Rễ cây cói có đặc điểm được mọc ra từng đợt xung quanh thân ngầm, thân ngầm mọc dài trước, rễ mọc dài sau, rễ lúc non màu trắng, khi già chuyển sang màu nâu hồng, khi chết màu đen. Rễ sống được 3 tháng, rễ con và rễ nhánh thường chết trước rễ cái. Cây cói trồng trong đất ngập nước sâu lâu ngày, nơi có nồng độ muối cao hoặc đất chua, thì bộ rễ phát triển kém. Phần gốc thân cói tạo những mầm ăn dưới mặt đất gọi là nhánh hút, nhánh hút già đi thành thân ngầm. Nhánh hút và thân ngầm đều có đốt, mỗi đốt có vảy. Thân ngầm mập màu trắng hồng (cói non), màu trắng vàng (cói già), thân ngầm tồn tại qua nhiều lứa cói thì có màu càng sẫm. Thân ngầm vừa giữ chức năng của thân vì có mắt có khả năng nảy mầm, vừa giữ chức năng tích lũy và dự trữ nhánh hút và thân ngầm dùng để nhân giống vô tính. Mỗi thân ngầm có 4 mầm: mầm 1 và 2 luôn luôn ở trạng thái hoạt động mầm 3 và 4 ở trạng thái ngủ được lá vẩy và lá bẹ bảo vệ. Trong điều kiện ngoại cảnh bất lợi (ngập nước, nồng độ muối cao ...) mầm 1 và 2 bị hại, mầm 3 và 4 được bảo toàn, khi có điều kiện thuận lợi lại phát triển tốt (Nguyễn Tất Cảnh và cs., 2010).
Hình 1.2. Thân ngầm và mầm cói
Theo Nguyễn Tất Cảnh và cs. (2010) thì sự vươn dài hay ngắn của thân ngầm phụ thuộc vào mật độ, đất đai, mực nước. Mầm 1 và 2 của thân ngầm vươn dài hơn mầm 3 và 4 trong điều kiện năm đầu mới trồng. Tiêm của mầm
một bao giờ cũng dài hơn, sinh trưởng mạnh hơn mầm 2, mầm 3 có khả năng sinh trưởng mạnh hơn mầm 4, cắt mầm 1 và 2 thì mầm 3 và 4 đâm tiêm nhanh hơn. Cói mầm 1 ở thân ngầm mọc ra 2 thân ngầm, từ 2 thành 4, từ 4 thành 8 và cứ thế gấp đôi mãi... Hai nhánh mọc ra từ một thân ngầm tạo thành 2 ngọn (nông dân thường gọi là nhánh chẻ đôi), từ các nhánh ấy nhô ra khỏi mặt đất lá mác chưa mở gọi là sự đâm tiêm. Sau khi tiêm mọc 5 đến 7 ngày thì lá mác bắt đầu xòe (vụ chiêm 5 đến 7 ngày, vụ mùa 3 đến 5 ngày). Ở nhiệt độ 25 đến 27oC cói bắt đầu đẻ nhánh.
Nhánh thứ nhất ra trước nhánh thứ hai 14 - 16 ngày (vụ Chiêm) và 10 - 12 ngày (vụ Mùa). Nếu gặp nhiệt độ thấp 10 - 120C cói đẻ nhánh chậm. Khi lá mác đã xòe, tốc độ đẻ nhánh nhanh. Đến ngày thứ 30 lại bắt đầu đợt tiêm khác nhô lên, đồng thời thân khí sinh phát triển đầy đủ lá bẹ, lá bao, lá mác.
Đặc điểm ra hoa làm quả của cây cói: cây cói ra hoa rộ từ tháng 5 đến trung tuần tháng 6 thì lụi dần (vụ Chiêm), vụ Mùa đầu tháng 8 ra hoa rộ đến trung tuần tháng 9 thì bắt đầu lụi. Từ tháng giêng đến tháng 12 lúc nào cũng có hoa. Hoa cói nhỏ, mọc thành bông nhỏ ở kẽ một lá bắc, tập hợp thành bông. Cụm hoa mọc ở đỉnh, thường hình xim kép, rộng hơn dài, với đường kính 15 cm, màu xanh vàng, có mùi thơm, với 3 - 10 nhánh, dài 3 - 10 cm; mang 4 - 10 bông nhỏ. Hoa lưỡng tính hay đơn tính, thụ phấn nhờ gió; Hoa cói phơi màu và chín theo kiểu vô hạn từ dưới lên trên. Hoa đầu tiên và hoa cuối cùng trên bông thường ra cách nhau 9 - 10 ngày. Là cây giao phấn nên nhân giống cói từ hạt dễ bị lẫn tạp, ruộng giống cói không nên để cói ra hoa, kết hạt (Nguyễn Tất Cảnh và cs., 2010).
Chính vì vậy, cây cói nhân giống chính bằng biện pháp tách mầm đã được áp dụng từ xa xưa. Tuy nhiên, những nghiên cứu cụ thể để xây dựng quy trình chưa được quan tâm. Thực hiện đề tài này có ý nghĩa quan trọng trong hoàn thiện quy trình nhân giống cho cây cói.