Về nguyên tắc (được quy định tại Điều 605 Bộ luật Dân sự năm 2005) thiệt hại phải được bồi thường toàn bộ và kịp thời, phải tương xứng với những thiệt hại mà cá nhân, tổ chức bị thiệt hại phải gánh chịu. Các bên có thể thỏa thuận với nhau về mức bồi thường, hình thức bồi thường bằng tiền, bằng hiện vật hoặc hoặc thực hiện một công việc, phương thức bồi thường một lần hoặc nhiều lần, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác. Trong trường hợp các bên không thể thỏa thuận với nhau về việc bồi thường thiệt hại thì các chủ thể bị thiệt hại có quyền khởi kiện yêu cầu cơ quan nhà nước có thẩm quyền giải quyết. Tuy nhiên, chủ thể quyền khởi kiện này chỉ được thực hiện quyền trong thời hiệu pháp luật quy định, quá thời hiệu này họ mất quyền khởi kiện.
Theo quy định tại Điều 607 Bộ luật Dân sự năm 2005 thì thời hiệu khởi kiện yêu cầu bồi thường thiệt hại là hai năm kể từ ngày quyền và lợi ích hợp pháp của cá nhân, pháp nhân, chủ thể khác bị xâm phạm. Thời hiệu khởi kiện là thời hạn chủ thể được quyền khởi kiện để yêu cầu Tòa án giải quyết vụ án dân sự bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp bị xâm phạm; nếu thời hạn đó kết thúc thì mất quyền khởi kiện, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác [19, khoản 1 Điều 159].
Khoản 3 Điều 159 Bộ luật tố tụng dân sự cũng quy định:
Trong trường hợp pháp luật không có quy định khác về thời hiệu khởi kiện, thời hiệu yêu cầu thì thời hiệu khởi kiện, thời hiệu yêu cầu được quy định như sau:
Thời hiệu khởi kiện để yêu cầu Tòa án giải quyết vụ án dân sự là hai năm, kể từ ngày quyền và lợi ích hợp pháp của cá nhân, cơ quan, tổ chức, lợi ích công cộng, lợi ích của Nhà nước bị xâm phạm.
Thời hiệu yêu cầu để Tòa án giải quyết việc dân sự là một năm, kể từ ngày phát sinh quyền yêu cầu [19].
Như vậy, để xác định đúng thời hiệu khởi kiện, phải xác định được quan hệ tranh chấp đó có được văn bản pháp luật nào khác quy định về thời hiệu khởi kiện hay không. Điều quan trọng thứ hai là phải xác định đúng ngày nào được coi là ngày có quyền và lợi ích hợp pháp bị xâm phạm để bắt đầu tính thời hiệu khởi kiện. Trường hợp khởi kiện yêu cầu Toà án giải quyết việc bồi thường thiệt hại do làm ô nhiễm môi trường được xác định là một trường hợp cụ thể của bồi thường thiệt hại ngoài hợp đồng nên áp dụng quy định tại Điều 607 Bộ luạt Dân sự thì thời hiệu khởi kiện được xác định là hai năm kể từ ngày quyền và lợi ích hợp pháp bị xâm phạm. Thời điểm bắt đầu tính thời hiệu khởi kiện áp dụng quy định tại Nghị quyết 01/2005/NQ-HĐTP ngày 31/3/2005 của Hội đồng thẩm phán Tòa án nhân dân tối cao hướng dẫn thi hành một số quy định trong phần thứ nhất "Những quy định chung" của Bộ luật Tố tụng dân sự 2005 tại tiểu mục 2.2 Mục 2 phần IV. Theo Nghị quyết này thì thời điểm bắt đầu thời hiệu khởi kiện được tính từ ngày quyền và lợi ích hợp pháp của cá nhân, cơ quan, tổ chức, lợi ích công cộng, lợi ích của Nhà nước bị xâm phạm và được xác định như sau:
a1. Đối với nghĩa vụ dân sự mà các bên có thỏa thuận hoặc pháp luật có quy định thời hạn thực hiện, nếu hết thời hạn đó mà
bên có nghĩa vụ không thực hiện, thì ngày hết hạn thực hiện nghĩa vụ là ngày xảy ra vi phạm;
a2. Đối với nghĩa vụ dân sự mà các bên không thỏa thuận hoặc pháp luật không quy định thời hạn thực hiện, nhưng theo quy định của pháp luật các bên có thể thực hiện nghĩa vụ hoặc yêu cầu thực hiện nghĩa vụ bất cứ lúc nào nhưng phải thông báo cho nhau biết trước trong một thời gian hợp lý, nếu hết thời hạn đã được thông báo đó bên có nghĩa vụ không thực hiện, thì ngày hết thời hạn đã được thông báo là ngày xảy ra vi phạm;
a3. Trường hợp khi hết hạn thực hiện nghĩa vụ dân sự, các bên có thỏa thuận kéo dài thời hạn thực hiện nghĩa vụ đó, thì việc xác định ngày vi phạm căn cứ vào ngày chấm dứt thỏa thuận của các bên và được thực hiện như hướng dẫn tại điểm a1 và điểm a2 nói trên;
a5. Đối với trường hợp đòi bồi thường thiệt hại do hành vi xâm phạm tài sản, sức khỏe, tính mạng…, thì ngày xảy ra hành vi xâm phạm tài sản, sức khỏe, tính mạng… là ngày vi phạm;
a6. Trong một quan hệ pháp luật hoặc trong một giao dịch dân sự, nếu hành vi xâm phạm xảy ra ở nhiều thời điểm khác nhau, thì thời điểm bắt đầu thời hiệu khởi kiện được tính kể từ thời điểm xảy ra hành vi xâm phạm cuối cùng [25].
Mặc dù Nghị quyết 01 nói trên hướng dẫn cách xác định thời điểm bắt đầu thời hiệu khởi kiện rất cụ thể như vậy nhưng việc xác định trên thực tế không mấy dễ dàng, đặc biệt là trong việc xác định thời điểm bắt đầu thời hiệu khởi kiện yêu cầu bồi thường thiệt hại do hành vi làm ô nhiễm môi trường. Do tính chất đặc thù là thiệt hại trong lĩnh môi trường thường không dễ nhận biết; thiệt hại thường khó xác định một cách chính xác; thiệt hại khi môi trường bị ô nhiễm bao gồm cả những thiệt hại trực tiếp, thiệt hại gián
tiếp, thiệt hại trước mắt, thiệt hại lâu dài do thời gian ảnh hưởng của ô nhiễm môi trường có thể tính bằng ngày nhưng cũng có những trường hợp phải tính bằng, tháng hoặc năm... nên việc xác định thời điểm quyền, lợi ích bị xâm phạm trong nhiều trường hợp là không dễ.
Quay trở lại vụ Vedan gây ô nhiễm môi trường, ngày mà quyền và lợi ích hợp pháp của các chủ thể bị xâm phạm được xác định là ngày Vedan bị phát hiện có hành vi xả trực tiếp nước thải chưa qua xử lý đạt tiêu chuẩn vào môi trường. Trên thực tế, người bị thiệt hại đã phát hiện ra thiệt hại trước đó (hiện tượng cá, tôm chết, nước bị ô nhiễm...) nhưng lại chưa đủ yếu tố để khởi kiện vì chưa phát hiện hành vi vi phạm pháp luật. Nhưng cũng có những trường hợp người bị thiệt hại chỉ nhận biết và xác định được thiệt hại một thời gian dài (quá hai năm) sau khi hành vi vi phạm pháp luật đã xảy ra (ví dụ, phát sinh bệnh ung thư sau nhiều năm sử dụng nguồn nước bị ô nhiễm).
Qua phân tích nêu trên, có thể nhận thấy quy định về thời hiệu khởi kiện là 2 năm kể từ ngày quyền, lợi ích hợp pháp bị xâm phạm đã phát sinh bất cập, không bảo đảm quyền khởi kiện để bảo vệ quyền,lợi ích hợp pháp của người bị thiệt hại, không bảo đảm được nguyên tắc thiệt hại phải được bồi thường kịp thời được quy định trong Bộ luật Dân sự.
Chương 3