Chương 2 ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
PHÂN LẬP VẬT CHỦ
1 A/VietNam/UT3028/2003(H5N1) A/VN/UT3028/2003 1 2003 Người
2 A/Viet Nam/1203/2004(H5N1) A/VN/1203/2004 1 2003 Người
3 A/VietNam/UT3040/2004(H5N1) A/VN/UT3040/2004 1 2004 Người
4 A/Chicken/VietNam/NCVD10/2005(H5N1) A/Ck/VN/NCVD10/2005 1 2005 Gà 5 A/Thailand/2(SP-33)/2004(H5N1) A/TH/2(SP-33)/2004 1 2004 Người 5 A/Thailand/2(SP-33)/2004(H5N1) A/TH/2(SP-33)/2004 1 2004 Người
6 A/Thailand/676/2005(H5N1) A/TH/676/2005 1 2005 Người
7 A/Cambodia/U0417030/2010(H5N1) A/KH/U0417030/2010 1.1 2010 Người 8 A/Cambodia/V0417301/2011(H5N1) A/KH/V0417301/2011 1.1 2011 Người 8 A/Cambodia/V0417301/2011(H5N1) A/KH/V0417301/2011 1.1 2011 Người 9 A/Muscovy duck/VietNam/OIE/559/2011(H5N1) A/MDk/VN/OIE/559/2011 1.1 2011 Ngan 10 A/great crested grebe/Qinghai/1/2009(H5N1) A/GCG/QH/1/2009 2.3.2.1 2009 Sếu đầu đỏ 11 A/bar headed - goose/Mongolia/X53/2009(H5N1) A/BHG/MN/X53/2009 2.3.2.1 2009 Ngỗng trời
12 A/Hubei/1/2010(H5N1) A/Hubei/1/2010 2.3.2.1 2010 Người
13 A/Duck/VietNam/LBM140/2012(H5N1) A/Dk/VN/LBM140/2012 2.3.2.1 2012 Vịt 14 A/Muscovy duck/VietNam/LBM113/2012(H5N1) A/MDk/VN/LBM113/2012 2.3.2.1 2012 Ngan 14 A/Muscovy duck/VietNam/LBM113/2012(H5N1) A/MDk/VN/LBM113/2012 2.3.2.1 2012 Ngan 15 A/Muscovy duck/VietNam/56/2007(H5N1) A/MDk/VN/56/2007 2.3.4.3 2007 Ngan 16 A/VietNam/UT31203A/2007(H5N1) A/VN/UT31203A/2007 2.3.4.3 2007 Người 17 A/VietNam/UT31244II/2007(H5N1) A/VN/UT31244II/2007 2.3.4.3 2008 Người 18 A/VietNam/UT31394II/2008(H5N1) A/VN/UT31394II/2008 2.3.4.3 2008 Người 19 A/VietNam/UT31413II/2008(H5N1) A/VN/UT31413II/2008 2.3.4.3 2008 Người
Ghi chú: Clade H5: Phân loại virus cúm A/H5N1 theo các clade gen HA(H5).
- Trong xây dựng cây phả hệ xác định nguồn gốc các gen PB2, PB1 và PA của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu, bên cạnh 19 chủng virus sử dụng các gen PB2, PB1 và PA so sánh biến đổi nucleotide và amino acid, chúng tôi sử dụng mở rộng phân tích với trình tự các gen tương ứng của 31 chủng virus, đại diện cho 5 genotype virus tái tổ hợp GD, Z+, Z, V và G phân lập từ 1996 – 2012, tổng cộng là 56 chủng virus nhằm gia tăng mức độ tin cậy của phân tích (Bảng 2.3).
- Tên các chủng virus, độ dài, số hiệu đăng kí Ngân hàng gen của các gen PB2, PB1 và PA của 50 chủng virus tham chiếu nói trên được trình bày ở phụ lục 1.
Bảng 2.3. Danh sách 31 chủng virus cúm A/H5N1 bổ sung xây dựng cây phả hệ nguồn gốc các gen PB2, PB1 và PA
SỐ