức thuộc quyền cả về công việc cũng như các mối quan hệ; việc khen thưởng cán bộ cũng chưa thật công bằng, kịp thời, cảm tính, tính giáo dục chưa cao; biện pháp ngăn chặn
phòng ngừa sai phạm tiêu cực tuy có đặt ra nhiều, quy định chặt chẽ nhưng việc tổ chức thực hiện chưa quyết liệt, hiệu quả còn thấp [6, tr. 9].
Một trong những lý do cơ bản làm mất mát cán bộ trong thời gian qua là việc buông lỏng công tác quản lý của các tổ chức, đoàn thể; thiếu sự giáo dục của gia đình, bản thân cán bộ công chức thiếu rèn luyện, tu dưỡng dẫn đến thoái hóa, biến chất, sống buông thả đã làm cho không ít cán bộ, công chức của đơn vị vi phạm kỷ luật: nhẹ thì khiển trách, cảnh cáo; nặng thì buộc thôi việc và có không ít cá nhân đã và đang bị xử lý về mặt hình sự.
Nguyên nhân chủ quan của tồn tại đó là: công tác giáo dục chính trị tư tưởng ở đơn vị chưa được cấp ủy và lãnh đạo Cục quan tâm đúng mức và luôn là khâu yếu trong nhiều năm. Khả năng quản lý, phát hiện và giải quyết diễn biến tư tưởng của cán bộ công chức còn yếu và luôn bị động trước những phát sinh về tư tưởng nhất là những lệch lạc về động cơ vào ngành. Việc giáo dục đạo đức danh dự trách nhiệm và lương tâm nghề nghiệp đối với công chức còn hời hợt, kém hiệu quả. Tư tưởng vụ lợi, tham vọng quyền chức khá nặng nề dẫn đến kèn cựa, tranh giành, chạy chọt, làm mất đoàn kết, gây rối nội bộ và công tác quản lý cán bộ. Vai trò cấp ủy trong công tác tư tưởng và công tác cán bộ còn yếu, các tổ chức quần chúng thụ động; ý thức phê và tự phê kém, sợ bị trù dập, sợ điều chuyển nơi không có "màu", dẫn đến tình trạng thủ tiêu đấu tranh. Trong khi đó đội ngũ cán bộ, công chức HQBĐ được tuyển dụng từ nhiều nguồn, trình độ không đồng đều, tỷ lệ được đào tạo cơ bản rất ít, đa số được đào tạo tại chức, trình độ chuyên môn, khả năng ngoại ngữ còn rất hạn chế.
Trước tình hình đó, vấn đề đặt ra cho Cục HQBĐ rất nặng nề, đó là phải củng cố chấn chỉnh ngay công tác tổ chức của đơn vị, có kế hoạch nâng cao trình độ chuyên môn nghiệp vụ, vừa rèn luyện phẩm chất đạo đức trong sáng, biết tự trọng, tự hào nghề nghiệp cho cán bộ công chức; không vụ lợi, không móc nối tiếp tay cho buôn lậu, nắm chắc pháp luật; thành thạo quy trình kiểm tra kiểm soát, kịp thời phát hiện, xử lý các vụ việc xảy ra trên địa bàn đơn vị phụ trách bảo đảm cả về pháp luật, nghiệp vụ và đối ngoại. Cần cá thể hóa trách nhiệm phù hợp với Luật Hải quan theo mục tiêu "xây dựng Hải quan Việt Nam
thành lực lượng chuyên nghiệp có chuyên môn sâu và hiện đại, hoạt động minh bạch, liêm chính và có hiệu quả cao".