Quản lý nguồn lợi thủy sản có sự tham gia của cộng đồng hƣớng tới việc tăng cƣờng các hoạt động tự quản và tự điều hành của ngƣời dân địa phƣơng đối với “nồi cơm chung” của họ. Trong khi nguồn lợi thuỷ sản đƣợc hƣởng dụng bởi các tổ chức khác nhau, thậm chí bởi các cộng đồng khác nhau. Chính vì vậy, cách tiếp cận đối tác (partnership approach) với vai trò khác nhau giữa các bên liên quan đến nguồn lợi (fisheries stakeholders), ngƣ dân, các cơ quan chính phủ và phi chính phủ, chính quyền các cấp trong quản lý và bảo vệ nguồn lợi sẽ đƣợc áp dụng để tiến tới đồng quản lý nguồn lợi (co- management). Dựa trên cách tiếp cận nhƣ vậy, tuỳ theo đặc thù của các điểm lựa chọn mô hình mà xác định đúng các đối tƣợng nguồn lợi cần quản lý, các vấn đề quản lý, các đặc trƣng của cộng đồng,... mà xác định các nội dung và giải pháp phù hợp.
Một số phƣơng pháp tổ chức xây dựng mô hình sẽ đƣợc áp dụng trong quá trình triển khai là:
- Áp dụng quy trình “nhận-biết-bàn-làm-kiểm tra”, tức là cần làm rõ khi tham gia cộng đồng nhận đƣợc các lợi ích gì?, họ có nhiệm vụ phải làm gì?, đƣợc bàn bạc cái gì và đến đâu?, tổ chức thực hiện nhiệm vụ và giải pháp thế nào?, và tự kiểm tra kết quả thực hiện không?.
- Phƣơng pháp đánh giá nhanh nông thôn (PRA): phỏng vấn bán chính thức, hỏi-trả lời trực tiếp theo mẫu câu hỏi chuẩn bị sẵn và ma-trận tác động để xác định quan hệ tƣơng tác nhiều chiều, lập bản đồ nguồn lợi có sự tham gia của ngƣời dân địa phƣơng,...
- Phƣơng pháp phân tích cây vấn đề: nhằm tìm ra các vấn đề ở địa phƣơng, các vấn đề bức xúc và các ƣu tiên giải quyết ở cấp cộng đồng. Vấn đề ở đây chỉ là bề nổi của các sự kiện, kết quả của mối tƣơng tác đa chiều của các nguyên nhân khác nhau và đƣợc gán cho các chức năng tƣơng ứng gốc cây, cành cây, nhánh cây cấp khác nhau.
- Phƣơng pháp truyền thông: không thể thiếu để hỗ trợ quá trình xây dựng mô hình, để lôi cuốn tối đa những ngƣời quan tâm đến chính quyền lợi của họ. Nội dung của phƣơng pháp này rất khác nhau, linh hoạt để phù hợp với đối tƣợng truyền thông: giao tiếp các nhóm cộng đồng, họp với cộng đồng, hội thảo cộng đồng, thông tin đại chúng, triển lãm, các phƣơng tiện truyền thông hỗ trợ, sân khấu hoá, tham quan mô hình tốt tại địa điểm khác.
- Phân tích các nhóm đối tƣợng tham gia mô hình: khi thiết kế một mô hình cụ thể, một cộng đồng thuần nhất có thể bị phân dị thành các nhóm đối tƣợng khác nhau về nhận thức, thái độ và hành vi đối với nguồn lợi, vì thế phải phân tích ra các nhóm và đánh giá theo các tiêu chí trên.
- Phƣơng pháp phân tích SMART: nhằm xác định mục tiêu của mô hình phù hợp và khả thi, trong đó S-mục tiêu phải cụ thể, rõ ràng, M-mục tiêu cần định lƣợng để ai cũng có thể đo lƣờng đƣợc với kết quả nhƣ nhau, A-có thể đạt đƣợc trong phạm vi nguồn lực hiện có, không đặt chỉ tiêu quá cao, không phụ thuộc quá nhiều vào sự hỗ trợ bên ngoài, R-hiện thực, đáp ứng quyền lợi và nhu cầu thực tế của cộng đồng và T- có thể đạt đƣợc trong khoảng thời gian hợp lý.