Năng lực quản lý là chỉ tiêu quan trọng đánh giá trình độ quản lý kinh doanh của doanh nghiệp nói chung và DNNN nói riêng. Nếu năng lực quản lý kém thì chi phí quản lý trong giá thành sản phẩm cao, chứng tỏ bộ máy quản lý của doanh nghiệp còn cồng kềnh, ch-a hợp lý và ng-ợc lại nếu
tỷ lệ này thấp góp phần làm hạ giá thành sản phẩm, nâng cao năng lực cạnh tranh của sản phẩm.
DNNN nắm nhiều sản phẩm cơ bản, chủ lực của nền kinh tế nh-: xi măng, sắt thép, phân bón... Song nhìn chung “chi phí sản xuất” bao gồm chi phí vật chất và chi phí dịch vụ cho một chu trình sản xuất của mỗi một sản phẩm khá cao, chi phí sản xuất trong ngành công nghiệp chiếm 60% giá trị sản xuất toàn ngành, trong nông nghiệp chiếm khoảng 40%. Giá thành của một số sản phẩm nh-: xi măng, sắt, thép, giấy, phân bón, hoá chất cơ bản... cao so với các n-ớc trong khu vực là 20-30%. Trong khi đó, các mặt hàng này đều đ-ợc bảo hộ bằng cả công cụ thuế quan và phi thuế quan dẫn đến giá trên thị tr-ờng Việt Nam cao hơn giá quốc tế 10-50% tuỳ mặt hàng. Khả năng cạnh tranh kém của các DNNN thể hiện ngay trên thị tr-ờng nội địa: ở những có khả năng sinh lợi, thị phần của các DNNN có xu h-ớng giảm sút, nh-ờng chỗ cho khu vực đầu t- n-ớc ngoài và khu vực dân doanh... Điều đó nói lên rằng, năng suất lao động trong các DNNN là thấp.
Về tổ chức quản lý trong DNNN còn quá cồng kềnh so với doanh nghiệp dân doanh; nhiều ban, bệ, nhiều thủ tục hành chính r-ờm rà ch-a đ-ợc sửa đổi đã làm cho doanh nghiệp không thể năng động, linh hoạt, đáp ứng kịp thời yêu cầu của thị tr-ờng. Trình độ cán bộ quản lý, trình độ tay nghề của công nhân ở các DNNN khá thấp. Nh- vậy hiệu quả kinh tế thấp là điều dễ hiểu.
Bên cạnh đó các tổng công ty đ-ợc tổ chức theo lối hành chính, bằng số cộng đơn thuần không dựa trên tính tất yếu về kinh tế, đã không mang lại kết quả mong muốn; không những thế, một số tổng công ty đã trở thành vật cản đối với công ty thành viên trong kinh doanh. Chức năng, nhiệm vụ giữa hội đồng quản trị với tổng giám đốc, giữa tổng công ty với Bộ, uỷ ban nhân dân địa ph-ơng còn nhiều điểm ch-a đ-ợc quy địng rõ ràng.
Mặt khác, đã có chủ tr-ơng xoá bỏ chủ quản nh-ng đang có quá nhiều cấp, ngành trực tiếp can thiệp công việc kinh doanh hàng ngày của doanh nghiệp. Tình trạng phân cấp trên d-ới, ngang dọc ch-a rõ ràng đã gây ra tình trạng doanh nghiệp chịu nhiều cấp, nhiều ngành ra sức ép “tăng cường quản lý”, công tác thanh tra, kiểm tra chồng chéo, gây phiền hà cho DNNN hoạt động.