3.2.4. Sự cần thiết từ góc độ quản lý nhà nước đối với hoạt động của pháp nhân của pháp nhân
Luật Doanh nghiệp 2005 đã thành công, ít nhất là trên phương diện lý thuyết, trong việc tạo ra một mặt bằng pháp lý thống nhất, không có sự phân biệt đối xử cho các mô hình tổ chức kinh doanh thuộc hình thức sở hữu khác nhau. Doanh nghiệp thành lập bởi các nhà đầu tư nước ngoài hay nhà đầu tư trong nước sẽ được điều chỉnh bằng các quy tắc pháp lý chung, theo các hình thức tổ chức kinh doanh mà không phân biệt hình thức sở hữu vốn của nhà đầu tư.
Tuy nhiên, tạo ra khung pháp lý là một lẽ nhưng thi hành của các cơ quan quản lý nhà nước là cả vấn đề nan giải. Cơ quan nhà nước quản lý đến hoạt động của pháp nhân rất đa dạng như: Sở Kế hoạch và Đầu tư, Cục thuế, Công an đối với hoạt động của pháp nhân là tổ chức kinh tế; Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, huyện đối với pháp nhân Hội và Hợp tác xã… Chính vì thế việc thống nhất trong hiểu và áp dụng pháp luật đối với các pháp nhân là điều khó thực hiện. Ngoài ra, cơ chế "xin, cho" trong việc cấp phép hoạt động của pháp nhân vẫn tồn tại khá phổ biến.
Chính vì vậy, có nhà nghiên cứu cho rằng, Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, đăng ký hoạt động của pháp nhân là những "lát cắt rời rạc" để chỉ rằng việc quản lý của chúng ta có nhiều bất ổn. Đơn giản như muốn tìm hiểu
một pháp nhân như thành lập từ năm nào, thay đổi nội dung hoạt động bao nhiêu lần, thông tin cụ thể của từng lần, Điều lệ qua bao nhiêu lần sửa đổi vào những năm nào, sửa đổi nội dung gì, ai là người đại diện pháp nhân, đã bao nhiêu lần thay đổi người đại diện... là điều rất khó khăn. Bởi vậy, cơ quan quản lý còn lúng túng khi thực hiện việc quản lý (cơ quan thuế, hải quan..), huống chi là bên thứ ba quan hệ với pháp nhân đó.
Mặc dù, Luật Doanh nghiệp 2005 ra đời đã tạo ra sân chung cho các loại hình pháp nhân là tổ chức kinh tế. Tuy nhiên, với sự tồn tại của các tổng công ty, các tập đoàn thuộc sở hữu nhà nước và các pháp nhân có vốn góp từ nguồn vốn nhà nước vẫn mang ảnh hưởng cũ. Vậy để tạo sự bình đẳng về quyền và lợi ích giữa các pháp nhân, các thành viên trong pháp nhân thì cần phải có sự công nhận đúng đắn về Điều lệ pháp nhân và các văn bản thỏa thuận của thành viên pháp nhân.
Ngoài ra, với quan niệm về quản lý hành chính của các cơ quan quản lý là: Phê chuẩn Điều lệ và đăng ký Điều lệ chỉ đảm bảo thủ tục của luật và Điều lệ có đầy đủ các quy định theo mẫu ban hành sẵn là đủ; không coi trọng giá trị của Điều lệ, các thỏa thuận của thành viên pháp nhân mà khi có vấn đề gì liên quan đến pháp nhân (xử lý hành chính, dân sự, hình sự…) thì người đại diện theo pháp luật của pháp nhân là sẽ phải chịu hậu quả trước tiên.
Theo như nhận định tại Bộ công Thương tại Báo cáo tập trung kinh tế tại Việt Nam hiện trạng và dự báo:
Vẫn chưa có quy định về cơ chế phối hợp giữa thủ tục kiểm soát tập trung kinh tế với thủ tục quản lý nhà nước trong việc đăng ký kinh doanh, thủ tục đầu tư…, chưa có quy chế liên kết làm việc giữa cơ quan chịu trách nhiệm chính trong việc kiểm soát kinh tế với cơ quan quản lý nhà nước, thiếu quy định pháp lý về việc phối hợp trong quá trình thực hiện [24].