Cói là loại cây cần nhiều chất dinh dưỡng, muốn đạt năng suất cao nhất thiết phải bón đủ phân. Nông dân trồng cói rất chú trọng bón các loại phân hữu cơ như phân lợn ủ mục, phân bắc ủ trấu. Bón phân bắc nguyên chất làm cói chóng bốc nhưng mềm cây; phân trâu bò ủ chưa kĩ, phân rác không tốt vì chứa nhiều hạt cỏ là mầm mống của các loại cỏ dại nguy hiểm lan tràn trên ruộng cói. Những năm gần đây, người dân bắt đầu sử dụng phân hoá học cho cói. Do chưa có loại phân bón chuyên dụng cho cói nên người dân chủ yếu sử dụng phân đạm, phân lân, NPK các loại và hầu như không bón phân kali (Vũ Đình Chính, 2008).
Theo Đoàn Thị Thanh Nhàn và cs. (1996) nguyên tắc bón phân cho cói là kết hợp phân chuồng và phân hóa học, bón cân đối các loại phân N, P, K coi trọng bón lót và bón thúc thích hợp với các thời kì sinh trưởng của cói.
Cói là cây phàm ăn, thời gian sinh trưởng ngắn, một năm cho 2 vụ thu hoạch. Sản phẩm cói thu hoạch hàng năm đã lấy đi từ đất một lượng dinh dưỡng khá lớn. Do đó, muốn đạt năng suất cói cao, phẩm chất tốt nhất thiết phải bón đủ phân và bón cân đối. Các loại phân khoáng như NPK tác động tốt đến năng suất phẩm chất cói. Bón đủ đạm làm cói đâm tiêm nhanh, nhiều, chóng kín ruộng, sinh trưởng mạnh, thân to, cao, chậm ra hoa và lụi. Năng suất tăng rõ rệt.
Theo Nguyễn Tất Cảnh và cs., (2008c) thì vùng cói ở các tỉnh miền Trung nên tăng cường bón các loại phân hữu cơ vào các giai đoạn đẻ nhánh và vươn cao thân kết hợp với bón NPK sẽ làm tăng năng suất cói. Lượng bón NPK từ 350 - 400 kg Amon sunfat + 350 - 400 kg Supe photphat và 150 kg Kaliclorua. Vùng Nga Sơn - Thanh Hóa lượng bón cao hơn Kim Sơn - Ninh Bình.
Ngoài ra bón phân cho cói còn phải căn cứ theo tuổi của ruộng cói + Đối với ruộng cói mới trồng:
Cần phải đầu tư cả phân chuồng hữu cơ hoai kết hợp phân vô cơ. Bón lót: 10 - 20 tấn phân chuồng + 200 - 300 kg Supe photphat/1ha. Bón thúc: Lượng bón từ 400 - 500 kg Amon Sunfat/1ha, chia làm 3 lần bón vào các thời kỳ: Đâm tiêm; Đẻ nhánh; Vươn cao.
Thời kỳ đâm tiêm: Cần bón nặng vào thời kỳ này vì nó quyết định số lượng và chất lượng tiêm. Sau khi tiêm mọc 40 - 50 cm (sau trồng 20 - 30 ngày) cắt bỏ đoạn tiêm ngắn, làm sạch cỏ sau tạo điều kiện cho tiêm mọc đều.
Thời kỳ đẻ nhánh: Thời kỳ này quyết định mật độ tiêm cói. Trong lần bón này chia làm 2 lần, lần đầu tiến hành bón sau khi phát éo (cắt bỏ đợt tiêm ngắn) bón 2/3 số phân, lần tiếp sau 7 - 10 ngày bón bổ sung những chỗ chưa đều 1/3 số phân còn lại.
Thời kỳ vươn cao: Bón lượng phân còn lại trước khi thu hoạch 25 - 30 ngày, giúp cói vươn nhanh, thân cói dài, gốc trắng, đồng thời làm cho mầm rễ ở thân ngầm phát triển tốt, đặt cơ sở cho lần thu hoạch sau đạt năng suất cao.
+ Đối với ruộng cói lưu gốc:
Bón lót thường được tiến hành sau khi dọn bổi rác vào tháng 12, tháng 1 đối với cói chiêm và tháng 6 đối với cói mùa. Lượng bón lót là 8 tấn phân chuồng + 200 kg Super lân/1ha.
Đối với cói chiêm, bón thúc 3 lần vào các thời kỳ đâm tiêm (tháng 2, 3), đẻ nhánh (tháng 3, 4) và vươn cao (tháng 4 - 5). Lượng bón cho 1ha/1 vụ như sau:
Lần 1: 150 kg Amon sunfat/ha.
Lần 2: 100 kg Amon Sunfat+100 kg Supe photphat + 100 kg Kalisulfat. Lần 3: bón trước thu hoạch 30 - 45 ngày với lượng 150 kg Amon sunfat +100 kg Supe photphat.
Đối với cói mùa: lượng phân đạm bón thúc ít hơn cói vụ chiêm (300 kg đạm Sulfat/ha), số lần bón 2-3 lần.
Bên cạnh việc cung cấp dinh dưỡng cho cói cũng cần phải quan tâm đến các yêu cầu khác của cây cói như độ mặn, độ chua, độ ẩm… Đất an toàn cho cói phát triển tốt ở độ mặn ≤ 2% và pH từ 5,5 - 6,5; Độ ẩm luôn luôn đạt 100% (Nguyễn Tất Cảnh và cs., 2008c).
Kết quả điều tra nông hộ cho thấy, trước năm 2000, nguồn phân chính bón cho cói là phân chuồng và phân đạm urê. Từ năm 2000 trở lại đây cơ bản cói không được bón phân chuồng mà chủ yếu là bón phân vô cơ (rời) hoặc phân NPK các loại. Trong các loại phân trên đạm được bón với lượng rất cao mà chưa chú trọng tới lân và kali nên năng suất cũng như chất lượng cói chưa cao. Kết quả điều tra cũng cho thấy, lượng phân vô cơ mà người dân sử dụng cao hơn nhiều so với nhu cầu của cây cói. Việc bón phân cho cói lại bị động, vì lệ thuộc vào thời tiết do ở đây thường là các vùng cửa sông, ven biển nên chưa chủ động được chế độ tưới tiêu. Thông thường người dân thường bón phân vào thời điểm sau mưa, đối với cói không chủ động được nước tưới hoặc bón vào buổi chiều mát đối với những ruộng cói
đủ ẩm. Trong khi đó, đặc điểm tưới nước cho cây cói là “tưới tràn, tháo kiệt”. Với phương pháp bón vãi hiện nay phần lớn phân bón bị rửa trôi bề mặt và thấm sâu gây ô nhiễm môi trường nước, suy giảm đa dạng sinh học, ảnh hưởng đến sức khoẻ con người và làm cho hiệu quả trong sản xuất cói là chưa cao (Nguyễn Tất Cảnh và cs., 2008c).
