Chương 3 KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU
3.2.1.Kết quả so sánh thành phần nucleotide và amino acid gen PB
3.2.1.1. Kết quả so sánh thành phần nucleotide và amino acid gen PB2
Kết quả so sánh trình tự nucleotide và amino acid gen PB2, của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 trong nghiên cứu và 19 chủng đại diện 4 nhóm virus nói trên, tổng cộng là 25 chủng virus bằng chương trình GENEDOC 2.5, cho thấy:
- Trình tự gen PB2 của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu đều có 2.280 nucleotide, mã hóa cho protein PB2 chứa đầy đủ 759 amino acid, bằng đúng số lượng nucleotide và amino acid có trong trình tự tương ứng, của 19 chủng đại diện 4 nhóm virus lựa chọn so sánh.
- Bên cạnh nhiều vị trí sai khác đơn lẻ, có tới 110 vị trí sai khác nucleotide giữa các trình tự gen PB2 của 25 chủng virus cúm A/H5N1, phân chia tương đối tập trung theo 4 nhóm virus lựa chọn so sánh được thống kê ở phụ lục 16. Tuy nhiên, chỉ có 18/110 vị trí sai khác nucleotide kể trên dẫn đến thay đổi amino acid trong protein PB2 suy diễn, được thống kê ở bảng 3.1 và bảng 3.2. Vị trí nucleotide 1879 trong trình tự gen PB2 khi thay đổi từ cytosin (C) thành adenin (A), dẫn đến thay đổi glutamic acid (E) thành lysin (K) tại vị trí 627 trong protein PB2, của 25 chủng virus so sánh cũng được thống kê ở các bảng 3.1 và 3.2.
Kết quả ở các bảng 3.1 và 3.2 cho thấy:
- Các chủng virus cúm A/H5N1 trong từng nhóm virus clade: 2.3.3.1, 2.3.4.3, 1.1 và 1, đều có trình tự gen PB2 đồng nhất với nhau về thành phần nucleotide và amino acid tại 18/18 vị trí thống kê.
- Nhóm virus clade 2.3.2.1 gồm 2 biến chủng virus nghiên cứu: DkQT801- 2011 và DkQT802-2011, có trình tự gen PB2 sai khác 3/18 vị trí về nucleotide dẫn đến thay đổi 3 vị trí amino acid, gồm: E65D (glycin ↔ aspartic acid), M473L (methionin ↔ leucin) và A588T (alanin ↔ threonin), so với trình tự tương ứng của các chủng trong 3 nhóm virus clade: 2.3.4.3, 1 và 1.1.
- Nhóm virus clade 2.3.4.3 gồm 2 biến chủng: DkNA72-2007 và DkNA114- 2007, có trình tự gen PB2 sai khác 2/18 vị trí nucleotide, dẫn đến thay đổi 2 vị trí amino acid là: T106A (threonin ↔ alanin) và L618M (leucin ↔ methionin), so với trình tự tương ứng của các chủng trong 3 nhóm virus clade: 2.3.2.1, 1 và 1.1.
- Tương tự, nhóm virus clade 1.1 gồm 2 biến chủng: CkDT382-2008 và DkTG926-2009, có trình tự gen PB2 sai khác tới 7/18 vị trí về nucleotide dẫn đến thay đổi amino acid trong trình tự protein PB2, so với trình tự tương ứng của các chủng trong 3 nhóm virus clade: 1, 2.3.4.3 và 2.3.2.1. Các vị trí amino acid thay đổi trong protein PB2 gồm: A221T (alanin ↔ threonin), L317M (leucin ↔ methionin), V338I (valin ↔ isoleucin), H357Y (histidin ↔ tyrosin), P430T (prolin ↔ threonin), I463V (isoleucin ↔ valin) và V494I (valin ↔ isoleucin).
- Nhóm virus clade 1 có trình tự gen PB2 cũng lần lượt sai khác về nucleotide dẫn tới thay đổi amino acid tại các vị trí phân tích ở trên, so với trình tự tương ứng của các chủng trong 3 nhóm virus clade: 1.1, 2.3.4.3 và 2.3.2.1.
Bảng 3.1. Các vị trí sai khác nucleotide dẫn đến thay đổi amino acid trong trình tự gen PB2 của 25 chủng virus cúm A/H5N1 so sánh