Chương 2 ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
TÊN CHỦNG VIRUS THEO DANH PHÁP QUỐC TẾ
DANH PHÁP QUỐC TẾ NĂM PHÂN LẬP ĐỊA PHƯƠNG CLADE H5 01. DkQT801-2011 A/Duck/VietNam/QT801/2011(H5N1) 2011 Quảng Trị 2.3.2.1 02. DkQT802-2011 A/Duck/VietNam/QT801/2011(H5N1) 2011 Quảng Trị 2.3.2.1 03. DkTG926-2009 A/Duck/VietNam/TG926/2009(H5N1) 2009 Tiền Giang 1.1 04. CkDT382-2008 A/Chicken/VietNam/DT382/2008(H5N1) 2008 Đồng Tháp 1.1
05. DkNA72-2007 A/Duck/VietNam/NA72/2007(H5N1) 2007 Nghê An 2.3.4.3
06. DkNA114-2007 A/Duck/VietNam/NA114/2007(H5N1) 2007 Nghệ An 2.3.4.3
Ghi chú: Dk (Duck): Vịt, Ck (Chicken): Gà, QT: Quảng Trị, TG: Tiền Giang, DT: Đồng Tháp, NA: Nghệ
An, Clade H5: phân loại virus theo clade gen kháng nguyên H5.
- Bệnh phẩm là dịch bài tiết (exudate) niêm mạc mũi-họng-khí-phế quản của gia cầm chết bệnh, được cung cấp từ các Trung tâm Thú y vùng, theo qui định thu nhận, xử lý, vận chuyển mẫu virus cúm A/H5N1 của Bộ Y tế [105].
- Sáu mẫu bệnh phẩm kể trên chứa các chủng virus cúm A/H5N1 tương ứng, dựa trên kết quả giải trình tự, xác định clade gen H5 và N1, đã được công bố trong nghiên cứu của Nguyễn Thị Bích Nga và Lê Thanh Hòa (2012) [86]. Kí hiệu tên viết tắt sử dụng trong nghiên cứu của các mẫu bệnh phẩm và danh pháp quốc tế chủng virus cúm A/H5N1 tương ứng trong mẫu, được trình bày trong bảng 2.1.
+ Trình tự nucleotide các gen PB2, PB1 và PA polymerase của 50 chủng virus cúm A/H5N1, phân lập từ 1996 đến nay lưu trữ trong Ngân hàng gen, được thu nhận làm nguyên liệu so sánh, phân tích trong nghiên cứu. Trong đó:
- Trình tự các gen PB2, PB1 và PA của 19 chủng virus cúm A/H5N1, gồm một số chủng virus được Tổ chức Y tế thế giới khuyến cáo sử dụng hoặc đang được sử dụng điều chế vaccine, để so sánh, phân tích đặc tính di truyền với các gen tương ứng của 6 biến chủng virus A/H5N1 trong nghiên cứu (Bảng 2.2). Đây là các chủng virus cúm A/H5N1 đại diện cho 4 nhóm virus clade 1, 1.1, 2.3.4.3 và 2.3.2.1, lưu hành phổ biến tại Việt Nam và trên thế giới, phân lập ở người, chim hoang dã và gia cầm bệnh từ năm 2003 đến nay, xác định dựa trên các tài liệu khoa học của các tác giả đã công bố trước đây.
Bảng 2.2. Danh sách 19 chủng virus cúm A/H5N1 đại diện sử dụng trong so sánh đặc tính di truyền các gen PB2, PB1 và PA
SỐ