Cói chỉ ra hoa trong điều kiện ngày ngắn. Mầm hoa hình thành ở kẽ lá mác, phía đầu thân khí sinh. Đối với cói vụ chiêm ở miền Bắc, cói ra hoa rộ từ tháng 5 đến trung tuần tháng 6 thì lụi dần. Còn cói vụ mùa ra hoa rộ vào tháng 8 đến trung tuần tháng 9 thì bắt đầu lụi. Hoa cói phơi màu và chín theo kiểu vô hạn từ dưới lên trên. Hoa đầu tiên và hoa cuối cùng trên bông thường ra cách nhau 9 - 10 ngày. Hoa cói vụ chiêm thường bé và ngắn, hoa cói vụ mùa to và dài hơn. Khi hoa từ màu trắng chuyển sang màu ngà khi đó gọi là cói bắt đầu chín. Lúc này, thân cói từ màu xanh chuyển sang màu xanh vàng bóng, sợi cói đanh và khi có gió nhẹ, phát ra tiếng động khẽ. Thời kỳ chín của cói thể hiện qua tỷ lệ khô/tươi cao, khi hàm lượng đường (pentosan) đã chuyển hóa hết. Nếu tỷ lệ đường còn cao, cói phơi lâu khô, tỷ lệ khô/tươi thấp, năng suất cói thấp. Dấu hiệu bên ngoài nhận biết cói chín là khi thân cói ngả màu xanh vàng óng, hoa từ màu trắng chuyển sang màu ngà rồi chuyển sang màu nâu (Nguyễn Tất Cảnh, 2010).
Cói là cây lưu gốc vì thế năng suất thân cói biến động theo thời gian, khai thác (tuổi cói) chịu ảnh hưởng của bản chất giống hay kiểu gen và điều kiện canh tác (Ninh Thị Phíp và cs., 2008). Đặc điểm này thể hiện rõ qua kết quả điều tra năng suất và phẩm cấp của 2 giống cói: Bông TrắngvàBông Nâu ở các thời điểm khác nhau tại Nga Sơn - Thanh Hóa và Kim Sơn - Ninh Bình (Nguyễn Tất Cảnh và cs., 2006) cho thấy: cói sau trồng 3 năm tuổi cho năng
suất và tỷ lệ khô/tươi cao nhất. Năng suất cói giảm dần sau trồng 4 năm và giảm mạnh sau trồng 5 năm. Đồng thời tỷ lệ cói cấp 1 tăng dần từ khi trồng đạt cao nhất ở thời điểm sau trồng 3 năm, sau đó giảm dần ở năm thứ 4, giảm mạnh ở năm thứ 5. Từ các kết quả nghiên cứu, tác giả đã cho nhận xét: thời gian đảo cói thích hợp là sau 4 năm trồng. Trồng giống cói Bông Trắng cho năng suất và phẩm cấp cói cao hơn cói Bông Nâu , ở tất cả các độ tuổi. Do đó, cần phát triển diện tích trồng cói Bông Trắng và duy trì một diện tích vừa phải cói Bông Nâu bảo đảm đa dạng nguồn gen trong sản xuất.