Sau khi sắp xếp lại cán bộ theo Nghị định 09/1998/NĐ-CP của Chính phủ, Đảng ủy, UBND xã, phường, thị trấn tiến hành rà soát lại hồ sơ lý lịch để thực hiện việc quản lý, làm cơ sở để giải quyết chế độ cho cán bộ lúc đang làm việc cũng như khi nghỉ việc được chính xác theo quy định hiện hành của Nhà nước.
Khi có sự thay đổi cán bộ, đối với cán bộ dân cử được thực hiện theo Luật tổ chức HĐND và UBND. Đại biểu HĐND có thể xin thôi làm nhiệm vụ đại biểu vì lý do sức khỏe hoặc những lý do khác. Việc chấp nhận đại biểu HĐND xin thôi làm nhiệm vụ đại biểu do Chủ tịch HĐND cùng cấp xem xét và quyết định.
Đại biểu HĐND nào không còn xứng đáng với sự tín nhiệm của nhân dân thì tùy từng mức độ phạm sai lầm mà bị HĐND hoặc cử tri bãi nhiệm, ở cấp xã Chủ tịch HĐND và UBND quyết định việc đưa ra HĐND hoặc cử tri bãi nhiệm đại biểu HĐND theo đề nghị của UBMT Tổ quốc Việt Nam cùng cấp. Trong trường hợp HĐND bãi
nhiệm đại biểu HĐND thì việc bãi nhiệm phải được 2/3 tổng số đại biểu HĐND quyết định tán thành.
Đối với cán bộ thuộc bốn chức danh chuyên môn: tư pháp - hộ tịch, địa chính, tài chính - kế toán, văn phòng - thống kê tổng hợp có nhiệm vụ giúp UBND cấp xã quản lý lĩnh vực chuyên môn mình phụ trách theo sự quản lý chỉ đạo nghiệp vụ chuyên môn của cơ quan nghiệp vụ cấp huyện, làm việc theo kế hoạch của UBND cấp xã và của ngành quản lý. Trong quá trình làm việc chấp hành đúng quy định của hợp đồng, được nâng mức sinh hoạt phí theo ngạch bậc chuyên môn.
Việc xét lên bậc do UBND xã đề nghị, Phòng Tổ chức Lao động Thương binh và Xã hội phối hợp với các phòng chuyên môn nghiệp vụ cấp huyện xét đề nghị Chủ tịch UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quyết định. Hệ số nâng bậc của bốn chức danh chuyên môn được căn cứ vào Nghị định 25/CP ngày 23/5/1993 của Chính phủ để vận dụng.
Việc thay thế bốn chức danh chuyên môn chỉ được thực hiện trong các trường hợp: khi cán bộ được điều động đi nhận nhiệm vụ khác; hoặc không đủ tiêu chuẩn để đảm nhận công tác chuyên môn; vi phạm hợp đồng buộc phải thôi việc.
Việc thay thế cán bộ chuyên môn theo yêu cầu của UBND xã do UBND huyện quyết định. Chủ tịch UBND xã căn cứ vào quyết định để hủy hợp đồng và ký hợp đồng với cán bộ mới được cử. Cán bộ chuyên môn trước khi chuyển công tác khác hoặc thôi việc phải bàn giao đầy đủ hồ sơ, tài liệu, công việc chuyên môn, tài sản được giao quản lý cho UBND xã. Sau 6 tháng và một năm công tác, UBND cấp huyện chỉ đạo UBND cấp xã tổ chức kiểm điểm, đánh giá, nhận xét về phẩm chất đạo đức, năng lực công tác và kết quả hoàn thành nhiệm vụ của từng cán bộ. Trên cơ sở đánh giá xếp loại cán bộ để điều chỉnh bố trí sử dụng cán bộ cho phù hợp, có kế hoạch để bồi dưỡng, đào tạo, thực hiện chính sách, chế độ đối với cán bộ. Văn phòng UBND cấp xã giúp Đảng ủy, UBND tổng hợp kết quả nhận xét, xếp loại báo cáo về Phòng Tổ chức Xã hội cấp huyện và Ban Tổ chức Chính quyền tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.
Việc nhận xét và đánh giá phải thực hiện khách quan, tiến hành công khai, dân chủ theo quy định:
+ Từng cán bộ theo chức danh căn cứ vào chức trách, nhiệm vụ được phân công theo định kỳ 6 tháng và một năm đều phải có bản tự kiểm điểm, nhận xét quá trình công tác của mình, nêu những kết quả đã làm được, việc chưa làm được và phương hướng phấn đấu thời gian tới; tự xếp loại mức độ hoàn thành nhiệm vụ theo các mức: khá, trung bình, yếu.
+ Tổ chức hội nghị kiểm điểm (có cán bộ của Phòng Tổ chức Xã hội cấp huyện tham dự). Hội nghị khối chính quyền do Chủ tịch UBND xã chủ trì. Thứ tự từng cán bộ tự đọc kiểm điểm, tập thể đóng góp ý kiến xây dựng, người chủ trì kết luận và hội nghị biểu quyết việc xếp loại hoàn thành nhiệm vụ đối với từng cán bộ, phải lập biên bản để báo cáo cấp trên.
+ Thường vụ Đảng ủy, Chủ tịch UBND, Chủ tịch HĐND họp xét kết quả xếp loại cán bộ theo biên bản báo cáo của hội nghị nói trên, ủy viên ủy ban phụ trách văn phòng tham dự để tổng hợp tình hình và hoàn chỉnh các văn bản giúp Đảng ủy, UBND báo cáo về UBND cấp huyện.
Việc quản lý đội ngũ chính quyền cơ sở về cơ bản được thực hiện theo những quy định tại Thông tư số 99/1998/TT-LT-TCCP-BTC-BLĐTB và XH ngày 19/5/1998 của Ban Tổ chức - Cán bộ Chính phủ, Bộ tài chính, Bộ lao động thương binh và xã hội và hướng dẫn của Ban Tổ chức chính quyền các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương. Trong khi đó những quy định của Thông tư chỉ tập trung vào cán bộ thuộc bốn chức danh chuyên môn tại các đơn vị hành chính xã, phường, thị trấn còn những cán bộ khác cùng công tác trong khối chính quyền vẫn chưa có quy định cụ thể. Hơn nữa, trong việc tổ chức thực hiện những quy định của thông tư, Ban Tổ chức chính quyền mỗi tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương lại có những hướng dẫn riêng, không thống nhất, thiếu cụ thể, dẫn đến việc tổ chức thực hiện khác nhau giữa các đơn vị cơ sở trên phạm vi toàn quốc.
Những quy định về quản lý cán bộ xã, phường, thị trấn chưa quy định một cách rõ ràng cụ thể đối với việc bầu cử, tuyển dụng cán bộ; quản lý, sử dụng, điều động, cho thôi việc đối với cán bộ; khen thưởng và kỷ luật đối với cán bộ.