Từ năm 1991, sau khi hai Pháp lệnh Ngân hàng ra đời, hệ thống NH Việt Nam đã chính thức chuyển cơ chế hoạt động từ hệ thống NH một cấp sang hai cấp với sự tách bạch chức năng ngân hàng trung ương (Ngân hàng nhà nước) với chức năng
NHTM. Cùng với quá trình đổi mới cơ chế vận hành trong hệ thống NH là quá trình ra
đời hàng loạt các NH chuyên doanh cấp hai với các loại hình sở hữu khác nhau gồm NHTM quốc doanh, NHTM cổ phần, ngân hàng liên doanh, chi nhánh hoặc văn phòng đại diện của ngân hàng nước ngoài, hợp tác xã tín dụng, quỹ tín dụng nhân dân, công ty tài chính. Nhờ vậy, số lượng NH đã tăng từ 4 vào năm 1990 lên 8 vào năm 1991, rồi 45 ngân hàng vào năm 1993 và đạt đỉnh cao là 56 ngân hàng (không kể NHLD và chi
nhánh NHNNg) vào năm 1997. Cũng vào năm 1997, Quốc hội khoá X thông qua Luật
Ngân hàng Nhà nước Việt Nam và Luật các Tổ chức Tín dụng, có hiệu lực thi hành từ
ngày 1/10/1998. Đây cũng chính là năm xảy ra cuộc khủng hoảng tài chính ở Đông Á
mà đã có những tác động tiêu cực đến hệ thống NH Việt Nam. Sau giai đoạn này, một số NHCP hoạt động yếu kém được sắp xếp lại. Từ hơn 50 NHTMCP, đến cuối năm
2004 chỉ còn lại 37 NH. Đến năm 2006, khu vực NH lại chứng kiến một đợt sóng thành lập mới lần thứ hai với 10 NHTMCP nông thôn được chuyển đổi thành
NHTMCP đô thị và 4 NHTMCP được thành lập mới.
Đến cuối năm 2012, hệ thống ngân hàng Việt Nam bao gồm: 5 NHTMNN (chưa bao gồm NH Phát triển Việt Nam); 1 NH Chính sách Xã hội; 34 NHTMCP; 50 chi
nhánh NHNNg; 4 NHLD; 5 ngân hàng100% vốn nước ngoài. Hệ thống trên có tới trên
10.000 chi nhánh và điểm dịch vụ NH. Tính ra mật độ bình quân lên tới 14.3 đơn vị dịch vụ NH trên một quận, huyện, thành phố thuộc tỉnh (10,000/698) và tới 2 cán bộ
NH/1.000 dân ở mọi độ tuổi. Đây được cho là quá cao so với một quốc gia GDP chưa
tới 150 tỷ USD/năm và chưa có nền công nghiệp NH hiện đại như nước ta (Nguyễn Đại Lai, 2012). Trong số các định chế NH trung gian nói trên, đáng chú ý nhất là các
NHTMNN tuy chỉ có 5 NH nhưng chiếm tới gần 60% thị phần tổng thể các dịch vụ
NH thông qua mạng lưới chi nhánh trải rộng khắp cả nước (1.299 chi nhánh và sở giao
dịch so với 1.030 chi nhánh và sở giao dịch của 34 NHTMCP).
Sự hiện diện của nhiều loại hình ngân hàng với quy mô khác nhau không chỉ làm tăng cạnh tranh và năng lực quản trị của hệ thống NH mà còn tạo điều kiện đáp ứng nhu cầu đa dạng về dịch vụ tài chính. Và ngược lại, tính chất đa dạng về nhu cầu dịch vụ tài chính và đối tượng khách hàng là cơ sở quy định tính đa dạng của hệ thống
NHTM Việt Nam.