Khi cá nhân, tổ chức bị gây thiệt hại do hành vi làm ô nhiễm môi trường thì những thiệt hại mà họ có thể phải gánh chịu là những tổn thất về sức khỏe, thiệt hại về tính mạng, những thiệt hại về tài sản và lợi ích hợp pháp của họ. Chính vì vậy, về nguyên tắc (được quy định tại Điều 605 Bộ luật Dân sự năm 2005) thì thiệt hại phải được bồi thường toàn bộ và kịp thời, phải tương xứng với những thiệt hại mà họ phải gánh chịu. Đối với thiệt hại về tài sản thì việc bồi thường được thực hiện bằng tiền hoặc hoàn trả bằng hiện vật; các bên có thể thỏa thuận về mức bồi thường, hình thức bồi thường bằng tiền, bằng hiện vật hoặc thực hiện một công việc, phương thức bồi thường một lần hoặc nhiều lần. Phương thức bồi thường là "cách thức, phương pháp" để thực hiện việc bồi thường. Mặc dù pháp luật chỉ quy định chung, nhưng trên thực tế bồi thường các phương thức bồi thường được đưa ra rất linh hoạt, phù hợp với hoàn cảnh, điều kiện của từng địa phương trong từng trường hợp cụ thể. Các phương thức bồi thường chủ yếu được áp dụng trên thực tế trong những năm vừa qua là: i) bồi thường bằng tiền (một lần); ii) hỗ trợ hàng tháng với
một khoản tiền thỏa thuận trước; iii) di dời hộ gia đình, cá nhân trong khu vực bị ô nhiễm đến nơi ở khác; iv) xây dựng một số công trình công cộng, phúc lợi xã hội…
Bộ luật Dân sự năm 2005 quy định: "Thiệt hại phải được bồi thường toàn bộ, kịp thời. Các bên có thể thỏa thuận về mức bồi thường, hình thức bồi thường bằng tiền, bằng hiện vật hoặc thực hiện một công việc, phương thức bồi thường một lần hoặc nhiều lần, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác" [18]. Luật Bảo vệ môi trường năm 2005 không quy định cụ thể về phương thức bồi thường thiệt hại do làm ô nhiễm môi trường. Nhưng, trên thực tế thì các phương thức bồi thường thiệt hại được áp dụng khá linh hoạt. Cụ thể là:
- Bồi thường toàn bộ thiệt hại thực tế nếu phạm vi ô nhiễm hẹp, thiệt hại chỉ xảy ra với một số ít người, giá trị thiệt hại không lớn và dễ xác định;
- Bồi thường thiệt hại trên cơ sở tỉ lệ giữa tổng giá trị thiệt hại được bù đắp so với tổng giá trị thiệt hại thực tế. Phương thức này được áp dụng khi tổng giá trị thiệt hại được tính trên cơ sở thiệt hại của từng cá nhân, tổ chức cộng lại và người gây thiệt hại thực hiện hành vi làm ô nhiễm môi trường do lỗi vô ý, thiệt hại gây ra quá lớn so với khả năng tài chính của họ.
- Bồi thường thiệt hại trên cơ sở cấp độ thiệt hại: phương thức này thường được áp dụng trong trường hợp có sự chênh lệch đáng kể về mức độ thiệt hại giữa những người bị thiệt hại và bên bị hại đã phân loại được thiệt hại thành nhiều cấp độ khác nhau. Người có cùng cấp độ thiệt hại thì được hưởng cùng mức bồi thường.
- Bồi thường thiệt hại trên cơ sở mức thiệt hại bình quân. Phương thức này được áp dụng trong trường hợp không có sự chênh lệch lớn giữa các mức thiệt hại. Mọi đối tượng bị thiệt hại đều được nhận mức bồi thường như nhau.
- Bồi thường thiệt hại bằng việc đầu tư vào các công trình công cộng, phúc lợi cho cộng đồng dân cư như: các công trình thủy lợi, bệnh xá, đường
giao thông… Phương thức này được áp dụng trong trường hợp phạm vi ô nhiễm rộng, thiệt hại xảy ra đối với nhiều người và khó xác định mức thiệt hại đến từng đối tượng cụ thể.
Tuy nhiên, các phương thức bồi thường nêu trên chỉ phù hợp khi áp dụng cho việc bồi thường thiệt hại về tính mạng, sức khỏe, tài sản còn đối với thiệt hại là suy giảm chức năng, tính hữu ích của môi trường thì các phương thức bồi thường nêu trên chưa phù hợp với bản chất của trách nhiệm bồi thường thiệt hại là việc đền bù những tổn thất và khắc phục những hậu quả do hành vi vi phạm gây ra; trách nhiệm khôi phục lại tình trạng ban đầu của sự vật, hiện tượng. Tức là trách nhiệm khôi phục lại chức năng, tính hữu ích của môi trường như trạng thái ban đầu hoặc phù hợp với tiêu chuẩn, quy chuẩn môi trường hiện hành.