Hạ tầng thông tin là một điểm yếu của các doanh nghiệp Việt Nam nói chung và các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực logistics nói riêng. Mặc dù những năm gần đây, hoạt động CNTT gần nh− đã trở thành chủ điểm chính trong các hội thảo, các chiến l−ợc phát triển… thu hút đ−ợc sự quan tâm đặc biệt của các cấp, các ngành và đ−ợc áp dụng rộng rãi tại các doanh nghiệp của Việt Nam nh−ng hiệu quả thực sự thì ch−a cao, vẫn còn kém xa các công ty logistics n−ớc ngoài. Chỉ có một số ít các website của các doanh nghiệp Việt Nam là có hoạt động và hoạt động có hiệu quả còn phần lớn chỉ là xây dựng cho có, chạy theo phong trào. Nhìn vào nội dung của những website này thì thấy nội dung hết sực nghèo nàn, đơn thuần chỉ giới thiệu về doanh nghiệp, thiếu hẳn những tiện ích nh− E - Booking, theo dõi đơn hàng (track and trace), lịch tàu… mà đây mới là nội dung quan trọng trong việc ứng dụng th−ơng mại điện tử vào hoạt động logistics. Hầu nh− các doanh nghiệp GNVT của Việt Nam ch−a tham gia sử dụng chứng từ điện tử và hợp đồng điện tử. Nhìn chung ứng dụng CNTT trong các doanh nghiệp GNVT của Việt Nam mới chỉ dừng ở những giao dịch thông th−ờng, ch−a v−ơn tới những giao dịch phức tạp nh− quản lý, kiểm tra, kiểm soát mọi hoạt động của doanh nghiệp và ngoài doanh nghiệp, trong n−ớc và ở n−ớc ngoài.
Trong lĩnh vực logistics, CNTT đ−ợc ứng dụng vào rất nhiều các hoạt động khác nhau để thực hiện quản lý và kiểm tra, kiểm soát toàn bộ chuỗi cung ứng một cách hệ thống nh−: POS (điểm bán hàng), hệ thống thông quan tự động, hệ thống phân và theo dõi luồng hàng, hệ thống EDI, hệ thống quản trị vận tải TMS (Transport Management System) hoặc quản trị kho bãi WMS (Warehouse Management Systems)… là những hệ thống giúp doanh nghiệp giảm chi phí, nâng cao năng suất hơn rất nhiều. ở Việt Nam những hệ thống thông tin hiện đại nh− trên đã từng b−ớc đ−ợc ứng dụng vào hoạt động dịch vụ logistics nh−ng vẫn chỉ trong một số công ty logistics n−ớc ngoài và một số công ty lớn hoạt động trong lĩnh vực GNVT của Việt Nam nh− Liên doanh phát triển tiếp vận số 1, Cảng VICT…