Trước yêu cầu mở cửa, hội nhập kinh tế quốc tế, CNH, HĐH đặt ra cho ngành Hải quan và từng cán bộ công chức Hải quan những thời cơ và thách thức lớn, như yêu cầu tăng thu cho ngân sách hàng năm, yêu cầu đẩy mạnh chống buôn lậu, gian lận thương mại quyết liệt hơn, yêu cầu cải cách thủ tục hải quan thông thoáng nhưng phải quản lý chặt chẽ trong lúc biên chế và trình độ chuyên môn công chức còn nhiều bất cập. Trước mắt, tiếp tục thực hiện đẩy mạnh cải cách hành chính, tổ chức lại lực lượng, tiêu chuẩn hóa cán bộ, thực hiện cuộc vận động xây dựng và chỉnh đốn Đảng theo tinh thần Nghị quyết Trung ương 6 (lần 2) nhằm xây dựng ngành Hải quan chính quy, hiện đại. Để làm tốt điều đó, trong thời gian tới cần tập trung làm tốt một số nhiệm vụ sau:
Một là, củng cố và từng bước hoàn thiện tổ chức bộ máy, trên cơ sở tổ chức biên chế hiện có, căn cứ vào chức năng nhiệm vụ, tình hình và điều kiện thực tế để sắp xếp cho phù hợp. ổn định ngay tổ chức và biên chế của Đội kiểm soát hải quan, nhất là bộ phận làm công tác tham mưu - tổng hợp để đủ sức hoàn thành nhiệm vụ, tham mưu cho lãnh đạo công tác chống buôn lậu;
Hai là, đổi mới mạnh mẽ trong công tác đánh giá, đề bạt, điều động cán bộ, công chức để đào tạo, bồi dưỡng nâng cao trình độ. Hạn chế đến mức thấp nhất việc điều động, luân chuyển cán bộ làm công tác chuyên trách chống buôn lậu nhằm ổn định và có tính liên tục trong việc theo dõi tình hình buôn lậu trên địa bàn, đồng thời cũng phải đề phòng tiêu cực để bảo vệ cán bộ.
Xây dựng kế hoạch luân chuyển, quy hoạch cán bộ từng năm đảm bảo yêu cầu công tác chuyên môn, không bỏ trống địa bàn, tăng cường công tác giáo dục, quản lý nội bộ, kịp thời phát hiện, ngăn chặn và kiên quyết xử lý những hiện tượng tiêu cực đặc biệt đối với cán bộ công chức làm nhiệm vụ tại Cửa khẩu, Đội kiểm soát chống buôn lậu.
Ba là, tăng cường nhiệm vụ và quyền hạn cho bộ phận Tham mưu - Tổng hợp; ưu tiên lựa chọn, bố trí những cán bộ công chức có kinh nghiệm về thực tế, giỏi về chuyên môn (có năng khiếu về công tác tham mưu, tổng hợp) tham mưu lãnh đạo nắm bắt được diễn biến tình hình buôn lậu xảy ra, từ đó có biện pháp phòng chống mới hiệu quả.
Bốn là, đối với các đơn vị làm công tác tham mưu cho Cục trưởng, cần tiếp tục rà soát lại chức năng, nhiệm vụ để đề nghị với Bộ, TCHQ bổ sung, sửa đổi cho phù hợp với công tác chống buôn lậu trong tình hình mới, nhất là công chức được đào tạo chuyên ngành chống buôn lậu ở các trường nghiệp vụ. Trước mắt tập trung ưu tiên biên chế cho các đơn vị: Đội kiểm soát chống buôn lậu (hiện nay chỉ có 17 người), phòng Tham mưu - xử lý, phòng Kiểm tra sau thông quan, Chi cục HQCK cảng Quy Nhơn, Đội chống buôn lậu thuộc Chi cục Hải quan Phú Yên bảo đảm đủ sức và lực nhằm chủ động hơn trong việc thực thi nhiệm vụ.