Thời gian qua, ngành thuế mới chỉ chú trọng xây dựng hệ thống cơ sở dữ liệu để phục vụ cho công tác quản lý thuế nói chung mà chưa có sự quan tâm đúng mức đến việc xây dựng cơ sở dữ liệu cho công tác quản lý thuế đối với hoạt động chuyển giá, trong khi giá chuyển nhượng là một lĩnh vực đặc thù, đòi hỏi phải được quản lý trên cơ sở thông tin đa chiều về người nộp thuế.
Trước năm 2007, ngành thuế tổ chức bộ máy quản lý theo đối tượng nộp thuế, công chức theo dõi tất cả các khâu của quá trình quản lý thuế đối với người nộp thuế. Song, từ năm 2007, ngành thuế đã tổ chức lại bộ máy quản lý thuế theo mô hình chức năng. Mô hình này có ưu điểm là cán bộ công chức thuế được chuyên môn hóa, làm việc chuyên sâu tại một chức năng với mục tiêu phát huy tối đa tính tự giác tuân thủ theo pháp luật của người nộp thuế. Tuy nhiên, ưu điểm này lại chính là khó khăn khi triển khai thực hiện quản lý thuế đối với hoạt động chuyển giá, bởi lẽ các doanh nghiệp có quan hệ liên kết thường là những doanh nghiệp lớn, phạm vi hoạt động rộng. Công chức thuế lại làm việc tại các bộ phận chức năng thực hiện nhiệm vụ quản lý trong phạm vi chức năng của bộ phận mình đối với nhiều doanh nghiệp không phân biệt quy mô, tính chất hoạt động. Việc quản lý thuế đối với hoạt động chuyển giá tại các bộ phận chức năng chưa mang tính chuyên sâu nên chưa đạt được hiệu quả cao (chẳng hạn công chức thuộc phòng kê khai và kế toán thuế thực hiện các công việc liên quan đến kê khai và kế toán thuế của nhiều doanh nghiệp, không quản lý kê khai theo mảng chuyên biệt về giá chuyển nhượng). Vì vậy mô hình tổ chức bộ máy hiện tại cũng là một nguyên nhân khiến cho việc quản lý hoạt động chuyển giá hiệu quả chưa cao mà cụ thể là việc tổng hợp đánh giá một cách chuyên sâu về hoạt động chuyển giá của bất cứ doanh nghiệp liên kết nào cũng sẽ rất khó khăn64.
Để quản lý hiệu quả hoạt động chuyển giá thì cần phải có sự phối hợp chặt chẽ giữa cơ quan thuế với các bên có liên quan như Ngân hàng, cơ quan kế hoạch và đầu tư, cơ quan quản lý giá, cơ quan thống kê, cơ quan thuế nước ngoài,…nhằm để tạo nguồn dữ
GVHD: TS.Lê Thị Nguyệt Châu 80 SVTH: Lâm Thảo Duy
liệu thông tin từ nhiều phía giúp cơ quan thuế có thể kiểm chứng, xác định giá thị trường trong giao dịch liên kết của doanh nghiệp FDI. Tuy nhiên, sự phối hợp giữa cơ quan thuế và các đơn vị nói trên còn hết sức hạn chế và chưa có sự đồng bộ về công nghệ nên gặp nhiều khó khăn trong trao đổi thông tin, dữ liệu, đặc biệt là đối với việc thu thập dữ liệu phục vụ cho việc xác định giá thị trường trong những giao dịch liên kết có sản phẩm, hàng hóa, máy móc, thiết bị khan hiếm hoặc không có bán tại thị trường Việt Nam.
Ngoài ra, nguồn kinh phí để hoàn thiện hệ thống cơ sở dữ liệu của ngành Thuế chưa được bố trí và quan tâm một cách thỏa đáng. Do đó hệ thống cơ sở vật chất cũng như đội ngũ cán bộ thực hiện công tác quản lý chuyển giá chưa được tạo mọi điều kiện thuận lợi để nâng cao trình độ năng lực và hiệu quả công tác.