Sau khi nhập viện, ông đã nói với bác sỹ về tình trạng sức khoẻ là: ngày bị đau bụng dữ dội, đôi khi lại chóng mặt, huyết áp tăng cao, càng ngày càng bị giảm cân và đề nghị được kiểm tra sức khoẻ toàn diện.
Bác sỹ chính đã viết trong trang đầu tiên của bệnh án là: "Trần Nghị, nam, 70 tuổi, nhập viện ngày 26/10/76". Triệu chứng: "Đau bụng, chóng mặt, cao huyết áp đã hơn 10 năm. Hai tháng gần đây triệu chứng này nặng hơn. Gần hai năm qua gầy đi hơn 20 kg. Đề nghị trong thời gian chữa trị tại bệnh viện tiến hành kiểm tra toàn diện sức khoẻ một lần".
Sau đó thì những Thủ trưởng liên quan ở cấp trên đã chỉ đạo bệnh viện, ông Trần Nghị lần này nhập viện chủ yếu là để chữa cao huyết áp và kiểm tra sức khoẻ thông thường, khi huyết áp đã giảm được tương đối thì cho ra viện. Ngoài ra, một số người như Khâu Hội Tác liên tục gây áp lực cho bác sỹ, y tá của bệnh viện. Họ nhấn mạnh nhiều lần: Trần Nghị là thành phần tạo phản, đồng bọn với Trần Bá Đạt ở cuộc họp Lư Sơn, do vậy tiếp xúc với tên này cần phải phân chia ranh giới rõ ràng về tư tưởng, đây
là vấn đề lập trường giai cấp. Lâm Bưu và Khâu Hội Tác đã nhất quán chỉ đạo việc "chữa trị là để phục vụ chính trị".
Một lần, một viên tướng của cánh Khâu Hội Tác đến buồng bệnh của Trần Nghị và dóng hồi chuông cảnh giác đối với các bác sỹ và y tá: Buồng bệnh của các đồng chí đều là những tên tạo phản, chúng thường xuyên nói chuyện với nhau. Các đồng chí cần phải đề phòng, kiểm tra gắt gao, chúng nói cái gì, xẩy ra vấn đề gì đều phải ghi chép lại và báo cho tôi biết".
Tuy nhiên, các bác sỹ và y tá không ăn phải quả lừa này. Trong mắt họ Trần Nghị vẫn là một vị đại nguyên soái cứu dân cứu nước, là một người cương trực, tốt bụng. Họ đã cố gắng tránh tai mắt của những kẻ "tướng yêu" này, làm tốt nhiệm vụ lương y như từ mẫu của mình trong việc chữa trị cho người bệnh. Nhưng dù sao thì sức của bác sỹ và y tá cũng có hạn. Trong những năm tháng "đấu tranh giai cấp là cương lĩnh" thì họ luôn cảm thấy lực bất tòng tâm. Trong thời gian ông Trần Nghị nằm viện, ông thường xuyên kiểm tra sức khoẻ theo thường lệ và cũng chụp X quang để kiểm tra dạ dày.
Có lần Chủ nhiệm khoa đề nghị hội chẩn tập thể với các chuyên gia liên quan nhưng Khâu Hội Tác đã khống chế nhưng họ đều không đồng ý. Kết quả kiểm tra là không phát hiện được bệnh gì.
Nằm viện được 56 ngày thì bác sỹ cũng đành phải nói với bà Trương Tây: ông Trần Nghị đã kiểm tra sức khoẻ toàn diện và không phát hiện ra bệnh gì nên có thể xuất viện. Ngày 22 tháng 12 thì Trần Nghị rời khỏi bệnh viện. Về đến nhà, ông vẫn không cảm thấy tình trạng sức khoẻ của mình có chuyển biến tốt. Vẫn là đau bụng lâm râm, chướng bụng và số lần đi đại tiện thì nhiều nhưng mỗi lần chỉ đi được một ít.
Bà Trương Tây rất sốt ruột và bàn với thư ký, cảnh vệ của ông Trần Nghị: "Xem ra bệnh tình của ông ấy vẫn chưa tìm ra được nguyên nhân. Cứ như vậy thì tình hình rất xấu, bây giờ không biết phải làm sao đây?"
Mọi người vừa khuyên bà Tây lại vừa nghĩ cách giải quyết. Cuối cùng thì quyết định đưa ông Nghị đến khám ở Bệnh viện 301.
Nhưng khám vài lần mà cũng không có được kết quả gì. Mọi người lại đưa ông Nghị đến Phòng khám của Trung Nam Hải, cũng như vậy, chỉ nhận được kết luận không rõ ràng.
Các bác sỹ đều cho là ông bị mắc bệnh dạ dày, mỗi lần chỉ có thể kê chút đơn thuốc chữa dạ dày mà thôi. Qua vài lần uống thuốc mà bệnh vẫn không thuyên giảm. Bà Trương Tây và các thư ký đều đề nghị bệnh viện hội chẩn sức khoẻ của ông Nghị. Ông Nghị đồng ý với ý kiến này và họ liền liên hệ với bệnh viện và quyết định sáng ngày 16 tháng 1 ông sẽ đến bệnh viện hội chẩn. Sáng ngày 16, trước khi rời nhà đến bệnh viện, ông còn vui vẻ nói với các thư ký: "Các cậu phải chuẩn bị, tôi kiểm tra sức khoẻ xong thì chúng ta cùng nhau đi ăn chầu thịt dê nướng nhé". Vì khi ông rời Thạch Gia Trang về Bắc Kinh thì những người quản lý, đầu bếp, phục vụ cũ đều đã sơ tán về các trường cán bộ ở Ninh Hạ. Bây giờ ở bên cạnh ông chỉ có 2 thư ký, 1 cảnh vệ và 1 lái xe. Bốn người này chịu trách nhiệm chăm lo sinh hoạt, ăn ở cho ông. Mặc
dù họ nấu nướng không bằng đầu bếp chuyên nghiệp nhưng ông ăn thấy rất ngon và cảm thấy rất hài lòng. Đến bệnh viện, bác sỹ ngoại khoa kiểm tra thấy bên phải bụng ông có một cục cứng to, ấn vào thì ông cảm thấy rất đau, bác sỹ chẩn đoán là viêm ruột thừa cần phải phẫu thuật ngay. Lãnh đạo bệnh viện xem xét, quyết định vừa chuẩn bị làm phẫu thuật vừa làm báo cáo xin ý kiến của Trung ương. Sau khi biết tin, Thủ tướng Chu Ân Lai đã ra chỉ thị: Dù đã chẩn đoán là viêm ruột thừa nhưng cũng cần suy nghĩ đến việc chữa trị truyền thống, ngay cả người xưa cũng muốn tránh đụng chạm đến dao kéo, tốt nhất là không nên mổ. Các bác sỹ đã nghiên cứu và vẫn kiên trì cho rằng cần phải mổ. Một lần nữa họ lại xin ý kiến Thủ tướng Chu. Thủ tướng sau khi nghe ý kiến của các bác sỹ liền đồng ý cho mổ và đã cử bác sỹ bảo vệ sức khoẻ của chính mình là Biện Chí Cường đến ngay bệnh viện theo dõi cuộc phẫu thuật cho Trần Nghị.
6h15 phút tối hôm đó cuộc phẫu thuật cho Trần Nghị đã bắt đầu.
Nhưng vài phút sau thì trong buồng mổ bỗng nhiên nhốn nháo cả lên. Bác sỹ, y tá mặc quần áo khử trùng đi ra đi vào đều mang theo các túi nhỏ, túi to, có túi thì có thiết bị khử độc, còn có túi thì đựng máu tươi, cửa phòng mổ đóng, mở liên tục phát ra những âm thanh khiến người nghe phải nao lòng.
Hoá ra trước khi vào phòng mổ Trần Nghị tưởng rằng mình chỉ làm tiểu phẫu thuật để cắt ruột thừa nhưng khi mổ bụng ra thì các bác sỹ đều ngạc nhiên vô cùng vì ruột thừa của ông chẳng bị làm sao cả, mà nguyên nhân chính là khối u kết tràng ở gần khúc cong của gan.
Khi ấy khối u này đã bịt chặt đoạn ruột đó và các chất thải ra đến đây đều không thể đi qua được nên hình thành một bọc phân lớn. Chỗ hẹp nhất cũng không thể để ngón tay lọt qua được. Xem xét kỹ còn thấy khối u kết tràng có sự chuyển dịch của hạch cục bộ nên đã xâm nhập đến vùng gan mật gần đó. Khó khăn lắm các bác sỹ mới cắt bỏ được toàn bộ khối u.
Do không hề chuẩn bị phẫu thuật mổ kết tràng mà chỉ chuẩn bị một số dụng cụ đơn giản mổ ruột thừa nên đành phải thay đổi phương án, tìm bác sỹ, lấy thêm huyết tương, thuốc thì ca mổ mới được tiếp tục.
Mới đầu chỉ dự định mổ khoảng nửa tiếng nhưng cuối cùng thì ca mổ đã kéo dài hơn 5 tiếng.
Biện Chí Cường gọi điện về báo cáo tình hình với Thủ tướng thì Thủ tướng nghiêm giọng hỏi: "Thế là thế nào? Tại sao đã chẩn đoán là viêm ruột thừa lại biến thành u? Anh lập tức nói với lãnh đạo bệnh viện, tổ chức toàn bộ lực lượng cứu chữa, cần bác sỹ của bệnh viện nào thì đi đến đó mời, nói cho họ biết đó là chỉ thị của tôi".
Sau khi ra lệnh thì Thủ tướng gác điện thoại, nhíu mày đăm chiêu, tay phải cầm ống điện thoại mà lâu sau mới buông.
Sau khi mổ cho Trần Nghị các bác sỹ phải đưa thẳng ống dẫn dịch vào trong dạ dày ông. Mấy hôm sau ông vẫn chưa thể ăn được mà chủ yếu vẫn là truyền dịch.
Điều đáng lo nhất lúc ấy là sợ chỗ tiếp xúc giữa dạ dày và ruột bị viêm thành hổng ruột. Do tình hình ca mổ thay đổi nên công việc chuẩn bị không được đầy đủ, không
có đầy đủ dụng cụ cần thiết để tẩy rửa dạ dày và ruột sạch sẽ, trong dạ dày và ruột vẫn còn thức ăn nên rất dễ bị viêm nhiễm.
Sau khi mổ, Trần Nghị còn trải qua vài lần vất vả như sốt, chỗ vết mổ có dấu hiệu bị viêm nhiễm, các bác sỹ đành phải cho vào chỗ vết mổ hai chiếc ống để hút ra ngoài; sau đó bệnh tim tái phát. Các bác sỹ chẩn đoán là tắc nghẽn cơ tim.
Sau mổ trong vòng một tháng thì bệnh tình có chiều hướng xấu khiến mọi người vô cùng lo lắng. Nhưng lúc đấy ông Trần Nghị 70 tuổi cũng chẳng để ý gì đến chuyện đó. Trước mặt các bác sỹ, y tá, ông không bao giờ tỏ ra đau đớn, không hề dùng thuốc an thần hay thuốc giảm đau. Ngày nào ông cũng động viên tinh thần và cố gắng tập thể dục vào sáng mỗi ngày.
Ông Trần Nghị vào viện được 56 ngày mà vẫn chưa kiểm tra được bệnh tình gì, trước khi mổ thì các bác sỹ chẩn đoán là viêm ruột thừa, nhưng trong khi mổ thì phát hiện là u kết tràng và vội vàng thay đổi phương án mổ... tất cả đều làm nhỡ mất quá trình chữa chạy của ông. Sau này Bệnh viện cũng cảm thấy là mình không quan tâm lắm tới việc chữa trị cho Trần Nghị nên đã chủ động viết kiểm điểm, nhưng bản "kiểm điểm" này cũng phải chuyển lên cho Khâu Hội Tác duyệt. Xem xong giấy này, Khâu cười nhạt nói: "Mổ cho ông Trần phát hiện thấy u là chuyện tốt, bệnh viện nào có sai sót gì?! Ông ta bị u liệu các anh có thể làm cho ông ta không bị u được không?!" Nói rồi Khâu phê vào bản kiểm điểm "Tạm thời không nên viết báo cáo, sau này cần viết thì nghiên cứu sau".
Sau đó Khâu vẫn chưa yêm tâm, ông ta sợ là bản kiểm điểm này bị Thủ tướng Chu Ân Lai biết thì không ổn liền sai vợ mình đến ngay bệnh viện và nói riêng với lãnh đạo bệnh viện: "Các anh không được gửi bản kiểm điểm lên trên. Nếu không là tự chuốc vạ vào thân. Đây không phải là việc cá nhân, và cũng không phải là vấn đề của bệnh viện các anh, mà liên quan đến nhiều vấn đề phức tạp!". Sau khi ông Trần Nghị qua đời, còn có những tin đồn là, bệnh viện trong khi mổ đã cố ý không cắt hết các khối u trong người ông. Nói như vậy là không đúng. Khi các bác sỹ tiến hành mổ cho ông Trần Nghị phát hiện ra khối u kết tràng thì đã cố gắng cắt bỏ khối u. Nhưng do lúc ấy phải thay đổi phương án mổ nên việc chưa cắt bỏ được hết các khối u là điều có thể.
Sau khi mổ, bệnh tim của ông Trần Nghị lại tái phát nên đã được chăm sóc đặc biệt, người nhà cũng không được thăm nom.
Khoảng hơn tuần sau đó thì vết thương lành miệng, bệnh tim cũng đã đỡ nhiều nên người nhà được phép vào thăm bệnh nhân.
Một buổi chiều, thư ký Đỗ Dịch đến thăm ông, đây là lần đầu tiên Đỗ Dịch đến thăm Trần Nghị ở bệnh viện. Nằm trên giường bệnh dù người còn rất yếu sau khi mổ nhưng tinh thần ông rất phấn chấn. Ông vạch áo ra cho thư ký Đỗ xem vết mổ và vui vẻ, lạc quan nói: "Cậu xem, vết thương đã lành miệng, sắp thành sẹo rồi. Chỉ là tắc ruột thôi, có gì ghê gớm đâu, mổ xong là ổn thôi mà".
Tên bệnh "tắc ruột" là do các bác sỹ nói cho ông nghe. Vì sau khi mổ bác sỹ muốn tránh làm cho tinh thần của bệnh nhân bị sốc nên đã không nói cho ông biết ông bị
ung thư. Nhưng để chữa trị căn bệnh ung thư đòi hỏi phải có sự hợp tác tích cực của bệnh nhân, nên không thể giấu diếm mãi được. Vì vậy, các bác sỹ đã suy nghĩ rất nhiều về việc này. Họ đành quyết định sẽ để ông biết mình mắc bệnh ung thư và cho ông lòng tin là có thể chữa được bệnh ung thư bằng cách để các y tá đến giờ trực ở buồng ông lúc nào cũng cầm trên tay và đọc các tạp chí nói về chữa trị bệnh ung thư. Hết giờ trực thì thường để quên luôn sách ở phòng để cố ý cho bệnh nhân tự đọc.
Một thời gian sau, để bệnh nhân có thể phối hợp chữa trị, các bác sỹ đã nói rõ sự việc với ông. Trần Nghị đã nói: "Các anh không nói với tôi nhưng tôi cũng đã đoán được ra chút ít. Có sao đâu, có u thì cũng cắt được cơ mà, mọc nữa thì cắt nữa có gì to tát đâu!". Những bước chữa trị tiếp theo ông rất tin vào các bác sỹ. Ông đã nói với các bác sỹ: "Các anh đã cắt một phần khối u rồi, còn cần chữa trị gì nữa thì các anh cứ chữa! Cũng có thể lấy tôi ra làm thí nghiệm để đúc rút kinh nghiệm".
Qua một thời gian chữa trị, vết thương lành miệng rất nhanh, tinh thần của ông Trần Nghị cũng rất tốt. Mỗi lần các thư ký vào thăm ông thì ông luôn hỏi những tin tức này nọ và còn đòi ngày nào cũng phải chuyển "Tin tức tham khảo" cho ông đọc.