Chương 3 KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU
3.1.3.Kết quả giải trình tự DNA các gen PB2, PB1 và PA
* Kết quả giải trình tự các gen PB2, PB1 và PA
+ Trình tự nucleotide trình bày theo các chữ cái (phụ lục 8) và trình tự amino acid trong protein suy diễn sử dụng bộ mã vi khuẩn – bacterial codon (phụ lục 9), các gen PB2, PB1 (gồm khung đọc mở gen PB1-F2 và PB1-N40) và PA, của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu, thu nhận sau giải trình tự và biên tập bằng các chương trình tin - sinh học được trình bày ở các phụ lục 10, 11 và 12.
+ Kết quả thu nhận các gen PB2, PB1 và PA của 6 chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu sau giải trình tự cho thấy, tất cả trình tự của các gen trên đều có mã khởi đầu là ATG và mã kết thúc là TAG. Trong đó:
- Trình tự gen PB2 chứa 2.280 nucleotide, mã hóa cho protein PB2 polymerase suy diễn gồm 759 amino acid (Phụ lục 10A-F).
- Trình tự gen PB1 chứa 2.274 nucleotide, mã hóa cho protein PB1 polymerase suy diễn gồm 757 amino acid. Khung đọc mở gen PB1-F2 gồm 273 nucleotide lồng trong khung đọc gen PB1, mã hóa protein PB1-F2 chứa 90 amino acid. Khung đọc mở gen PB1-N40 gồm 2.157 nucleotide, từ mã khởi đầu ATG (vị trí 118 – 120) đến vị trí mã kết thúc TAG ở cuối khung đọc gen PB1, mã hóa protein PB1-N40 chứa 718 amino acid (Phụ lục 11A-F).
- Trình tự gen PA chứa 2.151 nucleotide, mã hóa cho protein PA polymerase suy diễn gồm 716 amino acid (Phụ lục 12A-F).
* Kết quả kiểm chứng và xác nhận các gen PB2, PB1 và PA:
- Kết quả kiểm chứng và xác nhận các gen PB2, PB1 và PA của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu: DkNA72-2007, DkNA114-2007, CkDT382-2008, DkTG926-2009, DkQT801-2011 và DkQT802-2011, với các trình tự gen tương ứng lưu trữ trong Ngân hàng gen, được trình bày lần lượt theo thứ tự các gen của 6 biến chủng virus kể trên ở các phụ lục 13A-F, phụ lục 14A-F và phụ lục 15A-F.
- Kết quả cho thấy, trình tự nucleotide các gen PB2, PB1 và PA của 6 biến chủng virus nghiên cứu thu nhận sau giải trình tự, đều có tỷ lệ tương đồng từ 97% – 99% với mức độ so sánh đạt 96% – 100%, so với trình tự 3 gen tương ứng của các chủng virus cúm A/H5N1 phân lập trên nhiều loài vật chủ từ 2007 – 2012, được lưu trữ trong Ngân hàng gen.