Bên cạnh những kết quả đã đạt được, Eximbank vẫn còn tồn tại một số hạn chế trong quá trình hoạt động kinh doanh của mình.
Một là số lượng thẻ đang hoạt động khá ít so với số thẻ Eximbank đã phát hành. Thẻ V-Top là loại thẻ liên kết với tài khoản không kỳ hạn của khách hàng, thế nhưng số lượng thẻ V-Top đang hoạt động lại ít hơn số lượng thẻ phát hành. Đối với thẻ tín dụng quốc tế, mặc dù số lượng thẻ đều được phát hành mới mỗi năm với tốc độ gần như nhau nhưng có một số khách hàng không có thiện chí
trong việc sử dụng, nhất là các loại thẻ tín dụng Business, đều là loại thẻ tín dụng tín chấp, vì khi khách hàng sử dụng hết hạn mức trong thẻ đã được cấp, họ thường có xu hướng ì ạch thanh toán nợ cho ngân hàng. Mặc dù các khoản dư nợ này chiếm tỷ trọng rất rất nhỏ so với dư nợ của toàn hệ thống Eximbank, nhưng với tình hình như thế cũng sẽ ảnh hưởng đến hoạt động của Eximbank vì một số cán bộ nhân viên của chi nhánh, phòng giao dịch phải thường xuyên liên lạc với các khách hàng này mà không thể tìm kiếm những khách hàng mới. Điều này cho thấy thực trạng khách hàng đang sử dụng thẻ tại Eximbank không được nhắm đến đúng đối tượng. Mặc khác, do sự ì ạch, không thiện chí trong việc thanh toán dư nợ thẻ tín dụng của khách hàng mà một số chi nhánh trong hệ thống Eximbank không mặn mà đối với sản phẩm, dịch vụ này, gây ra sự cản trở trong việc mở rộng hoạt động TTKDTM tại Eximbank.
Hai là số lượng thẻ V-Top Đồng thương hiệu của Eximbank còn khá ít so với số lượng siêu thị, trung tâm mua sắm của cả nước. Theo kết quả thống kê của hệ thống Eximbank, đến năm 2012 thì toàn hệ thống Eximbank chỉ có 21/42 chi nhánh có liên kết với các công ty, trung tâm mua sắm, câu lạc bộ để phát hành thẻ V-Top Đồng thương hiệu. Sự phát triển không đồng bộ giữa các chi nhánh trong cùng hệ thống về việc phát triển thẻ V-Top đồng thương hiệu cho thấy có khá nhiều chi nhánh chưa phát triển được sản phẩm dịch vụ này. Do đó đây là hạn chế của Eximbank trong việc phát triển doanh số thẻ khi mà có khá nhiều chi nhánh chưa tiếp cận được các trung tâm mua sắm, siêu thị trên khắp cả nước.
Ba là thị phần khách hàng là các đơn vị hành chính sự nghiệp, đơn vị đào tạo của Eximbank còn khá ít so với số lượng đơn vị hành chính sự nghiệp khắp cả nước. Đất nước Việt Nam có 11,845 đơn vị hành chính bao gồm các cấp Thành phố, Quận, Thị xã, Huyện, Phường, Thị trấn và Xã. Về đơn vị đào tạo, toàn đất nước có 419 trường cao đẳng, đại học9. Đây là thị phần tiềm năng, đặc biệt là các trường cao đẳng, đại học, học viện khi mà khối lượng sinh viên theo học hàng năm rất cao.
9
Năm là số lượng khách hàng doanh nghiệp giao dịch chi hộ lương qua ngân hàng khá ít so với số lượng khách hàng doanh nghiệp đang giao dịch thanh toán tại Eximbank. Chi hộ lương là một dịch vụ của ngân hàng bằng cách chi trả theo danh sách mà khách hàng cung cấp từ tài khoản của công ty sang tài khoản tài khoản không kỳ hạn của nhân viên. Dịch vụ này giúp khách hàng tiết kiệm được thời gian, giảm thiểu rủi ro trong việc chi lương nhưng chưa được sự quan tâm của các khách hàng doanh nghiệp đang giao dịch tại Eximbank.
Một số phòng giao dịch của Eximbank không có lắp đặt máy ATM, một số máy ATM đặt ở vị trí không thuận tiện cho khách hàng cá nhân giao dịch do khuất tầm mắt, do đặt trong bệnh viện,… So với một số ngân hàng khác như Sacombank, Đông Á, Vietcombank,… hệ thống máy ATM luôn được ngân hàng chú trọng phát triển mạng lưới.