Năng lực khai thác tài nguyên biển là một yếu tố khá quan trọng mà các quốc gia cần quan tâm đến khi thiết lập các thỏa thuận KTC. Một mô hình KTC đòi hỏi sự đóng góp của các quốc gia về nguồn tài chính đầu tư, khoa học kỹ thuật và nguồn nhân lực để vận hành, quản lý, từ đó các quốc gia mới thu được lợi ích. Sự khác biệt về năng lực đó ảnh hưởng đến nội dung của thỏa thuận KTC và việc thực thi các nội dung đó, trong nhiều trường hợp sẽ gián tiếp ảnh hưởng đến mục đích của thỏa thuận KTC.
Với Hiệp định hợp tác nghề trong Vịnh Bắc Bộ giữa Việt Nam và Trung Quốc, sự quan ngại của các nhà nghiên cứu là ở chỗ năng lực khai thác nghề cá của ngư dân Việt Nam còn ở trình độ thấp hơn nhiều so với ngư dân Trung Quốc. Do đó, việc trực tiếp khai thác tài nguyên, cho dù được thực hiện theo quy định của Ủy ban liên hợp nghề cá Việt - Trung, sẽ có sự chênh lệch lớn, gây thiệt thòi cho phía Việt Nam khi ngư trường chính thuộc về khu vực vùng ĐQKT của Việt Nam. Ngược lại, Việt Nam lại phải tăng cường quản lý
hành chính, an ninh quốc phòng và giải quyết các vấn đề phát sinh tại khu vực KTC khi tàu cá của Trung Quốc tiến hành khai thác trong vùng ĐQKT của Việt Nam. Trong Vùng dàn xếp quá độ, lệ phí cấp phép và đánh bắt của mỗi tàu cá là 200USD/năm, còn trong Vùng đánh cá chung, Hiệp định quy định về sự bình đẳng về tàu thuyền và năng lực khai thác chứ không quy định về việc thu thuế của quốc gia này đối với tàu cá của bên ký kết kia khi vào khu vực KTC theo cơ chế của việc đánh bắt trong vùng ĐQKT mà Công ước 1982 quy định. Như vậy, để khai thác được tài nguyên thu được lợi ích kinh tế, phía Việt Nam cần phải đầu tư các đội tàu đánh bắt công suất lớn, có khả năng đi biển dài ngày hơn với các công cụ phương tiện kỹ thuật đánh bắt phù hợp với quy định của Ủy ban liên hợp nghề cá, tăng cường năng lực hậu cần nghề cá… để giúp cho các tàu cá có khả năng bám ngư trường khai thác. Bên cạnh đó, Việt Nam cũng cần tính đến phương án hợp tác, liên doanh quốc tế để tăng cường năng lực khai thác, thu được thuế của các tàu cá của các nhà đầu tư nước ngoài khi cho phép họ vào khai thác tại Vùng đánh cá chung theo Hiệp định. Tuy nhiên phương án này cũng sẽ gặp những khó khăn nhất định khi thu hút đầu tư nước ngoài bởi sự ổn định và an toàn thực sự cho các tàu cá khi vào khai thác.
Đối với việc hợp tác KTC dầu khí ở khu vực chống lấn TLĐ giữa Việt Nam và Ma-lay-xia, Bản ghi nhớ năm 1992 quy định Việt Nam không quy định về nguyên tắc thực hiện quản lý nhà nước đối với vùng xác định trên các lĩnh vực Hải quan, Thuế, Biên phòng, quản lý các công trình trên biển… PETROVIETNAM ủy quyền cho PETRONAS tiến hành các hoạt động dầu khí theo Luật Dầu khí Ma-lay-xia. Như vậy, phía Việt Nam gần như không tham gia trực tiếp vào vấn đề quản lý hành chính cũng như quản lý khai thác, chắc chắn tạo ra nhiều điểm bất lợi cho Việt Nam trong việc bảo vệ lợi ích chính đáng của mình. Có lẽ, lý do chính để lý giải cho thực tế này chính là sự
yếu kém về năng lực khai thác dầu khí của Việt Nam thời kỳ đó và khu vực KTC ở xa bờ biển Việt Nam. Còn Ma-lay-xia lại là quốc gia được đánh giá có năng lực rất lớn về khai thác và chế biến dầu khí trong khu vực cả về tài chính, khoa học kỹ thuật, nguồn nhân lực và kinh nghiệm thực tiễn.
Với hai thực tiễn của Việt Nam (một là KTC nghề cá, một KTC dầu khí), chúng ta thấy rằng, để KTC thực sự mang lại lợi ích kinh tế và là giải pháp bảo vệ lợi ích quốc gia một cách công bằng thì Việt Nam nói riêng và các quốc gia khác nói chung có sự đầu tư thích đáng về nhân lực và vật lực để có khả năng trực tiếp tham gia quản lý, điều hành đầy đủ và tỷ mỉ. Hy vọng, trong tương lai, khi Việt Nam hướng đến các triển vọng KTC mới, chúng ta khắc phục được yếu điểm này, có kế hoạch chuẩn bị phù hợp và toàn diện để có những quyết định đúng đắn trong việc đàm phán và thực thi các thỏa thuận KTC mới với các đối tác.
Bên cạnh đó, năng lực của Việt Nam về an ninh quốc phòng trên biển, khả năng kiểm soát hành chính, khả năng ứng cứu và cơ động giải quyết kịp thời các tình huống trên biển (đặc biệt là tại các vùng biển ngoài khơi xa bờ) cũng có ảnh hưởng trực tiếp hay gián tiếp đến việc ký kết và thực thi các thỏa thuận KTC. Sự yếu kém tương đối của các lực lượng tự vệ, quản lý trên biển sẽ làm cho quốc gia mất lợi thế khi đàm phán, ký kết với các đối tác, cũng như khó khăn cho việc bảo đảm công bằng và bình đẳng thực sự trên thực tế khi thực thi các thỏa thuận KTC đã ký kết, như việc hợp tác tuần tra chung, kiểm soát chung, hay khả năng kiểm soát độc lập.