Quyết toán là hoạt động nhằm đánh giá một lần nữa tính pháp lý của hồ sơ; về tính hợp lý trong bố trí nguồn vốn đầu tư của dự án; sự phù hợp của chi phí đầu tư. Thông qua quyết toán, giúp UBND đánh giá kết quả của quá trình đầu tư, rút kinh nghiệm nhằm tăng cường công tác quản lý đầu tư và xây dựng. Đồng thời, thông qua công tác quyết toán dự án hoàn thành nhằm đánh giá kết quả quá trình đầu tư, xác định năng lực sản xuất, giá trị tài sản mới tăng thêm do đầu tư mang lại; xác định rõ trách nhiệm của chủ đầu tư, các nhà thầu, cơ quan cấp vốn, cho vay, kiểm soát thanh toán, các cơ quan quản lý nhà nước có liên quan; qua đó rút kinh nghiệm nhằm không ngừng hoàn thiện cơ chế chính sách của nhà nước, nâng cao hiệu quả công tác quản lý vốn đầu tư.
Việc quyết toán là cơ sở để xác định khối lượng thực hiện, lượng vốn phân bổ, năng lực tài sản, năng lực sản xuất tăng thêm. Thông qua hoạt động quyết toán, nhà lãnh đạo có thể nắm bắt năng lực sản xuất xã hội của tài sản hình thành và đánh giá thực tế tác động, hiệu quả để đề ra biện pháp quản lý. Đặc biệt, trong điều kiện sử dụng ngân sách, quyết toán giúp nhìn nhận lại hiệu quả phân bổ, quản lý vốn. Thực tế hiện nay, tình trạng cố ý quyết toán chậm diễn ra trong nhiều địa phương, gây ra nhiều khó khăn trong công tác quản lý. Nguyên nhân của tình trạng này là do nhà thầu cố ý không hoàn thành thủ tục, nhà thầu thi công có năng lực kém, cũng có trường hợp do nhà thầu cố ý chậm quyết toán với mục đích chiếm dụng vốn mà không phải trả lãi vay hoặc do chủ đầu tư không quan tâm công tác quyết toán...Bên cạnh đó, còn có tình trạng công trình đã được quyết toán nhưng chưa thanh toán hết vốn cho nhà thầu thi công, điển hình là các dự án có vốn đối ứng của chủ đầu tư.
Theo các quy định hiện nay về thanh quyết toán vốn đầu tư, quy trình, thủ tục pháp lý đã dần được hoàn thiện. Tuy nhiên, cơ chế thanh toán còn bất cập đối với doanh nghiệp nhận thầu thi công. Việc quyết toán khối lượng hoàn thành nhưng chậm thanh toán vốn cho nhà thầu gây khó khăn, ảnh hưởng tới tài chính doanh nghiệp. Mặt khác, số vốn ngân sách chưa bố trí đủ cho các doanh nghiệp trong các
nhiệm kỳ trước thường khó bố trí trả nợ trong các nhiệm kỳ sau. Về lâu dài, dư nợ đầu tư sẽ ảnh hưởng tới hoạt động phát triển kinh tế nói chung. Do vậy, trong vai trò là đơn vị quản lý, điều phối hoạt động đầu tư phát triển, UBND phải quan tâm chỉ đạo, đôn đốc để các chủ đầu tư thực hiện quyết toán đúng quy định hiện hành, đồng thời có biện pháp phân bổ vốn thích hợp trong từng dự án đầu tư.