Theo quy định của Luật Hải quan, Cục HQBĐ là đơn vị trực thuộc TCHQ, có chức năng tổ chức thực hiện pháp luật của nhà nước về hải quan và các quy định khác của pháp luật có liên quan trên địa bàn hoạt động của Cục Hải quan [5, Điều 1]. Ngoài thực hiện các nhiệm vụ chuyên môn, Cục HQBĐ còn có chức năng: "Thực hiện các biện pháp nghiệp vụ cần thiết để chủ động phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới trong phạm vi địa bàn hoạt động. Phối hợp thực hiện nhiệm vụ với các cơ quan chức năng ngoài địa bàn hoạt động theo quy định của pháp luật và của TCHQ" [5, Điều 2]; "Xử lý vi phạm hành chính hoặc khởi tố đối với các vụ buôn lậu, vận chuyển trái phép qua biên giới theo quy định của pháp luật..." [5, Điều 3].
Theo Quyết định 1766/TCHQ/QĐ/TCCB ngày 29/12/2003 của TCHQ Phòng
Tham mưu chống buôn lậu và xử lý làm nhiệm vụ tham mưu, đề xuất với Cục trưởng chỉ đạo công tác phòng chống buôn lậu, còn chức năng trực tiếp thực hiện công tác tuần tra kiểm soát chống buôn lậu giao cho Đội Kiểm soát hải quan theo quy định tại quyết định số 414/TCHQ/QĐ/TCCB ngày 06/3/2003 của Tổng cục trưởng TCHQ. Đội Kiểm soát Hải quan là đơn vị trực thuộc Cục Hải quan tỉnh có chức năng trực tiếp thực hiện công tác kiểm soát hải quan, phòng chống buôn lậu, chống gian lận thương mại, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới trong phạm vi địa bàn hoạt động của hải quan do Cục Hải quan tỉnh quản lý theo quy định của Luật Hải quan, các quy định khác của pháp luật có liên quan như: Tổ chức nắm tình hình, xây dựng các phương án, kế hoạch trọng tâm, trọng điểm; thu thập thông tin tiến hành các biện pháp tuần tra, điều tra; phối hợp với các lực lượng chống buôn lậu trên địa bàn để phát hiện ngăn ngừa và đấu tranh có hiệu quả đối với hành vi buôn lậu, chống gian lận thương mại, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới theo chỉ đạo của cấp trên.
Như vậy, Đội Kiểm soát hải quan trực thuộc Cục HQBĐ là đơn vị trực tiếp làm công tác phòng chống buôn lậu trên địa bàn, có quyền xử lý hành vi buôn lậu và vận chuyển trái phép hàng hóa, ngoại hối, tiền Việt Nam.... qua biên giới theo quy định tại Điều 153, 154 của BLHS; Điều 97 Bộ luật tố tụng hình sự; Điều 66 Luật Hải quan.
Với điều kiện cơ sở vật chất được TCHQ quan tâm đầu tư, sự nỗ lực của các bộ công chức trong đơn vị, sự phối kết hợp trong nội bộ với các cơ quan chức năng trên địa bàn, biết dựa vào nhân dân làm tai mắt cho mình; đã phát hiện bắt giữ và xử lý nhiều vụ buôn lậu, xử lý "điểm nóng " buôn lậu trên địa bàn đạt kết quả tốt.
Tuy nhiên, trong thời gian qua do đội ngũ cán bộ công chức Cục HQBĐ tuyển dụng từ nhiều nguồn, trình độ không đồng đều, nhất là trình độ nghiệp vụ điều tra chống buôn lậu còn yếu, phần đông chưa được đào tạo căn bản, còn chắp vá chưa đáp ứng với yêu cầu nhiệm vụ công tác. Trong tổng số 62 cán bộ, công chức có trình độ đại học thì có hơn 30 người học đại học tại chức. Mặt khác, do đòi hỏi của cơ chế nên nhiều trường hợp đi học là để hợp thức hóa bằng cấp chứ không phải để nâng cao trình độ và phục vụ cho công việc, do vậy dẫn đến tình trạng đào tạo tràn lan, không có chuyên môn sâu, thiếu cán bộ chuyên môn nghiêm trọng ở những vị trí then chốt như phân tích phân loại hàng hóa, tính thuế, chống buôn lậu v.v...
Một thực tế cho thấy, đối với những cán bộ, công chức được đào tạo căn bản lại "trưng dụng" vào các vị trí văn phòng, làm tổng hợp... trong khi đó người không có nghiệp vụ lại bố trí ở những khâu quan trọng như giám sát quản lý, kiểm hóa, điều tra chống buôn lậu... đó chính là nguyên nhân dẫn đến vi phạm pháp luật hàng loạt của cán bộ công chức ở Chi cục HQCK cảng Quy Nhơn trong thời gian qua.
Việc bổ nhiệm, luân chuyển, nâng lương, khen thưởng cho cán bộ, công chức cũng còn theo nếp cũ, máy móc, rườm rà, có khi vi phạm quy chế dân chủ.
Trên đây là những bất cập xảy ra trong thực tế cần được nhìn nhận một cách nghiêm túc để có hướng khắc phục.