Công ty hoạt động theo mô hình công ty cổ phần và đã được cấp phép niêm yết trên thị trường chứng khoán Việt Nam từ năm 2002. Mô hình tổ chức quản trị của công ty giống với mô hình tổ chức của các công ty cổ phần theo thông lệ, cơ cấu tổ chức quản lý có đầy đủ các thành phần, bao gồm: Đại hội đồng cổ đông, Hội đồng quản trị, Ban kiểm soát, Ban giám đốc, các phòng ban chức năng và các xí nghiệp sản xuất. Mỗi bộ phận được phân công, phân nhiệm một cách rõ ràng, thể hiện tính độc lập, tự chủ của người quản lý mỗi bộ phận.
Chịu trách nhiệm chung về tổ chức quản lý và điều hành các hoạt động sản xuất kinh doanh của công ty là Ban tổng giám đốc, đứng đầu là Tổng giám đốc, hỗ trợ cho Tổng giám đốc trong công tác quản lý có ba Phó tổng giám đốc chuyên môn gồm: Phó tổng giám đốc phụ trách tài chính, Phó tổng giám đốc phụ trách kinh doanh và Phó tổng giám đốc phụ trách sản xuất, vùng nuôi. Ba Phó tổng giám đốc chịu trách nhiệm trước Tổng giám đốc về công tác chuyên môn được giao phó.
Ở các phòng ban chức năng: đứng đầu các phòng ban chức năng là trưởng phòng, chịu trách nhiệm quản lý chung về các hoạt động chuyên môn của phòng. Cùng cấp quản lý với các phòng ban chức năng là chi nhánh tiêu thụ đặt tại TP. HCM của công ty, được quản lý bởi Giám đốc chi nhánh.
Các xí nghiệp AGF7, AGF8, AGF9, AGF360, xí nghiệp Dịch vụ thủy sản, xí nghiệp Kho vận Mỹ Thới, mỗi xí nghiệp được quản lý bởi Giám đốc Xí nghiệp, Giám đốc xí nghiệp được quyền tổ chức phân công nhân viên thực hiện các công việc của Xí nghiệp, và có trách nhiệm tiến hành tổ chức sản xuất theo kế hoạch được lập bởi Phòng Kế hoạch - điều độ sản xuất khi có đơn đặt hàng và thực hiện các dịch vụ hỗ trợ trong khâu trữ hàng, đông lạnh sản phẩm.
Với sự phân công trách nhiệm như trên, có thể chia mô hình quản lý của công ty thành 3 cấp như sau:
Cấp 1: Quản lý cấp cao bao gồm Hội đồng quản trị, Ban giám đốc
Cấp 2: Quản lý cấp trung bao gồm Trưởng các phòng ban chức năng và Giám đốc chi nhánh TP.HCM.
Cấp 3: Quản lý cấp cơ sở bao gồm Giám đốc các xí nghiệp sản xuất, Xí nghiệp cung cấp dịch vụ.