Chương 4 BÀN LUẬN
4.2.3.Về biến đổi thành phần nucleotide và amino acid gen PA
* Về số lượng nucleotide và amino acid:
Cũng như gen PB2 và PB1 phân tích ở trên, gen PA của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu có sự bảo tồn về độ dài (chứa 2.251 nucleotide, mã hóa cho 716 amino acid), so với gen tương ứng của 19 chủng đại diện trong 4 nhóm virus lựa chọn so sánh.
Kết quả trên cũng phù hợp với các kết quả nghiên cứu công bố trước đây và cho thấy tính bảo tồn về độ dài gen PA, của virus cúm A/H5N1 lưu hành gây bệnh ở nhiều loài vật chủ, giai đoạn sau bùng phát dịch cúm gia cầm A/H5N1 tại Việt Nam và trên thế giới từ năm 2003 đến nay [6], [12], [76], [77], [78].
* Về biến đổi thành phần nucleotide và amino acid:
+ Tương tự các gen PB2 và PB1, kết quả phân tích cho thấy trình tự gen PA cũng có nhiều vị trí sai khác (166 vị trí) về nucleotide, nhưng lại có có sự bảo tồn về thành phần amino acid (chỉ có 21 vị trí thay đổi) trong protein PA suy diễn, giữa 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu và 19 chủng đại diện trong 4 nhóm virus clade 1, 1.1, 2.3.4.3 và 2.3.2.1. Tỉ lệ tương đồng về thành phần nucleotide đạt 94%
– 99%, trong khi tỉ lệ này về thành phần amino acid là 98% – 100%, giữa các trình tự gen PA của 25 chủng so sánh trong 4 nhóm viruscúm A/H5N1 kể trên.
- Kết quả này là do vai trò của các vị trí nucleotide trong bộ ba mã hóa amino acid. Mặt khác, giống như các gen PB2 và PB1, gen PA chịu trách nhiệm mã hóa cho protein PA polymerase, một đơn vị cấu tạo và chức năng trong phức hợp enzym polymerase của virus cúm A/H5N1 [1], [2], [14], [28], [42]. Vì vậy, sự bảo tồn thành phần amino acid giúp ổn định cấu trúc liên kết và hiệu quả tương tác với protein PB1, hoạt tính của protein PA cũng như phức hợp enzym polymerase, liên quan đến khả năng nhân lên của virus cúm A/H5N1.
- Các đột biến thay thế nucleotide trong trình tự gen PA cũng có tính chất tương đối tập trung theo 04 nhóm virus clade 1, 1.1, 2.3.4.3 và 2.3.2.1 so sánh cho thấy, gen PA cũng có sự biến đổi hình thành các phân nhóm gen tương ứng với các clade gen H5 kể trên của virus cúm A/H5N1.
+ Bên cạnh đó, kết quả phân tích các vị trí đột biến thay thế nucleotide trong trình tự gen PA dẫn đến thay đổi amino acid trong protein PA, của 25 chủng virus so sánh trong nghiên cứu cũng cho thấy, giống như các gen PB2 và PB1:
- Trình tự gen PA của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu, cũng như các chủng virus phân lập tại Việt Nam các năm 2003 – 2012, có ít biến đổi và có thể có chung nguồn gốc so với gen PA của các chủng đại diện trong 4 nhóm virus clade 1, 1.1, 2.3.4.3 và 2.3.2.1 tương ứng, phân lập cùng thời gian tại các quốc gia lân cận (Trung Quốc, Lào, Campuchia và Thái Lan). Tỉ lệ tương đồng về thành phần nucleotide và amino acid gen PA đạt cao (96% – 99% và 98% – 100%, theo thứ tự), giữa 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu cũng như các chủng virus phân lập tại Việt Nam, so với các chủng phân lập cùng thời gian tại các quốc gia lân cận trong 4 nhóm virus kể trên.
- Ngoài ra, gen PA cũng có sự chia tách thành 4 phân nhóm gen biến đổi thuộc 2 nhóm gen, tương ứng với 4 clade 2.3.2.1, 2.3.4.3, 1, 1.1 thuộc 2 nhóm gen H5 clade 2 và clade 1 trong hệ gen của virus cúm A/H5N1, phân lập tại Việt Nam và một số quốc gia trên thế giới từ 2003 đến nay. Gen PA của nhóm virus clade 2.3.2.1 lưu hành các năm 2009 – 2012, có thể có chung nguồn gốc với gen tương ứng của nhóm virus clade 2.3.4.3 lưu hành các năm 2007 – 2008. Trong khi gen PA của
nhóm virus clade 1.1 lưu hành trong các năm 2007 – 2012, có thể có chung nguồn gốc với gen tương ứng của nhóm virus clade 1 lưu hành các năm 2003 – 2005.
+ Tương tự các gen PB2 và PB1, 21 vị trí thay đổi về amino acid trong trình tự protein PA giữa 25 chủng trong 4 nhóm virus clade 2.3.2.1, 2.3.4.3, 1 và 1.1, cũng có sự phân bố ở cả vùng C-tận và N-tận tương ứng với các vùng cấu trúc liên kết với protein PB1 và vùng biểu hiện hoạt tính của protein này. Các vị trí thay đổi amino acid nói trên cũng đều không đúng là các vị trí, đã được chứng minh làm thay đổi cấu trúc liên kết và hoạt tính của protein PA, liên quan đến xu hướng thay đổi độc lực và sự thích nghi nhân lên của virus trong tế bào cảm thụ ở người và động vật có vú. Tuy nhiên, sự thay đổi amino acid tại các vị trí này có thể có ảnh hưởng đến hoạt tính, khả năng liên kết và tương tác với protein PB1 của protein PA ở các chủng trong 4 nhóm virus nói trên.
4.3. VỀ KẾT QUẢ XÁC ĐỊNH PHẢ HỆ NGUỒN GỐC CÁC GEN PB2, PB1, PA CỦA SÁU BIẾN CHỦNG VIRUS CÚM A/H5N1 NGHIÊN CỨU VỚI