Sự lãnh đạo của Đảng là nhân tố quyết định đến sự thành công của sự nghiệp đổi mới. “Đảng khởi xướng và lãnh đạo công cuộc đổi mới, tổng kết thực tiễn và nghiên cứu lý luận, hoàn thiện đường lối đổi mới” [17, tr.82].
Thực tiễn đổi mới tổ chức và hoạt động của bộ máy nhà nước ta trong thời gian qua đã chứng minh điều đó. Chính vì vậy trong quá trình đổi mới tổ chức và hoạt động của HĐND xã cần phải đảm bảo sự lãnh đạo toàn diện của Đảng bằng chủ trương, đường lối, Nghị quyết và thông qua việc lãnh đạo thực hiện; tổ chức bộ máy cán bộ. Mặt khác để phát huy hơn nữa sự chủ động, sáng tạo của HĐND, Đảng uỷ xã cần phải đổi mới phương thức lãnh đạo đối với tổ chức, hoạt động của HĐND đưa các cán bộ có đủ năng lực, phẩm chất nắm giữ các cương vị chủ chốt trong HĐND xã, Đảng lãnh đạo thực hiện nhưng không can thiệp tiến trình và công việc cụ thể của HĐND, tránh tình trạng bao biện, làm thay; thực sự cầu thị và tôn trọng ý kiến của HĐND, kịp thời có sửa đổi, bổ sung những điểm bất hợp lý trong các hoạt động của HĐND. Không để xảy ra tình trạng các cấp uỷ Đảng không biết cán bộ, đảng viên làm gì, khi xảy ra vi phạm mới tổ chức kiểm điểm, kỷ luật hoặc khai trừ đảng viên. Thực hiện tốt cơ chế dân chủ trực tiếp và dân chủ đại diện trong việc xây dựng chính quyền nhân dân trong sạch, vững mạnh, nhằm thực hiện
thắng lợi các nhiệm vụ phát triển chính trị, kinh tế, xã hội ở địa phương một cách bền vững, đi vào chiều sâu.