Chương 4 BÀN LUẬN
4.3.1. Về kết quả xác định phả hệ nguồn gốc gen PB
Kết quả phân tích xác định phả hệ nguồn gốc gen PB2, của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu với 50 chủng virus đại diện tham chiếu, cho thấy:
- Gen PB2 của nhóm virus clade 2.3.2.1 gồm 2 biến chủng virus nghiên cứu DkQT801-2011 và DkQT802-2011, phân lập từ gia cầm tại Việt Nam các năm 2011 và 2012, có quan hệ gần gũi với gen tương ứng của nhóm virus cúm A/H5N1 clade 2.3.2.1 phân lập tại Trung Quốc và Mông Cổ các năm 2009 – 2010. Tuy nhiên, nhóm virus clade 2.3.2.1 phân lập tại Việt Nam lại có quan hệ nguồn gốc gần gũi hơn với chủng virus A/Hubei/1/2010 phân lập từ người bệnh tại Trung Quốc năm 2010. Điều này cho thấy, gen PB2 của nhóm virus clade 2.3.2.1 phân lập tại Việt Nam là có nguồn gốc từ các chủng virus clade 2.3.2.1, hình thành và lưu hành ở Trung Quốc trong các năm 2009 – 2010. Các dữ liệu phân tích ở trên cũng chứng tỏ, gen PB2 của các chủng virus clade 2.3.2.1 hình thành tại Trung Quốc năm 2009, có thể được thu nhận từ nguồn gen của virus cúm A/H5N1, lưu hành ở chim hoang dã có tập quán di cư giữa châu Âu và châu Á, còn gọi là nguồn gen virus Âu–Á. Bên cạnh đó, kết quả phân tích ở tiểu mục 3.2.2.1 cho thấy gen PB2 của nhóm virus
clade 2.3.2.1, được thu nhận từ nguồn gen của virus cúm A/H5N1 thuộc genotype V, mà gần gũi hơn là từ nhóm virus clade 2.3.4 hình thành tại Trung Quốc từ năm 2005 và hiện lưu hành ở quần thể chim hoang dã.
- Gen PB2 của 2 biến chủng virus DkNA72-2007 và DkNA114-2007, cùng với các chủng virus cúm A/H5N1 clade 2.3.4 và 2.3.4.3, phân lập từ người và gia cầm bệnh tại Việt Nam các năm 2007 – 2008, có nguồn gốc từ nguồn gen của nhóm virus clade 2.3.4 thuộc genotype V, hình thành và lưu hành tại Trung Quốc trong các năm 2005 – 2006.
- Tương tự, gen PB2 của 2 biến chủng virus CkDT382-2008 và DkTG926- 2009, cùng với chủng virus A/MDk/VN/OIE/559/2011 clade 1.1 phân lập từ gia cầm tại Việt Nam, có nguồn gốc từ nguồn gen của nhóm virus clade 1.1 thuộc genotype Z hình thành và lưu hành tại Campuchia các năm 2007 – 2011. Kết quả phân tích cũng cho thấy, gen PB2 của nhóm virus clade 1.1 nói trên có sự tiến hóa từ nguồn gen của nhóm virus cúm A/H5N1 clade 1 thuộc genotype Z, lưu hành gây bệnh dịch tại Việt Nam và Thái Lan giai đoạn 2003 – 2005, mà có nguồn gốc xa hơn từ virus clade 1 thuộc genotype Z và Z+ lưu hành tại Trung Quốc trước đó.
Như vậy, gen PB2 của các chủng virus phân lập tại Việt Nam từ 2003 đến nay gồm cả 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu, chia tách thành 4 dưới phân nhánh trong 2 phân nhánh tiến hóa, có nguồn gốc từ nguồn gen tương ứng của virus cúm A/H5N1 thuộc 2 genotype Z và V, hình thành tại Trung Quốc và các quốc gia lân cận cùng thời gian. Trong đó, gen PB2 của các chủng virus clade 2.3.2.1 và 2.3.4.3 có nguồn gốc từ virus cúm A/H5N1 thuộc genotype V, gen PB2 của các chủng virus clade 1 và 1.1 có nguồn gốc từ virus cúm A/H5N1 thuộc genotype Z. Kết quả phân tích phả hệ dựa trên trình tự gen PB2 ở trên phù hợp với kết quả phân tích biến đổi di truyền ở tiểu mục 3.2.1, cho thấy gen PB2 có sự biến đổi hình thành các phân nhóm gen biến đổi tương ứng với các clade gen H5 ở virus cúm A/H5N1, trong 04 nhóm virus clade 1, 1.1, 2.3.4.3 và 2.3.2.1. Kết quả trên cũng phù hợp với các kết quả nghiên cứu xác định phả hệ nguồn gốc và genotype virus cúm A/H5N1, trong 4 nhóm virus nói trên lưu hành tại Việt Nam, Trung Quốc và các quốc gia lân cận, dựa trên các gen H5, N1 hoặc toàn bộ hệ gen virus được công bố từ năm 2003 đến nay [75], [76], [77], [78], [80], [86].
+ Đặc biệt, gen PB2 của chủng virus A/VN/UT30850/2005 clade 1 phân lập trên người bệnh tại Việt Nam năm 2005, lại có chung nguồn gốc với các chủng virus clade 2.3.4 thuộc genotype V. Kết quả trên chứng tỏ, gen PB2 có nguồn gốc từ các chủng virus thuộc genotype V, đã được tái tổ hợp trong hệ gen của các chủng virus cúm A/H5N1 clade 1 lưu hành tại Việt Nam từ năm 2005.
+ Bên cạnh đó, gen PB2 của các chủng virus clade 2.2, 2.3.2, 2.3.4 và 2.1.3.2, thuộc 3 genotype Z, V và G phân lập trong các năm 2004 – 2007, tại Trung Quốc, Ấn Độ và Indonesia, tập hợp thành các dưới phân nhánh có quan hệ nguồn gốc xa hơn với các dưới phân nhánh của các chủng virus thuộc genotype Z và V. Kết quả này cho thấy, có sự tái tổ hợp gen H5 và gen PB2 từ nguồn gen genotype virus khác nhau trong hệ gen của các chủng virus kể trên. Tuy nhiên, kết quả xác định genotype tái tổ hợp phụ thuộc vào dữ liệu thông tin đầy đủ, của cả 6 gen khung (PB2, PB1, PA, NP, M và NS) trong hệ gen virus. Vì vậy, các chủng virus nói trên vẫn được xác định thuộc về các genotype Z, hoặc V, hoặc G của virus cúm A/H5N1. Kết quả này chứng tỏ sự biến đổi phức tạp hệ gen của virus cúm A/H5N1, không chỉ xuất hiện các đột biến điểm nội gen mà còn tái tổ hợp các gen thành phần, hình thành các biến chủng virus mới trong quá trình lưu hành tự nhiên. Điều này tạo nên sự đa dạng sinh học và làm cho dịch tễ cúm A/H5N1 diễn biến phức tạp, khó dự đoán. Kết quả trên cũng phù hợp diễn biến dịch tễ cúm A/H5N1 giai đoạn 2004 – 2007, với sự xuất hiện nhiều biến chủng virus mới có gen H5 biến đổi chia tách thành nhiều clade khác nhau, cùng với sự hình thành 2 genotype tái tổ hợp mới (V và G) của virus cúm A/H5N1 [12], [74], [76], [88], [92].
+ Kết quả phân tích nguồn gốc phả hệ cũng cho thấy, gen PB2 của các chủng virus cúm A/H5N1 lưu hành gây bệnh dịch tại Việt Nam, Trung Quốc và các quốc gia châu Á từ 2003 đến nay, có nguồn gốc tiến hóa chung từ nguồn gen tương ứng của nhóm virus clade 0 thuộc genotype GD. Đây là nhóm virus cúm A/H5N1 đầu tiên được hình thành và lưu hành tại Trung Quốc giai đoạn từ 1996 – 2000, tái tổ hợp thu nhận gen PB2 từ nguồn gen của nhiều phân type virus cúm A khác nhau, có nguồn gốc Âu-Á lưu hành trong quần thể chim hoang dã [12], [74], [88], [92].
Các kết quả phân tích ở trên cũng chứng tỏ có sự biến đổi tiến hóa phức tạp, không chỉ ở các gen kháng nguyên H5, N1 mà còn xảy ra cả ở gen PB2 trong hệ
gen virus cúm A/H5N1, lưu hành tại Việt Nam và các quốc gia trong khu vực, kể từ khi hình thành các chủng virus đầu tiên từ 1996 đến nay.
4.3.2. Về kết quả xác định phả hệ nguồn gốc gen PB1
Kết quả phân tích xác định phả hệ nguồn gốc dựa trên trình tự gen PB1 của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu với 50 chủng virus đại diện tham chiếu cho thấy, tương tự như gen PB2:
- Gen PB1 của nhóm virus clade 2.3.2.1 gồm 2 biến chủng virus nghiên cứu DkQT801-2011 và DkQT802-2011, phân lập từ gia cầm bệnh tại Việt Nam các năm 2011 và 2012, có quan hệ gần gũi với gen tương ứng của nhóm virus cúm A/H5N1 clade 2.3.2.1 phân lập tại Trung Quốc và Mông Cổ các năm 2009 – 2010. Trong đó, gen PB1 của 2 biến chủng virus nghiên cứu DkQT801-2011 và DkQT802-2011, cùng với 3 chủng virus clade 2.3.2.1 phân lập từ gia cầm bệnh tại Việt Nam, có quan hệ nguồn gốc gần gũi hơn với gen tương ứng của chủng A/Hubei/1/2010 phân lập từ người bệnh tại Trung Quốc, so với các chủng phân lập từ chim hoang dã trong nhóm virus clade 2.3.2.1. Kết quả này cho thấy, gen PB1 của các chủng virus gây bệnh ở gia cầm trong nhóm virus clade 2.3.2.1, cũng đã có nhiều biến đổi so với các chủng virus gây bệnh ở chim hoang dã. Kết quả phân tích cũng cho thấy, gen PB1 của nhóm virus clade 2.3.2.1, có quan hệ nguồn gốc gần gũi với gen tương ứng của 2 nhóm virus cúm A/H5N1 clade 2.3.4.3 và 2.3.4 thuộc genotype V.
- Gen PB1 của 2 biến chủng virus DkNA72-2007 và DkNA114-2007, cùng với các chủng virus clade 2.3.4 và 2.3.4.3, phân lập tại Việt Nam các năm 2007 – 2008, có nguồn gốc từ nguồn gen của nhóm virus clade 2.3.4 thuộc genotype V, hình thành và lưu hành tại Trung Quốc trong các năm 2005 – 2006.
- Tương tự, gen PB2 của 2 biến chủng virus CkDT382-2008 và DkTG926- 2009, cùng với chủng virus A/MDk/VN/OIE/559/2011 clade 1.1 phân lập từ gia cầm tại Việt Nam, có nguồn gốc từ nguồn gen của nhóm virus clade 1.1 thuộc genotype Z hình thành và lưu hành tại Campuchia các năm 2007 – 2011. Bên cạnh đó, gen PB1 của nhóm virus clade 1.1 nói trên có cũng có quan hệ nguồn gốc gần gũi với gen tương ứng của nhóm virus cúm A/H5N1 clade 1 thuộc genotype Z, lưu hành gây bệnh dịch tại Việt Nam và Thái Lan giai đoạn 2003 – 2005.
Như vậy, gen PB1 của các chủng virus phân lập tại Việt Nam từ 2003 đến nay bao gồm 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu, có sự biến đổi phân chia
thành 4 dưới phân nhánh trong 2 phân nhánh tiến hóa, có nguồn gốc từ nguồn gen tương ứng thuộc 2 genotype Z và V của virus cúm A/H5N1, được hình thành tại Trung Quốc và các quốc gia lân cận. Trong đó, gen PB1 của các chủng virus clade 2.3.2.1 và 2.3.4.3 có nguồn gốc từ virus cúm A/H5N1 thuộc genotype V, gen PB2 của các chủng virus clade 1 và 1.1 có nguồn gốc từ virus cúm A/H5N1 thuộc genotype Z. Kết quả phân tích phả hệ dựa trên trình tự gen PB1 ở trên phù hợp với kết quả phân tích biến đổi di truyền ở tiểu mục 3.2.1.1 cho thấy, gen PB1 cũng có sự biến đổi tương quan với gen H5, trong 4 nhóm virus clade 1, 1.1, 2.3.4.3 và 2.3.2.1. Kết quả trên cũng phù hợp với các kết quả xác định phả hệ nguồn gốc virus cúm A/H5N1, trong 4 nhóm virus nói trên lưu hành tại Việt Nam, Trung Quốc và các quốc gia lân cận từ năm 2003 đến nay [75], [76], [77], [78], [80], [86].
+ Bên cạnh đó, kết quả phân tích nguồn gốc phả hệ gen PB1 của một số chủng virus clade 2.2, 2.3.2, 2.3.4 và 2.1.3.2, thuộc genotype Z, V và G phân lập trong các năm 2004 – 2007, tại Trung Quốc, Ấn Độ và Indonesia, cũng cho thấy có sự tái tổ hợp gen H5 và gen PB1 từ nguồn gen genotype virus khác nhau trong hệ gen của các chủng virus kể trên.
+ Cũng như gen PB2, gen PB1 của chủng virus A/VN/UT30850/2005 clade 1 phân lập tại Việt Nam năm 2005, có chung nguồn gốc với các chủng virus clade 2.3.4 thuộc genotype V. Kết quả này chứng tỏ, gen PB1 của virus cúm A/H5N1 thuộc genotype V, cũng đã được tái tổ hợp trong các chủng virus cúm A/H5N1 clade 1 lưu hành tại Việt Nam từ năm 2005.
+ Ngoài ra, kết quả phân tích cũng cho thấy, gen PB1 của các chủng virus cúm A/H5N1 lưu hành gây bệnh dịch ở gia cầm từ 2003 đến nay, cũng có nguồn gốc chung từ nguồn gen tương ứng của nhóm virus clade 0 thuộc genotype GD.
Các kết quả phân tích ở trên cho thấy, tương tự gen PB2, gen PB1 trong hệ gen virus cúm A/H5N1 cũng có sự biến đổi tiến hóa mạnh mẽ kể từ khi hình thành các chủng virus đầu tiên từ 1996 đến nay.