Từ năm 1999 đến năm 2003, Cục HQBĐ đã phát hiện, bắt giữ và xử lý hành vi buôn lậu, gian lận thương mại, số vụ và trị giá hàng phạm pháp trong lĩnh vực quản lý nhà nước về hải quan qua các năm như sau: Năm 1999: 26 vụ, trị giá 02 tỷ đồng; Năm 2000: 19 vụ, trị giá 500 triệu đồng; Năm 2001: 25 vụ, trị giá 600 triệu đồng; Năm 2002: 22 vụ, trị giá 1,5 tỷ đồng; Năm 2003: 20 vụ, trị giá 500 triệu đồng; trong đó chuyển cho cơ quan Điều tra để xử lý về hình sự 03 vụ, hàng hóa tịch thu chủ yếu là hàng điện tử cũ và mới, phụ tùng ôtô các loại; rượu bia, bánh kẹo các loại, quần áo và các loại hàng xa xỉ khác....
Qua công tác thống kê ta thấy, số vụ vi phạm ngày càng giảm dần, hành vi vi phạm chủ yếu trong lĩnh vực thương mại; đối tượng lợi dụng những sơ hở trong chính sách quản lý hàng hóa XNK, móc nối với đối tác nước ngoài kể cả một số phần tử thoái hóa, biến chất trong một số cơ quan có chức năng chống buôn lậu. Trong khi đó hàng hóa buôn lậu trên biển hầu như không còn, nếu có thì trị giá hàng vi phạm không đáng kể so với thời gian trước đây. Vấn đề này có nhiều lý do, một mặt do nhận thức phần lớn thủy thủ trên các tàu viễn dương và đại đa số quần chúng nhân dân thấy được tác hại, nguy hiểm của việc buôn lậu, mặt khác do đời sống kinh tế của người dân đã được nâng cao, các loại hàng hóa cũ không còn "hấp dẫn" đối với thị trường trong nước nữa, do đó số vụ vi phạm xử lý hành chính là chủ yếu (trị giá hàng phạm pháp dưới 100 triệu đồng).