Cói phần lớn được trồng chủ yếu ở vùng đất có ảnh hưởng của thuỷ triều hoặc những vùng đất chua mặn, mặn ít mà việc cung cấp nước gặp nhiều khó khăn. Trước những năm 1990 sản xuất cói chủ yếu dựa vào nước phù sa và nước trời, nhưng vẫn thu được năng suất khá (biến động xung quanh 55 tạ/ha đến 65 tạ/ha) và theo thời gian khi thâm canh càng cao, năng suất cói có tăng nhưng biến động không lớn xung quanh giá trị trung bình 67,9 tạ/ha (Nguyễn Tất Cảnh, 2010).
Theo Nguyễn Tất Cảnh và cs. (2008a), do biến đổi khí hậu, xây dựng các nhà máy thủy điện nơi thượng nguồn, dòng chảy của sông Hồng trong mùa khô đổ ra biển kiệt hơn trước nên nước biển với nồng độ muối cao hơn xâm nhập sâu vào đất liền, đất bị nhiễm mặn cao, cói là cây chịu mặn, nhưng nhiều diện tích cói bị chết hàng loạt.
Bên cạnh bị ảnh hưởng của biến đổi khí hậu, các hoạt động kinh tế ở vùng thượng lưu cũng ảnh hưởng đến sản xuất cói, ngoài ra sản xuất cói còn phụ thuộc vào 2 điều kiện khác nhau: (i) vùng đất ngoài bãi sản xuất cói phụ thuộc vào thủy triều (1 vụ) và năng suất thấp, (ii), vùng trong đồng sản xuất hai vụ do được tưới nước.
Phương pháp tưới nước có ảnh hưởng lớn tới hiệu quả của phân bón, khi ruộng cói ngập nước lâu ngày, quá trình đâm tiêm của cói bị ngừng trệ, cói bị đen gốc, nếu bón phân trước khi tưới phần lớn sẽ bị rửa trôi, còn khi không có nước, do ruộng cói rất dầy nên dẫn tới hiện tượng phân bị dính trên thân cói không xuống được dưới đất làm cho cói bị cháy khi gặp nắng,
phân bị bay hơi. Kinh nghiệm của người dân thường bón phân cho cói vào thời điểm trước cơn mưa, ruộng cói lúc này được ngọt hóa, phân không bị mất do bay hơi nhưng bị rửa trôi do nước chảy tràn (Nguyễn Tất Cảnh và cs., 2008c).
Theo Nguyễn Văn Dung (2008) cho rằng, nước tưới cho cói là hết sức quan trọng, ảnh hưởng đến khả năng đẻ nhánh, sinh trưởng và chất lượng cói. Cũng theo Nguyễn Văn Dung (2011) cho thấy, quản lý nước cần áp dụng theo quy trình tưới sau: Chế độ tưới ngập ẩm trong vụ xuân (chủ yếu là tháng 3, 4, 5), vụ mùa (7, 8, 9). Vụ xuân: cần tưới 300 mm lớp nước /vụ; vụ mùa 362,6 mm lớp nước/vụ. Tổng lượng nước tưới khoảng 3000 - 3500 m3/ha trong vụ xuân vụ xuân và khoảng 4000 - 4500 m3/ha trong vụ mùa.Về số lần tưới khoảng: 5 - 6 lần/vụ trong điều kiện vụ xuân và: 7 - 8 lần/vụ trong điều kiện vụ mùa (số lần tưới trong 1 vụ tùy theo điều kiện thời tiết). Độ sâu lớp nước một lần tưới 40 - 50 mm. Các tác giả cũng cho rằng, thời kỳ đâm tiêm, đẻ nhánh, ruộng cói cần được giữ ẩm thường xuyên, đảm bảo cói đẻ nhánh khỏe, gốc trắng, phẩm chất tốt. Mực nước ở ruộng cói thời kỳ này nên để từ 4 - 5 cm. Thời kỳ vươn cao: Mực nước cần được duy trì ở mức 2 - 3 cm. Mặt khác, trong thời kỳ này, cây cói chịu mặn yếu. Do vậy, nguồn nước tưới cho cói trong thời kỳ này yêu cầu độ mặn từ 0,08 - 0,25% cói sinh trưởng tốt. Thời kỳ thu hoạch: Nước cần được rút ra khỏi ruộng trước 10 - 15 ngày. Thời kỳ cói chín cần giữ ẩm để tránh bị cói xuống bộ. Nếu chưa thu hoạch nên để mực nước 3 - 5 cm.
Đối với ruộng cói nhân giống bằng biện pháp tách mầm. Trước khi nhân giống, người ta chọn cây giống trên ruộng, thường gọi là “mống cói” tức thân ngầm có mang một đoạn thân ở những ruộng cói cũ để làm giống.
Tiêu chuẩn chọn mống cói giống phải có thân ngầm to khỏe, bánh tẻ, dày mắt trên các ruộng cói đã trồng được ít nhất 3 năm trở lên. Muốn có mống cói tốt, sau khi cắt cói vụ mùa, tiếp tục chăm sóc đến tháng 12, tháng
giêng cói phát triển mạnh, lúc này tiến hành nhổ mống rất tốt. Thời vụ trồng cói có thể quanh năm, tốt nhất vào tháng 3 tháng 4. Tách nhỏ thân ngầm thành 2 - 4 mống thành một khóm, rửa sạch đất, Có thể phơi mống vài giờ rồi mới cấy, tỷ lệ sống đạt 100%. Mật độ trồng là 20 x 25 cm (20 khóm/m2) (cấy 2 dảnh/khóm) (Nguyễn Tất Cảnh, 2010).
Cây cói nhân giống bằng hạt ít được sử dụng, do cây giao phấn, thời gian từ gieo đến khi đưa đi trồng từ 65 - 70 ngày cây được 5 lá thật chiều cao 12 - 15 cm, cây sinh trưởng yếu (Nguyễn Văn Hoan, 2011). Theo nghiên cứu của Meney et al., (1990) và Meney and Dixon (1988) cho rằng hạt của nhiều cây thuộc họ cói sản xuất hạt ít và kém chất lượng.
Hiện nay để nhân nhanh các dòng giống quý, sạch bệnh, bảo quản dài hạn nguồn gen và cũng là phương tiện trao đổi giống an toàn, có thể nhân giống bằng phương pháp nuôi cấy invitro sử dụng đoạn thân ngầm mang mắt ngủ dài 3 - 5 cm, qua giai đoạn khử trùng bằng HgCl2 0,1% trong thời gian 13 phút, mẫu được đưa vào môi trường MS + 1,5 mg/l BA + 30 g/l đường + 7g aga, pH = 5,7 tái sinh chồi và môi trường MS + 2mg/l kinetin + 0,5 mg/l NAA để tạo và nhân chồi, sau đó giai đoạn tạo cây hoàn chỉnh là MS + 0,25 mg/l NAA + 30 g/l đường + 7 g/l agar, công đoạn cuối cùng là đưa ra vườn ươm sử dụng giá thể là bùn để cây sinh trưởng, phát triển tốt (Nguyễn Thị Phương Thảo, 2011).
Sâu bệnh cũng là đối tượng nguy hiểm, các vùng sản xuất cói tại Kim Sơn - Ninh Bình cũng như Nga Sơn - Thanh Hoá đều bị sâu, bệnh gây hại làm giảm năng suất và chất lượng. Các loại sâu như: bộ vòi voi, sâu đục thân, rầy lưng trắng, châu chấu, cào cào… Các loại bệnh như: bệnh đốm vàng, vàng nhạt (hay còn gọi là bệnh đốm nâu). Trong các loại sâu, bệnh hại nêu trên thì sâu đục thân và bệnh đốm vàng nhạt là 2 đối tượng nguy hiểm nhất gây thiệt hại không nhỏ cho người trồng cói (Nguyễn Văn Viên và cs., 2008; Phạm Thị Vượng và cs., 2008).